如何用 MEGA 构建进化树？

今天教大家如何用 MEGA 构建进化树！

一、序列比对

常见算法:Muscle、ClustalW

1、打开 MEGA 软件，这里以 7.0 版为例，依次按照箭头方向进行选择

2、序列比对

经以上步骤后弹出新的对话框：M7：Alignment Explorer

若没有显示我们的目标 fasta 文件，请注意修改这里的文件后缀名称

3、打开后的 species.fasta 文件

注意：重点来啦！

4、然后呢？然后就比对好了，查看一下首位是否比对齐，没有比齐的碱基就删除掉

5、最后，将比对好序列文件进行保存就好了，此处保存为 mega format，文件名为 species

二、构建进化树

常见算法：Neighbor-Joining、Maximum Likelihood

点击 Phylogeny 构建进化树，可以看出构建进化树的方法也有好多种，此处我们选择相对常用的 NJ 方法

就这么简单，树就构好了，感觉幸福来得太突然！

通过工具栏可以对树的形状进行调整

记得把树的文本文件也保存了，这里保存为 Newick 格式

点击上一步的 export 以后，又出现下面的窗口，继续保存