PCR引物设计及相关软件使用(二)

引物编辑

Some other useful function of PP5

Enzyme

Melting temperature graph

GC% graph

Stability

（五）Oligo 6.44 使用说明

主要功能：专门的引物设计软件

Oligo 6.44 启动界面

3个弹出窗口

用Oligo 设计引物时的3个标准

Tm 值曲线以选取5‘到3’的下降形状有利于引物引发聚合反应。

Frq 曲线宜选用3‘端Frq 值相对较低的片段。

ΔG 值在5’端和中间值比较高，而在3‘端相对低

选中引物

引物分析

首先检查引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的可能性。

二项检查是发夹结构（hairpin）；与二聚体相同，发夹结构的能值越低越好。

第三项检查为GC 含量，以45-55%为宜。

第四False priming 检查

Final PCR information

Search for primer using Oligo 6.44

Online primer3 service

http://frodo.wi.mit.edu/