遗传异质性是由于基因变异(其中绝大多数为SNP)引起的
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遗传异质性是由于基因变异 ( 其中绝大多数为 SNP) 引起的
遗传 异质性是由于基因变异(其中绝大多数为SNP)引起的，如APOundefinedE4与老年性痴呆、V因子1691G+A与深静脉血栓形成存在很强的相关性。不同基因的突变与不同的表型相关，但事实上同一基因的突变可能与许多疾病表型相关。例如，ATRX转录因子的不同突变导致不同表型的智力低下。在其他一些情况下，单个基因的突变甚至可以产生毫不相关的多种异常表型。如果携带2个无效CFTR等位基因的患者患严重的囊性纤维化，完全表现为肺部疾病，需额外补充胰酶。若仅携带1个只有部分功能的CFTR等位基因的患者可能产生足够的胰酶，则不需要额外补充胰酶。男性若其中1个CFTR等位基因发生严重突变，而另一个仅发生轻微突变，则患先天性输精管缺失(congenitalabsenceofthevasdeferens，CBAVD)，临床上表现为男性不育。所有的囊性纤维化男性患者均不育，但CBAVD患者却没有囊性纤维化患者的其他临床症状。类似的现象也见于ABCA4A的突变。临床表型各不相同的4种视网膜变性(retinaldegeneration)均是由于ABCA4A突变引起的，基因突变的严重程度与表型密切相关。此外，同一个表型也可以由许多不同的基因突变引起。如隐性视网膜色素变性(retinitispigmentosa，RP)和耳聋可以由不同的基因座突变引起。至今已被克隆的R户基因大约有26个，家系连锁分析显示至少还有14个RP病位点。同样，至少有?o个不同的基因座突变可导致先天性耳聋。
对于多基因疾病，通常是由多个不同的易感位点所引起。虽然大约15％的男性智力低下是由于FMRl的5’末端上的(CGG)n重复序列扩增引起，但是也有相当数量的基因座同样也可导致X―连锁男性智力低下综合征(X―linkedmaleretardationsyndrome，XLMR)。迄今已发现210个基因座可能与男性智力低下有关，并成功克隆了其中的32个基因。这些基因编码的产物多种多样，包括核糖体蛋白、解旋酶、分子信号等蛋白质，且各个分子信号通路并无明显的相关性。无疑许多基因与神经系统的正常发育有关，如果一些基因的突变产生相同的表型，那么这些基因的突变或许能说明基因之间复杂的相互作用。
研究表明，目前已知的等位基因频率及其效应强弱具有很大的异质性。以常见疾病―常见变异理论预测，许多常见的等位基因与一些常见的表型及疾病相关。这些基因包括：APOE不仅与阿尔茨海默病的进展有关，也与心血管病的易感性有关；LTA第1内含子中的SNP252A--~G与心肌梗死、哮喘、细菌性败血病、癌症和自身免疫性疾病的易感性有关；HLA等位基因与许多自身免疫和感染性疾病有关。但也有些罕见的等位基因与常见疾病有关，如F5 Leiden(R506Q)等位基因与深静脉血栓形成有关，CCR5 D32／D32与抗HIV―l感染有关。多基因疾病涉及众多弱效应的易感基因，不同的易感基因之间往往存在交互作用。在HIV感染者中，已发现很多基因位点影响患者最终发展成AIDS的进程：杂合的CCR5一A32等位基因和CCR2错义突变(V641)与减缓患者发展成AIDS的进程有关；而CCR5启动子区的一种单倍型和几―10启动子区的各种变异与AIDS的快速发展有关。多数情况下这些等位基因独立发挥作用，但平均拥有更多保护性变异的患者其病程进展较慢。研究发现，HLA―I类位点杂合性越高，患者病程进展越缓慢。这是因为HLA多样性的增加，使得机体能抵抗新出现的病毒变异珠。
此外，在不同的年龄阶层，遗传因素作用的程度也不尽相同，可造成多基因疾病基因定位研究中检测效率低下。有研究表明遗传因素在冠心病年轻患者中的作用要比老年人强，这可能是由于随着年龄的增大，非遗传因素在疾病发病中的作用也随之增大；在收缩期高血压患者中，随着年龄增大，对高血压易感的遗传因素作用随之降低。性别差异对某些疾病的发病亦具有不同的作用。女性绝经前冠心病发病率低于男性，但绝经期后女性冠心病发病率明显增高，与男性等同，说明男女发病可能有不同的机制。除了遗传因素，一些环境因素亦参与了多基因疾病的发病过程，如抗氧化剂可显著降低经皮腔内冠状动脉成形术术后再狭窄的发生；服用抗生素，可预防心脏病的再次发作；肝细胞癌、胃癌、鼻咽癌、子宫颈癌等一些常见的肿瘤与感染性因子(分别为肝炎病毒、幽门螺杆菌、EB病毒和乳头状瘤病毒)有关。
