请帮忙看一下这几个引物。
丁香园论坛
1527
TGFβ1 上、下游引物序列为: 5'-GGACTACTACGCCAAAGAAG-3 ’
5’-TCAAAAGACAGCCACTCAGG-3’长度为294 bp
TGF-[beta]1 - CGTGGAAATCAATGGGATCAG
GGCCATGAGGAGCAGGAA
TGF-[beta]1 - forward primer: 5'-ACCTGCAAGACCATCGACATG-3';
reverse primer: 5'-CGAGCCTTAGTTTGGACAGGAT-3';
TGF-[beta]1 sense primer: 5′-CTTCAGCTCCACAGAGAAGAACTGC-3′
antisense primer: 5′-CACGATCATGTTGGACAACTGCTCC-3′
----
collagen type I-- CCAGCGGTGGTTATGACTTCA
TGCTGGCTCAGGCTCTTGA
collagen type I-- forward primer: 5' -GAGCGGAGAGTACTGGATCGA-3';
reverse primer: 5'-CTGACCTGTCTCCATGTTGCA-3';
------
Ccollagen type III--- GCGGCTTTTCACCATATTACG
CGTTAACAGACTTGAGTGAAGACATGA
collagen type III----forward primer: 5'-TGCCATTGCTGGAGTTGGA-3';
reverse primer: 5'-GAAGACATGATCTCCTCAGTGTTGA-3';
-----
rGlut4----GGCCATCTTCTTCTGTGGTG
ACGATGGCCAATTGGTTGAG
rGLUT4-----AGCCAGCCTACGCCACCATA
GGACCCATAGCATCCGCAAC
以上引物是在文献上查到的。我用 primer 5.0验证TGF-[beta]1 、rGLUT4有很多“FOUND”,而验证collagen type I、Ccollagen type III却不吻合,是不是基因库错了?还是引物设计不好?这种引物能不能行扩增?不知问题出在哪里?
我用的是
NO: Z78279
norvegicus mRNA for collagen alpha1 type I
NO:AJ005395
Rattus norvegicus mRNA for collagen alpha 1 type III.
NO: X14771
Rat mRNA for insulin-regulatable glucose transport (IRGT)
如果直接用primer 5.0 SEARCH 引物,能否直接用于RT-PCR,上下游引物是否一定要bp、 Tm数值相等才是最好?如果两个Tm数值不等,如何决定退火温度?产物的 Tm有什么用(意义)?
因为刚开始学习,很多不懂。还请各位前辈指点。谢谢!
5’-TCAAAAGACAGCCACTCAGG-3’长度为294 bp
TGF-[beta]1 - CGTGGAAATCAATGGGATCAG
GGCCATGAGGAGCAGGAA
TGF-[beta]1 - forward primer: 5'-ACCTGCAAGACCATCGACATG-3';
reverse primer: 5'-CGAGCCTTAGTTTGGACAGGAT-3';
TGF-[beta]1 sense primer: 5′-CTTCAGCTCCACAGAGAAGAACTGC-3′
antisense primer: 5′-CACGATCATGTTGGACAACTGCTCC-3′
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collagen type I-- CCAGCGGTGGTTATGACTTCA
TGCTGGCTCAGGCTCTTGA
collagen type I-- forward primer: 5' -GAGCGGAGAGTACTGGATCGA-3';
reverse primer: 5'-CTGACCTGTCTCCATGTTGCA-3';
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Ccollagen type III--- GCGGCTTTTCACCATATTACG
CGTTAACAGACTTGAGTGAAGACATGA
collagen type III----forward primer: 5'-TGCCATTGCTGGAGTTGGA-3';
reverse primer: 5'-GAAGACATGATCTCCTCAGTGTTGA-3';
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rGlut4----GGCCATCTTCTTCTGTGGTG
ACGATGGCCAATTGGTTGAG
rGLUT4-----AGCCAGCCTACGCCACCATA
GGACCCATAGCATCCGCAAC
以上引物是在文献上查到的。我用 primer 5.0验证TGF-[beta]1 、rGLUT4有很多“FOUND”,而验证collagen type I、Ccollagen type III却不吻合,是不是基因库错了?还是引物设计不好?这种引物能不能行扩增?不知问题出在哪里?
我用的是
NO: Z78279
norvegicus mRNA for collagen alpha1 type I
NO:AJ005395
Rattus norvegicus mRNA for collagen alpha 1 type III.
NO: X14771
Rat mRNA for insulin-regulatable glucose transport (IRGT)
如果直接用primer 5.0 SEARCH 引物,能否直接用于RT-PCR,上下游引物是否一定要bp、 Tm数值相等才是最好?如果两个Tm数值不等,如何决定退火温度?产物的 Tm有什么用(意义)?
因为刚开始学习,很多不懂。还请各位前辈指点。谢谢!