蛋白质序列的一般分析流程

虽然响应不是很积极，我还是再贴贴蛋白质的序列分析流程吧。罗嗦一句，提供的网址表示可以在该处进行免费分析。

2.1 蛋白质序列的检索
2.1.1 从NCBI检索蛋白质序列
http://www.ncbi.nlm.nih.gov:80/entrez/query.fcgi?db=Protein
2.1.2 利用SRS系统从EMBL检索蛋白质序列
http://srs.ebi.ac.uk/

2.2 蛋白质序列的基本性质分析(方案)
2.2.1 蛋白质序列的信号肽分析
http://genome.cbs.dtu.dk/services/SignalP-2.0/
http://genome.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
2.2.2 蛋白质序列的跨膜区分析
http://genome.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-1.0/
http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
2.2.3 蛋白质序列的亚细胞定位分析
http://predict.sanger.ac.uk/nnpsl/nnpsl_mult.cgi

2.3 蛋白质序列的同源性分析
2.3.1 基于NCBI/Blast软件的蛋白质序列同源性分析
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/blast.cgi
2.3.2 基于WU/Blast2软件的蛋白质序列同源性分析
http://dove.embl-heidelberg.de/Blast2/
2.3.3 基于FASTA软件进行蛋白质序列同源性分析
http://www2.ebi.ac.uk/fasta3
2.3.4 两条蛋白质序列之间的同源性分析
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/bl2.html
2.3.5 蛋白质序列的批量联网同源性分析(方案)

2.4 蛋白质序列的结构功能域分析
2.4.1 蛋白序列的motif和Prosite分析
http://www.isrec.isb-sib.ch/software/PFSCAN_form.html
2.4.2 蛋白质的结构功能域分析
http://smart.embl-heidelberg.de/
http://www.ebi.ac.uk/interpro/interproscan/ipsearch.html

2.5 蛋白质家族分析及其进化树的构建(方案)