利用GeneFisher在线设计简并引物

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一步步教你设计简并引物

GeneFisher提供一个在线的简并引物设计 工具，基础是同源基因。目前的版本是2.0，加入了AJAX技术。

GeneFisher2 - Submission

点击 Genefisher2 Submission start page ，进入GeneFisher2 - Submission页面，提交你的序列，Fasta格式的序列。或是上传。可以是核酸序列或蛋白序列，也可以单个或多个，如果是多个序列的话，会多一个多序列比对的步骤。

用网站提供的example DNA作为例子。

<center> <img alt="利用GeneFisher在线设计简并引物" height="190" src="http://img.dxycdn.com/trademd/upload/asset/meeting/2013/08/27/A1377591189.png" width="210" /></center>

图1 GeneFisher2 点击放大

点击 check input，先检验序列的格式。完了之后按 submit 提交。再按 align_sequences 运行多序列比对。多序列比对的程序有两种，ClustalW 和 DIALIGN 。选好后点击 align sequences 运行多序列比对。

calculate primer

多序列比对完了后，点击下面的to consensus calculation，计算保守序列。完了点击 calculate primer，设计简并引物。按默认参数，就可以给出简并引物了。如下图：

<center> <img alt="利用GeneFisher在线设计简并引物" height="212" src="http://img.dxycdn.com/trademd/upload/asset/meeting/2013/08/27/A1377591188.png" width="300" /></center>

图2 简并引物设计