请教用oligo设计出来的引物的PE值问题
丁香园论坛
1518
PCR
--------------------------------------------------------------------------------
Optimal Annealing Temperature: 54.0° (Max: 70.9°)
--------------------------------------------------------------------
Position Length Tm [°C] GC [%] P.E.#
--------------------------------------------------------------------
Product ----- 261 83.8 44.8 44.8
Upper Primer 708 21 67.9 47.6 6/410
Lower Primer 948 21 68.6 42.9 298/403
--------------------------------------------------------------------
Product Tm - Upper Primer Tm: 15.9
Primers Tm difference: 0.7
----------------------------------
Concentration
----------------------------------
Upper Primer 200.0 nM
Lower Primer 200.0 nM
Monovalent Cation 50.0 mM
Free Mg[2+] 0.7 mM
----------------------------------
Total Na[+] Equivalent: 155.8
--------------------------------------------------------------------------------
Selected Primers
--------------------------------------------------------------------------------
Z23168:708U21 Upper Primer
5' GGG TCA CAA CTT TAT TGC TGG 3'
Length: 21-mer
5' 708
Tm: 64.6 °C (salt 1000.0 mM; oligo 100.0 pM)
deltaG (25 °C): -38.8 kcal/mol
Degeneracy: 1
P.E.#: 6/410
1/E: 5.06 nmol/A260
33.0 μg/A260
Z23168:948L21 Lower Primer
5' AGC CAT TTT CAA AGC CTC TGT 3'
Length: 21-mer
3' 948
Tm: 65.7 °C (salt 1000.0 mM; oligo 100.0 pM)
deltaG (25 °C): -40.0 kcal/mol
Degeneracy: 1
P.E.#: 298/403
1/E: 5.16 nmol/A260
33.2 μg/A260
以上是我用oligo得到的引物，引物二聚体，发夹结构等都没有问题，可是总得不到我想要的带。从结果上看Lower Primer 的 P.E.#= 298/403 , PE就是所谓的引发效率，我知道，一般错配的引发效率不高于100都没有太大的问题。我不知道这个结果中的298代表什么，不知道是不是这个值太高了导致了错误的引发。还请有经验的战友指教，PE值一般在什么范围比较好？
--------------------------------------------------------------------------------
Optimal Annealing Temperature: 54.0° (Max: 70.9°)
--------------------------------------------------------------------
Position Length Tm [°C] GC [%] P.E.#
--------------------------------------------------------------------
Product ----- 261 83.8 44.8 44.8
Upper Primer 708 21 67.9 47.6 6/410
Lower Primer 948 21 68.6 42.9 298/403
--------------------------------------------------------------------
Product Tm - Upper Primer Tm: 15.9
Primers Tm difference: 0.7
----------------------------------
Concentration
----------------------------------
Upper Primer 200.0 nM
Lower Primer 200.0 nM
Monovalent Cation 50.0 mM
Free Mg[2+] 0.7 mM
----------------------------------
Total Na[+] Equivalent: 155.8
--------------------------------------------------------------------------------
Selected Primers
--------------------------------------------------------------------------------
Z23168:708U21 Upper Primer
5' GGG TCA CAA CTT TAT TGC TGG 3'
Length: 21-mer
5' 708
Tm: 64.6 °C (salt 1000.0 mM; oligo 100.0 pM)
deltaG (25 °C): -38.8 kcal/mol
Degeneracy: 1
P.E.#: 6/410
1/E: 5.06 nmol/A260
33.0 μg/A260
Z23168:948L21 Lower Primer
5' AGC CAT TTT CAA AGC CTC TGT 3'
Length: 21-mer
3' 948
Tm: 65.7 °C (salt 1000.0 mM; oligo 100.0 pM)
deltaG (25 °C): -40.0 kcal/mol
Degeneracy: 1
P.E.#: 298/403
1/E: 5.16 nmol/A260
33.2 μg/A260
以上是我用oligo得到的引物，引物二聚体，发夹结构等都没有问题，可是总得不到我想要的带。从结果上看Lower Primer 的 P.E.#= 298/403 , PE就是所谓的引发效率，我知道，一般错配的引发效率不高于100都没有太大的问题。我不知道这个结果中的298代表什么，不知道是不是这个值太高了导致了错误的引发。还请有经验的战友指教，PE值一般在什么范围比较好？
