请哪位大侠帮我解决一下5'RACE引物的设计问题(TAKARA试剂盒)
丁香园论坛
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大侠,你好,我是一位涉世不深者,用TAKARA公司的3'RACE试剂盒刚克隆完3'RACE的序列,大概1000bp,现在想同样用5'RACE的试剂盒把5'末端做出来,但是因为TAKARA的试剂盒要设计5条引物,一条反转录引物,两对PCR引物,我觉得有点难,请哪位大侠告诉我设计这几条引物应该注意什么,该如何设计,我把序列也贴出来,希望哪位大侠帮帮忙,有时间帮我分析一下这段序列,当然如果帮我设计这5条引物来,小生真是不甚感激。
AACAATCCTGTAAGCGGCACAAACCTTTGCTACTCCTTACACTTCTACGCGGCAACTCATAAACAAAACTTAAGAGACAAGGCGCAGGCTGCAATAAATAAGGGAGCTTGTATCTTCGTAACTGAATACGGAACCGTTGATGCAAGTGGAGGTGGTGGAGTGGATGAAGGCTCAACAAAAGAATGGTATAACTTCTTGGATAGTAACAAGATTTCTAACCTCAACTGGGCTATCTCAAACAAGGCGGAAGGTGCTTCAGCACTCACATCTGGAACGAGTGCTTCTCAAGTTGGCAATGATGACCGACTGACTGCCTCCGGTCTTATAGTGAAGAAGTATATTAAATCAAAAAATACCGGTGTCAGTTGCAGTGGTGCATCGTCAAGCAGTGGTTCAGGAAGTAAACCCTCAGGAAATAAACCGAGCAACTCAGAAAGCAGCACTGCCAAGACATCAGGCAATTCAGGAAATAAAGGCGGTAATTCTAACACAGGGAGTAATGCAAATAACTCAGGAAGTAAATCGGGCAACTCCGGAAGTAATACAGGAAACACGGGCAGCAATGCTGGGGCCAATTCAGGAAATACGGGAACCAGTACAGGCAGTAGTTCTGTTACAGCTTCAGTGCAAGTTCCCGATAAATGGGATAATGGCGCAAGATTCCAGTTAGTATTTAAAAACAATGCAAGTACAAAAAAGTGTGGAGTGAAATTTTCATTGACTTTTGCCTCTGGACAACAAATTACTGGCATTTGGAATGTCCAAAATGTAACAGGAAATAATTTTGTTCTTCCAGACTACGTTACAATTGAGGCGGGGAAACAATATACAGATGCAGGAATGAATATAAATGGGCCAGCAACTCCTCCACAAATTAAAGTGCTCGGCGATGGAAAATGCGTTCATTGAAATTAGAAGAGATGATTGTTGAACCATTTAATATTGTGATTGTTTAAATTGTCAATATGAATTTATGTATATGTTGCTTCAAATAATGTTGTTTATGTTTTATTGATAAATTTTTGTATTGTAAAAAAAAAAAAAGTCGTGACTGGGAAAAC
我自己也试着设计了一次引物,帮忙分析一下,是否合适。
5’RACE引物:
RT-primer:
5’-ACTTGCATCAACG-3’ (约存在于序列的148-135bp)
PCR1引物:
A1:5’-CGTAGAAGTGTAAGGAGTAG-3’ (约存在于30-50135bp)
S1:5’-AGAGACAAGGCGCAGGCTGC-3’ (约存在于73-93bp)
PCR2引物:
A2:5’-TTGTGCCGCTTACAGGATTG-3’ (约存在于23-3bp)
S2:5’-GCTTGTATCTTCGTAACTGA-3’ (约存在于106-126bp)
AACAATCCTGTAAGCGGCACAAACCTTTGCTACTCCTTACACTTCTACGCGGCAACTCATAAACAAAACTTAAGAGACAAGGCGCAGGCTGCAATAAATAAGGGAGCTTGTATCTTCGTAACTGAATACGGAACCGTTGATGCAAGTGGAGGTGGTGGAGTGGATGAAGGCTCAACAAAAGAATGGTATAACTTCTTGGATAGTAACAAGATTTCTAACCTCAACTGGGCTATCTCAAACAAGGCGGAAGGTGCTTCAGCACTCACATCTGGAACGAGTGCTTCTCAAGTTGGCAATGATGACCGACTGACTGCCTCCGGTCTTATAGTGAAGAAGTATATTAAATCAAAAAATACCGGTGTCAGTTGCAGTGGTGCATCGTCAAGCAGTGGTTCAGGAAGTAAACCCTCAGGAAATAAACCGAGCAACTCAGAAAGCAGCACTGCCAAGACATCAGGCAATTCAGGAAATAAAGGCGGTAATTCTAACACAGGGAGTAATGCAAATAACTCAGGAAGTAAATCGGGCAACTCCGGAAGTAATACAGGAAACACGGGCAGCAATGCTGGGGCCAATTCAGGAAATACGGGAACCAGTACAGGCAGTAGTTCTGTTACAGCTTCAGTGCAAGTTCCCGATAAATGGGATAATGGCGCAAGATTCCAGTTAGTATTTAAAAACAATGCAAGTACAAAAAAGTGTGGAGTGAAATTTTCATTGACTTTTGCCTCTGGACAACAAATTACTGGCATTTGGAATGTCCAAAATGTAACAGGAAATAATTTTGTTCTTCCAGACTACGTTACAATTGAGGCGGGGAAACAATATACAGATGCAGGAATGAATATAAATGGGCCAGCAACTCCTCCACAAATTAAAGTGCTCGGCGATGGAAAATGCGTTCATTGAAATTAGAAGAGATGATTGTTGAACCATTTAATATTGTGATTGTTTAAATTGTCAATATGAATTTATGTATATGTTGCTTCAAATAATGTTGTTTATGTTTTATTGATAAATTTTTGTATTGTAAAAAAAAAAAAAGTCGTGACTGGGAAAAC
我自己也试着设计了一次引物,帮忙分析一下,是否合适。
5’RACE引物:
RT-primer:
5’-ACTTGCATCAACG-3’ (约存在于序列的148-135bp)
PCR1引物:
A1:5’-CGTAGAAGTGTAAGGAGTAG-3’ (约存在于30-50135bp)
S1:5’-AGAGACAAGGCGCAGGCTGC-3’ (约存在于73-93bp)
PCR2引物:
A2:5’-TTGTGCCGCTTACAGGATTG-3’ (约存在于23-3bp)
S2:5’-GCTTGTATCTTCGTAACTGA-3’ (约存在于106-126bp)