Affymetrix最新全转录本芯片 一张芯片同时检测mRNA和lincRNA

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在过去20年间的研究中，RNA研究的主要方向多关注于编码蛋白的mRNA及其在细胞过程中的功能，比如疾病和发育等。但是随着研究的不断深入，研究者陆续发现了多种非编码RNA在生命过程中起着重要的调控作用，例如microRNA，siRNA ，piRNA以及众多长片段非编码RNA。最近，研究人员逐渐认识到人类基因组中有至少10000个不编码蛋白的转录本，其长度在200个碱基以上，这一类非编码RNA被定义为长链基因间非编码RNA，long intergenic non-conding RNA(lincRNA)。到目前为止，只有其中的一小部分具有功能注释。

lincRNA是一类位于编码蛋白基因之间，长度超过200nt的长链非编码RNA。lincRNAs起初被认为是基因组 转录的“噪音”，是RNA聚合酶II转录的副产物，不具有生物学功能。

然而，近期在转录 组分析中的进展表明lincRNAs与多种细胞功能有密切关系。比如：

调控mRNA转录 和转录修饰

阻塞/启动转录 因子结合

激活和转运转录因子

与辅助蛋白结合

近年来的研究表明，这些lincRNA在疾病(包括癌症)的发生和发展过程中起着十分重要的作用。像miRNA一样， lincRNA 在疾病诊断和治疗上也代表了另一个重要的分子来源。lincRNA表达水平上的差异或某些癌症类型特异型lincRNA的表达，可作为肿瘤诊断和治疗的新分子标志物。例如lincRNA DD3( 也称PCA3)已被定位前列腺癌高度特异的核酸分子标志物，其特异性高于血清前列腺癌特异性抗原( PSA)。还有研究发现，lincRNA可能与大脑发育，调节精子成熟，神经退行性疾病等过程密切相关。

为了满足研究者对于转录本的研究需要，Affymetrix设计了新一代全转录本芯片，GeneChip® Human Gene 2.0 ST Array，在一张芯片上可以同时检测mRNA和lincRNA。在其上一代1.0 ST Array的基础上，该芯片内容进一步丰富并更新数据库，2.0 ST Array有更多的优点：

1. 全面覆盖转录组，可以同时检测>30,000个编码的转录本和>11,000个长链非编码转录本

2. 探针设计最大程度覆盖所有外显子，可检测选择性拼接/转录本变体。每个转录本覆盖特异探针的数目中值达到21种，每种探针的长度为25bp，这意味着每个转录本将被检测的碱基数中值高达525个。高度的覆盖度将为使用者提供优异的表现和数据可靠性。

3. 重复性高：信号相关系数≥0.99

4. 灵敏度高：在1:100K vs 1:200K的分子浓度下检测出这种2倍的表达差异

5. 数据库更新：

RefSeq(release 51)

Ensembl (release 65)

lncRNA db 2011

Human Body Map lincRNAs and TUCP catalog 2011

通过此芯片检测，研究者可以对目前所有已知的人类lincRNA进行检测，能够快速高通量的获得与特定生物学过程或疾病相关的lincRNA的表达变化，以及在其调控下，mRNA表达的差异。在一张芯片上研究人员可以同时进行两个水平的研究，提高研究效率，进一步阐明这些lincRNA的生物学功能以及发现特定疾病的分子标志物。

另外，除了人的Gene 2.0 ST Array以外，Affymetrix还将推出小鼠，大鼠，仓鼠，线虫，果蝇等多种模式生物的Gene 2.0 ST Array，其中小鼠的芯片可以检测1200多条lincRNA。除此以外，还有多种动植物全转录本芯片也即将升级至2.0版本。