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微卫星技术(micro satellite, MS)

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微卫星DNA又称短串联重复序列(short tandem repeats, STR) 、简单重复序列(simple sequence repeat, SSR),指DNA基因组中小于10个核苷酸的简单重复序列,广泛存在于真核基因组中,多数以2~6个碱基为核心单位、串联重复排列的序列。
  1974年,Skinner 在寄居蟹中发现了卫星DNA的重复序列(TAGC)n。1981 年, Miesfeld 等从人类基因文库中发现了微卫星DNA。随后人们发现这种简单重复序列在真核 生物 中广泛存在。Tautz和Renz(1984)发现这种短的重复是真核基因组独有的,并称之为“简单重复”。后来Litt等(1989)在心肌肌动蛋白的基因内扩增了一种二核苷酸重复,首创“微卫星(microsatellite)” 这个名称。Edwards等(1991)所谓的SSR是上述命名的连续。
1 原理
SSR标记分析的基本原理是利用某一SSR两翼区域特定的DNA序列,来设计位点专一的一对引物,在PCR仪上扩增单个SSR位点,通过电泳,进行SSLP分析,在此基础上进行相应的遗传分析。
2 实验流程
从有关数据库(GenBank, EMBL DDBJ等)或文章中查询
↓
构建基因组文库,筛选SSR位点→获得引物 ← 使用近缘种的引物
↓
PCR扩增
↓
凝胶电泳
↓
数据处理
3 特点
  优点:SSR在真核 生物 基因组中分布广、多态性丰富;其产物进行测序胶电泳分离时单碱基分辨率高、遗传信息量大;SSR通常为显性标记,呈孟德尔式遗传,具有很好的稳定性和多态性,DNA用量少,技术要求低,成本低廉,PCR扩增的可重复性高。。
缺点:开发和合成新的SSR引物投入高、难度大;现有的SSR标记数量有限,不能标记所有的功能基因,不能构建饱和的SSR遗传图谱;SSR多态性的检测和应用很大程度上依赖PCR扩增的效果;SSR座位突变率高,对变异反应非常敏感等等。
4 应用

SSR可用于构建遗传图谱,遗传标记选择,建立DNA指纹,用于品种鉴定,或是利用标记辅助选择,加快育种速度等。另外,SSR标记还有其它的用途。如用于基因定位、QTL分析、系谱分析、亲源关系鉴定、群体间遗传距离分析、进化和遗传多样性研究等。

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