我的一对引物扩出了别的东西? 怎么回事a ???
丁香园论坛
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用的是反转录的CDNA为模板3‘RACE方法扩增一未知基因的全长
利用已知序列设计上游引物 ,下游为试剂盒提供的Adaptor PRIMER
扩增结果有杂带 但500bp左右目的条带很亮 纯化后测序结果是另一基因
与我已知序列BLAST 2 SEQUENCE 并无相似性 ?????
到底是怎么回事啊???
引物同源性在BLAST比对的结果怎么分析 看不大懂 都是100%一致的
上游CGGTGAGAAGTTCCGTTATG
3’Adaptor primer ctgatctagaggtaccggatcc
已知序列GTACCGATGACGATGATGTCGTCATCAACGCCTTCAAGGCCTTCGACAACAACGGCCGAA
TTGACGGTGAGAAGTTCCGTTATGCCCTCACTCACTGGGGTCAGGAAAAGTTCCCCGAGG
ATGAGGTTGACGATGCCTTCGACCAGATGATCGTTGACGATAAGGGCTTCATCGACACCG
CTGCCCTGATTGCCATGCTCACCGGTTCCGAGGAGGGAGAGGAAGAATAAACGGATTCTT
CACGAACCACCAAAAAAACCCAACCACTTCTATTTATTTAAAGAACTCTTACTTGTAAAC
AACATCTACAAAGAACAAGCAGTGACAACAACAACAACAACAACAATACGGAGAACATCT
TCATGTAACCACAATTCCATTTGCTTACATCATCTGATTCTAAATTATTACTTTTATTTT
CTATGATAAGACATGAATTTTAAGCTTTAAGGAAAATAAAGTTTTTTNAAAAAATCTTTN
NAANTG
测序结果
CGGTGAGAAGTTCCGTTATGTATTATCTATAGGAGCTGTATTTGCTATTATAGCAGGATTTATTCACTGATATCCTTTATTAACAGGATTAGTAATGAACCCTACATGATTAAAGATTCAATTTACTATTATATTTATTGGAGTAAATTTAACATTTTTCCCACAACATTTCTTAGGATTAGCAGGAATACCACGACGATATTCTGATTTTCCAGATAGTTACTTAGCATGAAATATTGTTTCATCATTAGGTAGAACAATTTCATTATTTGGAATTGTATTCTTTTTATTTATTATTTGAGAAAGTATAATTTCTCAACGAACACCTTCATTCCCTATACAATTATCATCATCAATTGAATGATATCATACTCTTCCACCTGCAGAACATACATATGCAGAACTTCCATTATTATCATCTAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAAAAAAAAAAAGGATCCGGTACCTCTAGATCAG
help
都扩了好久了
多谢
利用已知序列设计上游引物 ,下游为试剂盒提供的Adaptor PRIMER
扩增结果有杂带 但500bp左右目的条带很亮 纯化后测序结果是另一基因
与我已知序列BLAST 2 SEQUENCE 并无相似性 ?????
到底是怎么回事啊???
引物同源性在BLAST比对的结果怎么分析 看不大懂 都是100%一致的
上游CGGTGAGAAGTTCCGTTATG
3’Adaptor primer ctgatctagaggtaccggatcc
已知序列GTACCGATGACGATGATGTCGTCATCAACGCCTTCAAGGCCTTCGACAACAACGGCCGAA
TTGACGGTGAGAAGTTCCGTTATGCCCTCACTCACTGGGGTCAGGAAAAGTTCCCCGAGG
ATGAGGTTGACGATGCCTTCGACCAGATGATCGTTGACGATAAGGGCTTCATCGACACCG
CTGCCCTGATTGCCATGCTCACCGGTTCCGAGGAGGGAGAGGAAGAATAAACGGATTCTT
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NAANTG
测序结果
CGGTGAGAAGTTCCGTTATGTATTATCTATAGGAGCTGTATTTGCTATTATAGCAGGATTTATTCACTGATATCCTTTATTAACAGGATTAGTAATGAACCCTACATGATTAAAGATTCAATTTACTATTATATTTATTGGAGTAAATTTAACATTTTTCCCACAACATTTCTTAGGATTAGCAGGAATACCACGACGATATTCTGATTTTCCAGATAGTTACTTAGCATGAAATATTGTTTCATCATTAGGTAGAACAATTTCATTATTTGGAATTGTATTCTTTTTATTTATTATTTGAGAAAGTATAATTTCTCAACGAACACCTTCATTCCCTATACAATTATCATCATCAATTGAATGATATCATACTCTTCCACCTGCAGAACATACATATGCAGAACTTCCATTATTATCATCTAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAAAAAAAAAAAGGATCCGGTACCTCTAGATCAG
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都扩了好久了
多谢