shRNA 苷酸序列的设计方法
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shRNA 苷酸序列的设计方法
设计方法
确定一段合适的21 个碱基的靶序列是有效的敲低某个基因的非常重要的第一步。现在一些互联网上的服务器能够帮助提供一些线索。例如，由Whitehead 生物医学研究所（TheWhitehead Institute for Biomedical Research）设立和维护的siRNAext 程序（ http://jura.wi.mit.edu/siRNAext ），登记个人信息后，便可免费使用。
设计siRNA 的基本原则：
1. 从起始密码ATG 下游25 个核苷酸后开始，寻找21 个核苷酸，排列模式符合AA(N19)。如果没有符合上述模式的序列，可以寻找符合NAR(N17)YNN 这种排列模式。N 为任一核苷酸，R 为嘌呤，Y 为嘧啶。
2. GC 含量介于36%-52%。
3. “sense”链3’端稳定性较低，在15-19 核苷酸位置，至少有一个A 或T。
4. 避免靶向内含子。
5. 避免21 个核苷酸内有连续4 个或更多重复的核苷酸，尤其避免重复的T，因为重复的T 可以导致RNA 聚合酶Ⅲ转录终止。
确定一段合适的21 个碱基的靶序列是有效的敲低某个基因的非常重要的第一步。现在一些互联网上的服务器能够帮助提供一些线索。例如，由Whitehead 生物医学研究所（TheWhitehead Institute for Biomedical Research）设立和维护的siRNAext 程序（ http://jura.wi.mit.edu/siRNAext ），登记个人信息后，便可免费使用。
设计siRNA 的基本原则：
1. 从起始密码ATG 下游25 个核苷酸后开始，寻找21 个核苷酸，排列模式符合AA(N19)。如果没有符合上述模式的序列，可以寻找符合NAR(N17)YNN 这种排列模式。N 为任一核苷酸，R 为嘌呤，Y 为嘧啶。
2. GC 含量介于36%-52%。
3. “sense”链3’端稳定性较低，在15-19 核苷酸位置，至少有一个A 或T。
4. 避免靶向内含子。
5. 避免21 个核苷酸内有连续4 个或更多重复的核苷酸，尤其避免重复的T，因为重复的T 可以导致RNA 聚合酶Ⅲ转录终止。
