福利：分子生物学相关软件推荐
丁香园
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在互联网上，有很多软件可以解决分子生物实验人员在做实验中遇到的问题。本文提供了序列分析、实验设计阶段比较实用的软件。
软件主要用于酶分析、引物设计、同源序列比较、质粒作图、结构域（motif）查找、RNA 二级结构预测、蛋白二级结构 分析、克隆策略图谱、三维结构显示等方面的内容。
1.综合性软件
这类软件要求对本阶段上述的大部分功能均具备，但这类软件大多在专项分析上没有优势。
推荐软件：Omiga 2.0
优点：你所能想到的大部分对核酸蛋白的序列分析功能，它大多具备。而且有很舒适的表达方式。如果你不喜欢装备各种专业性强的软件，而希望用一个综 合性的软件代替的话，就选择它吧。本阶段的大部分功能它都有。
另外，该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析，对蛋白进行有关的 多肽酶处理后产生多肽片段。
缺点：文件实在太大了。要完全下载所有有关软件的话，需 20 多 M ，而且每个功能并不十分完美，只能说可以解决问题。
同类参考软件：DNASIS 2.5 DNATools 5.1
2.限制酶分析
据说这是最简单的功能了，其实我们用普通的文本搜索也能找出相应的序列位点。不过，正因为如此，所以我们希望软件在结果输出上有 更完美的表现。
推荐软件：DNAssist 1.0
优点：虽然能进行限制酶分析的软件多如牛毛，但可以说本软件几乎是唯一合格的限制酶分析软件。原因是大多软件只对线性序列进行分析，那么 NNNgaatt 环状的序列就找不到 EcoR I 的位点。而这个软件是唯一能简单地达到这个目的把这个 EcoRI 位点找出来的软件。
当然 Omiga 等综合性软件可能也能找出，但我没有简单地找出来。另外 DNAssist 在输出上非常完美，除了图形、线性显 示外，还有类似 DNASIS 的列表方式，列出有的位点（按酶排列，按碱基顺序排列）、没有的位点。可以说限制酶分析上该软件是当之无愧的冠军。
缺点：显示结果是黑白的，不是非常亮丽。
同类参考软件：Primer Premier 4.1
3.引物设计
由于引物设计大多在原来的序列上设计，因此能否对假定的引物进行各种属性的分析，参考各种结果，最后找到合适的引物序列便成为最关键的了。
推荐软件：Primer Premier 4.1
优点：顾名思义，该软件就是用来进行引物设计的。可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数 的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动 搜索引物，并将引物分析结果显示出来。而且进行这些操作非常简单。
缺点：没有明显缺点
同类参考软件：DNAClub Oligo 5.0
4.同源序列比较
与限制酶分析相似，由于这类软件的内核大都是相同的。所以其外观和易用性也成了更重要的标准。
推荐软件：GeneDoc 3.2
优点：用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性，输出的格式一目了然，而且可以报告告为进化树的格式。选择项多，可以达到所需的要求。
缺点：要完全掌握，并不是很轻松的事。
同类参考软件：MACAW 2.05 Clustal W
5.质粒作图
与限制酶分析一样，这也是最常用的功能。很显然，要求质粒作图对已已知序列自动作图，对未知序列但知道关键部位位置清楚的质粒也能作图。主要是对各种酶切位点、基因序列、特定结构域序列均能标示。
推荐软件：Gene Construction Kit 2.0
优点：符合上述对质粒作图的所有要求，而且做出来的图可以用到下面要讲到的克隆策策略图谱中去。
缺点：使用实在太不方便了。
参考软件：Winplas 2.6 pDRAW32 1.0.33
6.结构域（motif）查找
与限制酶的分析相似，这也是一个文本查找的内容，关键在于以何种方式显示查询结果。
推荐软件：GeneDoc 3.2
优点：用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性，输出的格式一目了然，而且可以报告。
缺点：要完全掌握，并不是很轻松的事。
同类参考软件：MACAW 2.05 Clustal W
7.序列查找下载工具
推荐软件：Network Entrez
优点：该软件是一个客户端程序，需在联网时使用，可以查询核酸、蛋白、基因、三维维结构数据。虽然现在大家可以直接到相应的网址查询序列，但有一个将各分散的不同站点序列查询集合在一起的软件是否更适合你呢?
缺点：对实验人员来说，还不是能简单上手的。而且如果不上网的话，还真是一点用处处也没有。软件作用太专一了。
8.RNA 二级结构预测及分析
一旦碰到二级结构分析和预测的时候，好象各个软件都适孪仍己盟频模只能在 mac 和 unix 下使用，在 windows 下用的实在太少了。而且似乎人们在二级结构预测方面也没有什么明确的模型。因此，对这类软件只能以参考参考的心态来使用了，不能报任何希望 。
推荐软件：RNAdraw 1.1b2
优点：软件真可谓短小精悍，如此小的软件，竟然能将我们想知道的各种参数计算出来。与其竞争对手 RNAStructure 3.5 相比，功能并没有少。
缺点：需要用右键来弹出菜单、处理问题。
参考软件：RNAStructure 3.5
9.蛋白二级结构分析
不要指望软件能给你带来一个有三维结构的蛋白（不然， 做 NM ，X 射线衍射的人不都失业了）。所谓的分析只能给你一个蛋白某些片段有形成什么结构的方向。结果还是要靠人本身。
推荐软件：Antheprot 4.5
优缺点：由于没有竞争对手，难以比较，实在无所谓优缺点了。该软件能够提供蛋白序 的一些二级结构信息，以便于我们对未知结构蛋白的结构做个假想。
10.克隆策略图谱
几乎所有人都用手工或用绘图软件来画出整个克隆过程，各种位档只能大概估计，与核酸的序? 之间的关系当然无从谈起。现在终于有可以解决问题的软件登陆了。
推荐软件：Gene Construction Kit 2.0
优点：可以将载体与目的基因各自进行适当的限制酶切好后，连接成新的载体-基因。靠梢将整个克隆过程用图示方式表示出来。可根据适当的 marker 将电泳图画出来（而且可以和扫描的实际结果对照）。
整个过程相当于模拟一个克隆过程，还没开始做实验，就大致知道实验的结果了。提供了一个相当详细的教学文件。更何况如前所述，它还是一个优秀的质粒作图软件 。
缺点：要使用它，实在需要重新学习。虽然使用较难，看在有详细教学文件和功能急需及强大的份上，也是非常值得的。
11.三维结构显示
用各种方法计算出来的各种三维结构的数据只有在相关软件帮助档那况下，才能显示出其本来面目，使得我们对这些分子的结构有一个直观的体会。
推荐软件：RasMol 2.7.1
优点：程序短小，功能强大。尚无在功能上出其右者。其显示窗口可以很简单通过选择择相应的菜单来显示分子的三维结构。
缺点：在拥有强大功能的命令行窗口使用命令时，需记住大量的命令，还要对分子的一 结构有了解，太难了，简直又进入了 DOS 时代。
参考软件：ICMlite 1.0 Cn3D
说明：三维结构显示有一个软件是浏览器插件，就是 Chime 2.0 ，它与其他三维结构显 的作用有些不同，需与浏览器一起起作用。
12.格式转换
各种软件为了自己软件的需要有不同的格式，对我们使用数据带来困难。好在我们有格式转换软件。
推荐软件：Seqverter 1.3
优点：使用简单，填写输入文件和输出文件名就可以完成格式转换。而且能够转换的非常之多。可在线升级以读更多格式文件。
参考软件：Visual Sequence Editor 1.1
