没有 CT 值，我的 QPCR 实验失败了吗？（上）

「为什么我的实验没有 CT 值？」

「是我的实验/试剂/引物/仪器/操作有问题吗？」

「我的实验必须要重做吗？」

作为技术支持的小编，经常碰到客户问类似的问题。小编也理解，对于做荧光定量实验的老师们而言，CT 值是一个非常重要的数据，有时候大家忙活半天就是为了得到一个 CT 值。而实验做完却没有 CT 值，的确是很让人郁闷的情况。但是导致没有 CT 值的原因不仅仅是实验失败，今天，小编就给大家总结一些常见的导致荧光定量结果没有 CT 值的原因，希望能对大家有所帮助。

在解释为什么会没有 CT 值之前，让我们先看一看 CT 值是什么，它又是怎么产生的。

■ CT 值的全称是 threshold cycle，指的是扩增曲线的荧光值达到阈值线时的循环数，它能反映起始模板的浓度，所以是荧光定量实验的重要数据。

那么 CT 值是怎么产生的呢？荧光定量软件会对扩增反应的荧光曲线进行分析，画出基线（baseline）和阈值线（threshold）。基线通常是从循环最初信号稳定以后画到扩增曲线起峰前，代表了反应孔的背景荧光信号，图 1 中 A 图就标出了扩增曲线的基线位置。画基线的目的是为了扣除基线，如果把扩增反应比作一场跑步比赛，阈值线是终点的话，那就需要把起点也拉到同一位置才有可比性。因此，我们看到从 A 图到 B 图，图谱的纵坐标轴从 Rn 变成了 ΔRn，起始循环的数值也从 800 左右变成了 0，就是扣除了基线的结果。在扣除了基线的图谱上（图 1B），软件画出一条穿过扩增曲线指数增长期与横坐标轴平行的线就是阈值线了，这条阈值线与扩增曲线相交，就产生了 CT 值。

图 1 扩增曲线中的重要概念

解释完了 CT 值是如何产生的，接下来我们就通过几个案例来分析一下造成定量数据没有 CT 值的原因。因为除了 CT 值，扩增曲线图也是大家分析定量 PCR 数据时第一眼就会关注到的结果，所以我们就按扩增曲线图的情况来分类进行解释。

情况一：没有扩增曲线图的选项

案例 1：

在这个案例中，实验结果只有熔解曲线图，而没有扩增曲线图（图 2A），数据结果中也没有 CT 值这一栏。而客户的反应程序设计中循环扩增反应和熔解曲线的程序都没有问题（图 2B），那么问题出在哪里呢？

图 2 结果分析中没有扩增曲线图谱

我们再回到实验设置的界面（图 3），会发现这里错把实验类型选成了 Melt Curve，这就导致实验结果中只有熔解曲线图而没有扩增曲线图了，没有扩增曲线也就没法分析 CT 值了。

图 3 实验类型选择错误

因此，对于需要看 CT 值的定量实验，需要选择 Quantitation 的实验类型，可以根据实验情况选择是绝对定量还是相对定量，但一定不能选择 Melt Curve, Genotyping 以及 Presence/Absence 这几个实验类型，否则就得不到 CT 值的结果了。而且这种选择错误在实验结束后也无法再更改，这个实验就无法挽救只能重做了。

情况二：扩增曲线图是空的

当实验类型选择正确以后，就能看到扩增曲线图谱的选项，但有的时候会发现这个图竟然是空的，这又是什么原因造成的呢？我们来看接下来的这几个案例：

案例 2：

在这个案例中，实验结束以后，扩增曲线图里是空的，没有任何曲线（图 4A）。但查看发现这个实验的设置没有任何问题，实验也是正常运行结束的，只是结束以后未点击分析，只要点击软件右上角的「Analyze」键后，就出现了正常的扩增曲线和 CT 值（图 4B）。

图 4 实验结束后未分析导致扩增曲线图为空

所以，大家以后如果遇到这样的情况，第一反应是可以点一下「Analyze」键，看看是不是就会出现分析结果。另外，如果在对软件设置做了修改以后，也需要再点击「Analyze」键，才能把修改应用到分析中。

但有的时候点击了「Analyze」键，也不能出现正常的扩增曲线和 CT 值，反而会出现一些报错的提示，那么就可以根据这个提示去修改对应的设置。

案例 3：

在这个案例中，点击「Analyze」键后，软件提示「The analysis cannot proceed because the experiment is missing required plate setup information. Go to Experiment Setup to create and assign targets and samples」（图 5A），这也就是说实验缺少必要的 plate setup 信息，需要回到设置界面去 Define 和 Assign 「targets」和「samples」。当我们回到设置界面，会发现这个实验虽然设了 target，但没有给孔分配 target（图 5B）。由于软件计算阈值线的时候是按 target 来画的，所以没有设置或分配 targets 会导致软件无法进行分析，从而得不到 CT 值。

图 5 未设置 target 导致扩增曲线图为空

除了 targets 以外，如果是没有设置或分配 samples，软件也会给出相同的报错提示，这里就不另外配图了。对于这两种情况导致的数据无法分析，只需要回到设置界面重新设置和分配好「targets」和「samples」，再回到分析界面重新分析就可以了。

其实扩增曲线图如果是空的，一般都是软件设置错误或者操作不当引起的，但这些设置错误有些在实验完以后可以修改，有些则无法挽救，比如下面这个案例。

案例 4：

实验结束点击分析的时候，软件出现报错：「Analysis failed due to: GEx Session doesn’t exist in context」（图 6A）。查看运行程序设置的时候发现在循环扩增的步骤没有采集荧光信号（图 6B），这样自然就没有扩增曲线和 CT 值了。同时，由于反应已经运行完毕，没有采集到荧光信号也无法通过后期的修改来补救，只能重新做实验了。

图 6 未采集荧光信号导致没有扩增曲线

其实，在我们的荧光定量软件里默认的运行程序中，循环中退火延伸步骤是默认采集荧光信号的，所以大家如果要修改默认程序，一定要注意采集信号的图标是否是点亮的。

以上几个案例中，没有 CT 值的原因都是由于没有扩增曲线导致无法计算 CT 值，还有一些案例是有扩增曲线，但没有 CT 值的。由于篇幅关系，小编把这些案例放到了下一篇里，请大家继续关注我们，期待《没有 CT 值，我的 QPCR 实验失败了吗？（下）》。