相似性序列发生Cross－react引起脱靶效应

监测手段：对脱靶效应的监测一般通过基因芯片来监测。Gene expression profiling对脱靶效应。

脱靶效应的特性：
转录物表达模式有序列特异性和靶特异性两种

大部分脱靶效应具有siRNA序列特异性
低浓度也可能产生脱靶效应，不仅仅是高浓度能产生脱靶效应的假象。
脱靶效应在蛋白和mRNA水平同时考虑进行分析，要缜密分析和确定分析的时间点。
特别是要确定脱靶效应是否是蛋白被knock－down的次级效应，因此要分时序性进行分析。
对靶蛋白和目的转录本进行半衰期分析或者获取相关的资料。在蛋白效应以前通过表达图谱分析已经确认非次级效应影响。看降解靶转录本和靶蛋白效应时间分水岭可以判定是否为次级基因表达改变所影响的。
从脱靶效应来看，正义和反义链都有可能引起脱靶效应，主要看是哪条链产生干扰作用。脱靶效益可能是独立于基因沉默效应的，可能是序列依赖性的。11-15核苷酸序列相似性的序列都可能产生脱靶效应。正义链的3’和反义链的5’端对基因沉默的贡献相对较大。我们叫其core 序列。