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如何预测 CpG 岛?

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CpG 作为作为表观调控的重要组成部分,在基因调控方面起着重要作用。CpG 岛是什么,CpG 岛主要位于基因的启动子(promotor)和第一外显子区域,约有 60% 以上基因的启动子含有 CpG 岛。CpG 岛的 GC 含量大于 50%,长度超过 200bp。


接下来介绍几个网站:EMBOSS、MethPrimer、Sequence Manipulation Suite。这三个网站的网址在对话框回复【0521】即可查询复制。


这三个网站操作起来大同小异,EMBOSS 刚进入界面



点击红色方框的 LaunchCpgplot



在方框内随意输入一个基因的启动子序列,接着点击红色方框的 submit



这即为图片结果,点击红色方框,得到文字结果



在 MethPrimer 网站也一样,进入网站界面



点击红色方框进入



在方框里输入启动子序列,直接就 submit 即可,输出结果



同理在 SequenceManipulation Suite 网站上,进入界面,直接输入启动子序列,如下图



点击 submit



这三个网站得出的结果相似,只是表现形式不一样而已,预测 CpG 岛就这么简单,但是元元有话说,CpG 岛预测只是作为参考,最终 CpG 岛是否发挥功能依旧需要细胞学实验验证,例如用甲基转移酶抑制剂 5aza 进行验证,最主要的是需要通过测序手段来说明 CpG 岛甲基化情况。如果不存在

甲基化,即使存在 n 种甲基化位点,那也没用。

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