序列多态性(Sequence Polymorphism)分型

1 ．线粒体DNA遗传标记

⑴ 线粒体DNA的结构

人类线粒体DNA基因组的序列共含16569个碱基对（其中5122A，5180C，2171G，4096T）。为一条双链环状的DNA分子。双链中有一条为重链（H），即富含嘌呤链；另一条为轻链（L），既富含嘧啶链。这是根据它们的转录产物在CsCl中密度的不同而区分的。两条链都具有编码功能，线粒体基因组共编码了37个基因，包括编码12SrRNA、16SrRNA、细胞色素C氧化酶亚单位基因COI、COII、COIII、ATP酶亚单位6、8和细胞色素b的基因及7个呼吸链NADH脱氢酶亚单位基因ND1、ND2、ND3、ND4、ND4L、ND5和ND6，其余22种基因编码tRNA分子（用于线粒体mRNA的翻译），两种编码rRNA分子（用于构成线粒体的核糖体12S和16SrRNAs），另外还有13个编码氧化磷酸化电子传递链和ATP产生涉及的蛋白质和酶。mtDNA由编码区和非编码区构成，非编码区也叫控制区（Control Region），由1125个bp组成，包括一个复制起始点，两个转录起始点及转移环。

相对于编码区，控制区在个体之间存在较大差异，有许多单碱基取代与突变，另外还存在两个串联重复序列长度多态性。碱基多态性主要集中在两个区域，分别称为高变区I（HVI）和高变区II（HVII），D环区是mtDNA中唯一不编码多肽链的核苷酸片段，无修复系统，不受选择压力的影响，因而积累了较多的变异。许多国家以HVI和HVII为基础建立了mtDNA的数据库。1998年Lutu等人还报道线粒体DNA还存在高变区III（HVIII）。

⑵ 线粒体DNA的命名

1981年由Anderson等人首次完成了人类线粒体DNA全序列测定，目前都将这一序列作为参考序列，以便进行mtDNA的命名。当某一个体的序列与Anderson序列不同时，只需记录与标准序列不同的核苷酸碱基及编号（如73G）即可。如果不能确切判定某个位置上的核苷酸，可以用碱基位置加“N”来表示（如16125N）。插入的命名法是：插入碱基5′端的位置编码，然后加一个点，再加阿拉伯数字“1”（第一个插入）或“2”（第二个插入）、依次类推，后加所插入的核苷酸名称。在单碱基重复的情况下，不能确定插入究竟发生在哪个位置，此时假定插入发生在单碱基重复区编码最大的碱基后面。缺失用缺失位置加“d”命名。对于确证的杂合型，可以用IUPAC（International Union of Pure and Applied Chemistry，国际化学和应用化学联合会）规则进行命名。如果该杂合型仅仅是一种推测但未得到确证，则可用“N”表示。