Dam、Dcm和CpG甲基化

Dam (GmATC)、Dcm (CmCWGG) 和 CpG (mCG) 甲基化     收藏

DNA甲基转移酶(MTases)普遍存在于原核和真核生物中，能将S-腺苷甲硫氨酸上的甲基转移到腺嘌呤或者是胞嘧啶上。当使用限制性内切酶消化DNA时，要考虑是否有甲基化的问题，这是因为如果识别序列中某个特定碱基被甲基化后，切割就会被完全或者不完全阻断。

原核生物甲基化
在原核生物中，DNA甲基化酶作为限制修饰系统的一个组成部分广泛存在，它们的作用是保护宿主菌不被相应的限制性内切酶切割。大多数实验室使用的大肠杆菌包括三种位点特异性的DNA甲基化酶。

• 由dam基因(Dam甲基化酶)编码的甲基化酶能将甲基转移到GATC序列中的腺嘌呤N6位点上(1,2)。
• 由dcm基因编码的Dcm甲基化酶，能在CCAGG和CCTGG(1,3)序列内部的胞嘧啶C5位置上甲基化。
• EcoKI甲基化酶，即M.EcoKI可将AAC(N6)GTGC和GCAC(N6)GTT上的腺嘌呤进行甲基化饰。

如果限制性内切酶的识别位点是从表达Dam或Dcm甲基化酶的菌株中分离而得，并且其甲基化识别位点与内切酶识别位点有重叠，那么该限制性内切酶的部分或全部酶切位点有可能不被切割。例如，从Dam⁺ E.coli 中分离的质粒DNA完全不能被识别序列为GATC的MboI所切割。

E.coli 菌株中的DNA甲基化程度并不完全相同。pBR3 2 2DNA能被完全修饰