RT-PCR条带总是不对?急急急!
丁香园论坛
各位大虾:
我做巢式PCR,内外侧引物条带均不对,作了N次,还是找不道原因,请各位帮忙分析。
1、引物:
The fisrt pair primer:5'primer:5'CAC TAG AAT GGG CAA CTG GTA GC3'(2-24nt)
3'primer:5'CCG AGT ATA CGC ACA ACG CA3'(937-956nt)
The second pair primer:5'primer:5'GCC GAA TTC ATG CTC CTA TCG CGG ATT3'(ECORI
site)
3'primer:5'GAC CTC GAG TCG TAC GTT GCA ACC AGC3'(XHOI
site)
2、序列:(CDS:57--906)
TCACTAGAATGGGCAACTGGTAGCGGTCGCGCCCATGAGGACATGGTCATCAACTAATGCTCCTATCGCGGATTTTGGCATTCCGACAAGCACTCGAAGGAGCCAACCTTTCGCGGAGGAGCGTACTGGCACCAGAGCGCCCTCAGAGAGTCAATTCCAGGAGGTATTGTAAACCAGTAACGGAGTACGTAGCGCAGAGATGCTGCTGCTCTAAACAGCATCTCTCACATGGTCGACACCAGGACACGGCACGTTTAGCAGAAAACGTGGAGACACAAGTGGAACGCGACGATTGCGCTGTACTAACATTATTTCCATCGCGTGACACACCACTTTCGAGTCAGACAGACCTTGCTGACAGCGTCACACTCAGGTCGACCGCACGGCGCGATATGTATCGGCGTTATATCCTGTGCCGATCAACTGGCTCCAGGTGTGTGTTGTGTAGACGAAGCGATAGAGACTTAAGCGTGTGCACATTTCTAGGTCAAGGGCAAAGATATCATACTACCATGTCACAGTGCCATACTGAAGTGCTCATAGTCGCTATTCGACTCTGCAACATACGGTTTTTTCGAGAACGAGATGTCATGACATCTGCTAATCCTGTTACCAGTGGCTGCTGCAGTTGCGATAAGTTGTGTCTTACCGGGTTGGACTCAAGACGTAGTTACCGGGTAAGAGAGTCGGGGCTGAACGGGGTCGTGAAACATTGGACGACGCCTACACGACTGAGATACTCAGGGATTCCACTAGGTTCTAGACGGCGCACCGGGGTAGAGCTCAGTTTTTTGCTGTATGCGAACGGGAAGGCGACTGGAGTGCCATGTCCGGTTTTCAACAAACCATGCAGAATGCTGAATGAGGGCTACGTTTACCACTGCGATGCTGGTTGCAACGTACGATAGCGCTGGCGAATGCGCATTACGGTACGGCTGCGTTGTGCGTATACTCGGTGTAGGTACAGCGATACAGGAACGACTCTGTATTAACTCTTTTCGAGTAATGCTAGAGACGAGATCGAAATAGTCTTCTATGTAAGCCGTAGTTTAGGGCACCACTTTTCAAGAACTCTGTAGCATGCCTAACTACCTGCTCAAATCTGTTACAGTGGCTGATTCGATCCCTATGCATTATGCTATACCGAATACTCCGCGTTTCAACGCGTACTGATAACCTGTCGTACCAACTTAATCGCTGCAGACATCCCTTTCCAGCTGCGTAATAGCGATAGCCCGTACGACTGACCTCGCAACAGTACACTAAATGCAATGCTCTTTCCCTGATATGCACAACAAACGCGTCACGAACGCTTGGCATGATGTCGAACTACCCTAAAGGGCGATACTGTCGTCGTTCACTCTTACAAAACTGTCACGATGCACGGTATACTGACTGCGCCCACTCTACACCAACGTGACCTACCCATTACGGACGAATCCGCCGTTGTGTCCCCACGAGAAATCCAGACGGGTTATTTACTCAGCTCACTATTATAATGTATAGATGAATAGCTGGGCTACACGCGATACGGACGCATGAGCAGCGATATTATATTTTGATTGGACTGTTGGAA
3、内参位置正确,总RNA提取和逆转录均用上海生工的,PCR用的是宝生物的高GC BUFFER 的TAQ酶。各种退火温度都试了,要么没有条带,要么就是800BP(外引物)或500BP(内引物),有时还有长长的拖尾,模板量和延伸时间、循环次数都已调整,还是不见成效。
请各位高手指教,在线急盼回复。