利用GeneFisher在线设计简并引物
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GeneFisher提供一个在线的简并引物 设计工具,基础是同源基因。目前的版本是2.0,加入了AJAX技术。主页:http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/
gen eFisher2 - Submission
点击 Genefisher2 Submission start page ,进入GeneFisher2 - Submission页面,提交你的序列,fas ta格式的序列。或是上传。可以是核酸序列或蛋白序列,也可以单个或多个,如果是多个序列的话,会多一个多序列比对的步骤。
用网站提供的example DNA作为例子。
<center> <img alt="利用GeneFisher在线设计简并引物" height="190" src="http://img.dxycdn.com/trademd/upload/asset/meeting/2013/09/06/A1378380432.png" width="210" /></center>图1 GeneFisher2 点击放大
点击 check input,先检验序列的格式。完了之后按 submit 提交。再按 align_sequences 运行多序列比对。多序列比对的程序有两种,ClustalW 和 DIALIGN 。选好后点击 align sequences 运行多序列比对。
calculate primer
多序列比对完了后,点击下面的to consensus calculation,计算保守序列。完了点击 calculate primer,设计简并引物。按默认参数,就可以给出简并引物了。如下图:
<center> <img alt="利用GeneFisher在线设计简并引物" height="212" src="http://img.dxycdn.com/trademd/upload/asset/meeting/2013/09/06/A1378380431.png" width="300" /></center>图2 简并引物设计