急切盼望高手指教pcr的奇怪现象
丁香园论坛
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我最近跑pcr,用我的模板第一次跑出来,可后来始终不见条带。我的目的片断序列如下:
ORIGIN
1 accgcctccc gcaaagactt caccccaaag ctggggcgca ccccttgcac gccaccctcc
61 ccccagcctg cttcttgagt cccccgcatc ccaggaccct ctctcctctg ggaggccgat
121 ctccctcgga cctgctggca atagcttcct atttaagaac accccacttt tgggtcccag
181 agagcgctca tctcgatttt tatcccggtg gcatactgag acactctggt gtcagagcgt
241 caccgcgact cctgctgctt tctccctcaa cctcaaatta ttcaggacta tcacctacct
301 ttccttggga gaccccaccc caccccacaa gccctgcagg ggcggggcct ccgcatccca
361 cctttgcccg gggttcgcgc tctccgaagt tccgtggggc gccgcctccc ccatgccgcc
421 ctcggggctg cggctgctgc cgcttctgct cccactcccg tggcttctag tgctgacgcc
481 cgggaggcca gccgcgggac tctccacctg caagaccatc gacatggagc tggtgaaacg
541 gaagcgcatc gaagccatcc gtggccagat cctgtccaaa ctaaggctcg ccagtccccc
601 gagccagggg gaggtaccgc cgggcccgct gcccgaggcg gtgctcgctt tgtacaacag
661 cacccgcgac cgggtggcag gcgagagcgc tgacccggag cccgagcccg aggcggacta
721 ctacgccaaa gaagtcaccc gcgtgctaat ggtggaccgc aacaacgcaa tctatgacaa
781 aaccaaagac atcacacaca gtatatatat gttcttcaat acgtcagaca ttcgggaagc
841 agtgccagaa cccccattgc tgtcccgtgc agagctgcgc ctgcagagat tcaagtcaac
901 tgtggagcaa cacgtagaac tctaccagaa atatagcaac aattcctggc gttaccttgg
961 taaccggctg ctgaccccca ctgatacgcc tgagtggctg tcttttgacg tcactggagt
1021 tgtccggcag tggctgaacc aaggagacgg aatacagggc tttcgcttca gtgctcactg
1081 ctcttgtgac agcaaagata atgtactcca cgtggaaatc aatgggatca gtcccaaacg
1141 tcgaggtgac ctgggcacca tccatgacat gaaccgaccc ttcctgctcc tcatggccac
1201 ccccctggaa agggctcaac acctgcacag ctccaggcac cggagagccc tggataccaa
1261 ctactgcttc agctccacag agaagaactg ctgtgtacgg cagctgtaca ttgactttag
1321 gaaggacctg ggttggaagt ggatccacga gcccaagggc taccatgcca acttctgtct
1381 ggggccctgc ccctacattt ggagcctgga cacacagtac agcaaggtcc ttgccctcta
1441 caaccaacac aacccgggtg cttccgcatc accgtgctgc gtgccgcagg ctttggagcc
1501 actgcccatc gtctactacg tgggtcgcaa gcccaaggtg gagcagttgt ccaacatgat
1561 cgtgcgctcc tgcaagtgca gctga
上游引物是:5'-CTTCAGCTCCACAGAGAAGAACTGC-3'
下游引物是:5'-CACGATCATGTTGGACAACTGCTCC-3'
经过评分虽然只有67分,可别人的模板可以跑出来,可为什麽我的模板总是二聚体,没有目的条带,我的模板跑内参和别的目的片断可以跑出来,现在我真的不知道是何原因?另外我的另一个片断在目的条带的后面有一个较亮的非特,请问我该如何优化条件?非常谢谢!
ORIGIN
1 accgcctccc gcaaagactt caccccaaag ctggggcgca ccccttgcac gccaccctcc
61 ccccagcctg cttcttgagt cccccgcatc ccaggaccct ctctcctctg ggaggccgat
121 ctccctcgga cctgctggca atagcttcct atttaagaac accccacttt tgggtcccag
181 agagcgctca tctcgatttt tatcccggtg gcatactgag acactctggt gtcagagcgt
241 caccgcgact cctgctgctt tctccctcaa cctcaaatta ttcaggacta tcacctacct
301 ttccttggga gaccccaccc caccccacaa gccctgcagg ggcggggcct ccgcatccca
361 cctttgcccg gggttcgcgc tctccgaagt tccgtggggc gccgcctccc ccatgccgcc
421 ctcggggctg cggctgctgc cgcttctgct cccactcccg tggcttctag tgctgacgcc
481 cgggaggcca gccgcgggac tctccacctg caagaccatc gacatggagc tggtgaaacg
541 gaagcgcatc gaagccatcc gtggccagat cctgtccaaa ctaaggctcg ccagtccccc
601 gagccagggg gaggtaccgc cgggcccgct gcccgaggcg gtgctcgctt tgtacaacag
661 cacccgcgac cgggtggcag gcgagagcgc tgacccggag cccgagcccg aggcggacta
721 ctacgccaaa gaagtcaccc gcgtgctaat ggtggaccgc aacaacgcaa tctatgacaa
781 aaccaaagac atcacacaca gtatatatat gttcttcaat acgtcagaca ttcgggaagc
841 agtgccagaa cccccattgc tgtcccgtgc agagctgcgc ctgcagagat tcaagtcaac
901 tgtggagcaa cacgtagaac tctaccagaa atatagcaac aattcctggc gttaccttgg
961 taaccggctg ctgaccccca ctgatacgcc tgagtggctg tcttttgacg tcactggagt
1021 tgtccggcag tggctgaacc aaggagacgg aatacagggc tttcgcttca gtgctcactg
1081 ctcttgtgac agcaaagata atgtactcca cgtggaaatc aatgggatca gtcccaaacg
1141 tcgaggtgac ctgggcacca tccatgacat gaaccgaccc ttcctgctcc tcatggccac
1201 ccccctggaa agggctcaac acctgcacag ctccaggcac cggagagccc tggataccaa
1261 ctactgcttc agctccacag agaagaactg ctgtgtacgg cagctgtaca ttgactttag
1321 gaaggacctg ggttggaagt ggatccacga gcccaagggc taccatgcca acttctgtct
1381 ggggccctgc ccctacattt ggagcctgga cacacagtac agcaaggtcc ttgccctcta
1441 caaccaacac aacccgggtg cttccgcatc accgtgctgc gtgccgcagg ctttggagcc
1501 actgcccatc gtctactacg tgggtcgcaa gcccaaggtg gagcagttgt ccaacatgat
1561 cgtgcgctcc tgcaagtgca gctga
上游引物是:5'-CTTCAGCTCCACAGAGAAGAACTGC-3'
下游引物是:5'-CACGATCATGTTGGACAACTGCTCC-3'
经过评分虽然只有67分,可别人的模板可以跑出来,可为什麽我的模板总是二聚体,没有目的条带,我的模板跑内参和别的目的片断可以跑出来,现在我真的不知道是何原因?另外我的另一个片断在目的条带的后面有一个较亮的非特,请问我该如何优化条件?非常谢谢!