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分子生物学几个相关软件简介

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1. DNASIS 2.5
DNASIS for Windows 2.5版是日立软件公司(Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.)97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子 生物 学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能,足可满足一般实验室的要求。

2. DNATools 5.1
DNATools设计的用户友好、强壮,以便快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据库查询获得的序列相关信息。DNATools包容性很好,能把几乎所有文本文件打开作为序列。当程序不能辨别序列的格式时(通过寻找常用序列格式的特征),会显示这个文件的文本形式,以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列,编辑后可以再被载入程序。若你的序列是DNATools格式时(DNA或寡核苷酸序列),程序不加注解的载入序列,程序模式调整成可以接受载入的数据类型(蛋白质、DNA和寡核苷酸引物序列)。在一个项目中可以加入几千个序列或引物,并在整个项目中分析这些序列及标题。这个程序的一个特点是给每个序列或引物添加文本标题。这样就可以用自定义的标题识别序列,而不必通过它们的文件名。为避免丢失数据-和你的工作-DNATools包括几个挽救丢失数据的功能:一个5层的撤销/重复功能,重新获得原始序列的恢复功能,项目中加入新文件时的安全备份功能,以及在一定的时间间隔作完全备份或备份你的工。

3. DNAClub
DNA Club是一个简单的对DNA进行与PCR有关的操作的软件。它的功能有: 1、输入DNA序列; 2、查找ORF序列; 3、把DNA翻译成蛋白序列; 4、查找酶切位点; 5、查找PCR引物序列。 功能虽然都很简单,但非常实用,一般的用户都可以很方便地使用。

4. Premier5.0
是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计和评估的软件,和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口(Genetank),引物设计窗口(Primer Design),酶切分析窗口(Restriction Sites)和Motif分析窗口。这里我们主要介绍其引物设计功能,顾名思义,该软件就是用来进行引物设计的。可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物,而在手动的任何时候,下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件,让软件自动搜索引物,并将引物分析结果显示出来。而且进行这些操作非常简单。其功能绝不在Oligo 5.0之下!

5. GeneDoc 3.2
GeneDoc能用用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性,输出的格式一目了然,而且可以报告为进化树的格式。选择项多,可以达到所需的要求。功能多又强,但要完全掌握,并不是很轻松的事。

6. MACAW 2.05
MACAW 是多序列构建与分析工作台软件(Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench, MACAW)是一个用来构建与分析多序列片段的交互式软件。MACAW具有几个特点:1. 新的搜索算法查寻类似区,消除了先前技术的许多限制。2. 应用一个最近发展的数学原理计算block类似性的统计学显著性。3. 使用各种视图工具,可以评估一个候选block包含在一个多序列中的可能性。4. 可以很容易地编辑每一个block。在多序列中查找一个类似片段并不是一件简单的事,主要是因为要查找的量极大。这正式MACAW所要解决的问题。

7. Clustal X
Clustal X 用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较(multiple sequence alignment)的软件。多序列比较在分子 生物 学中是一个基本方法,用来发现特征序列,进行蛋白分类,证明序列间的同源性,帮助预测新序列二级结构与三级结构,确定PCR引物,以及在分子进化分析方面均有很大帮助,Clustal X很适合这些方面的要求。

8. Winplas 2.6
该软件用来绘制发表质量的质粒图,可广泛应用与论文、教材的质粒插图。其特性包括:1.知道序列或不知序列结构均能绘制质粒图;2. 可读入各种流行序列格式文件引入序列信息;3. 自动识别限制位点 可构建序列结构,功能包括:从文件插入序列、置换序列、序列编辑、部分序列删除等;4. 绘图功能强大,功能包括:位点标签说明、任意位置文字插入、生成彩图、线性或环形序列绘制、可输出到剪贴板、可输出到图像文件;5. 限制酶消化分析报告输出与序列输入报告功能。

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