使用prime 5.0验证引物的方法

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验证引物

我们做实验，有时会用到别人已经用过的引物，但如何才能知道这个引物是否正确呢？我通常利用prime 5.0来验证引物。

下面我用常用的内参GAPDH将验证过程介绍如下：

GAPDH的引物序列来自一片外文文献：

上游：AATGCATCCTGCACCACCAA

下游：GTAGCCATATTCATTGTCATA

所得片断为516bps。

首先在pubmedline中查到GAPDH的mRNA序列，如图

然后打开primer 5.0，点file→new→DNA sequence,将上面的mRNA序列复制到new sequence 框内，注意选择as is:

先加上游引物，点Primer→s→edit primers, 将上游引物复制到引物区，注意选择as is。点analyze→prime，可见下图，引物与反义链匹配。

点ok，重复刚才的操作，加下游引物。点Primer→A→edit primers,将下游引物复制至引物区，注意此时应选择reversed。可见下游引物与正义链匹配。

最后点ok，即可见下图