【原创】BSP/MSP,想说爱你不容易
丁香园论坛
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做了点甲基化研究,从头下来,也有一点点体会。也看了院子里不少牛人的新的体会。本人将每一个步骤的具体操作、每个操作的具体注意事项和心得进行初步总结,慢慢叙来,抛砖引玉,欢迎拍砖。
做到现在,有成功的喜悦,也有失败痛苦,且行且歌,总得来说,BSP/MSP,想说爱你不容易。
如有时间,想谈谈:BSP/MSP引物设计;基因组海量甲基化数据分析;MSP设计及操作;当前MSP的研究进展,等等吧……
1. 确定目的基因后,登陆一下网址:http://genome.ucsc.edu/
2. 选网页左边的:Genome Browser后,进入基因检索界面
3. 在Assembly下拉菜单选择:Mar.2006
4. 在position or search term 输入基因名称,如APC后,submit
5. 在RefSeq 里面选择你的基因,如这里较多亚型时,最好参照您的NM_000000进行选择;如没有,调最长的isoform,点击之
6. 此时进入附图画面,在左边你可以看到标记蓝底的APC基因,点击之,进入下一界面
7. 在links to the sequence里面,选择Genomic sequence
8. 点击进入后,可在Promoter/Upstream by里面根据需要填个数值,比如500
9. submit 后进入基因系列
10. 大些字母处即为转录起始处,transcription start site,TSS
11. 从头开始,选定基因序列至完全涵盖TSS,可以长点,复制
12. 打开http://www.urogene.org/methprimer/index1.html
13. 在复制框里面黏贴
14. 选择你要的引物类型,如Bisulfite Sequencing,点击submit
15. 可看到参考引物,按你感兴趣的位点选择引物即可。引物的具体信息下面会有详细介绍。
待续。
做到现在,有成功的喜悦,也有失败痛苦,且行且歌,总得来说,BSP/MSP,想说爱你不容易。
如有时间,想谈谈:BSP/MSP引物设计;基因组海量甲基化数据分析;MSP设计及操作;当前MSP的研究进展,等等吧……
1. 确定目的基因后,登陆一下网址:http://genome.ucsc.edu/
2. 选网页左边的:Genome Browser后,进入基因检索界面
3. 在Assembly下拉菜单选择:Mar.2006
4. 在position or search term 输入基因名称,如APC后,submit
5. 在RefSeq 里面选择你的基因,如这里较多亚型时,最好参照您的NM_000000进行选择;如没有,调最长的isoform,点击之
6. 此时进入附图画面,在左边你可以看到标记蓝底的APC基因,点击之,进入下一界面
7. 在links to the sequence里面,选择Genomic sequence
8. 点击进入后,可在Promoter/Upstream by里面根据需要填个数值,比如500
9. submit 后进入基因系列
10. 大些字母处即为转录起始处,transcription start site,TSS
11. 从头开始,选定基因序列至完全涵盖TSS,可以长点,复制
12. 打开http://www.urogene.org/methprimer/index1.html
13. 在复制框里面黏贴
14. 选择你要的引物类型,如Bisulfite Sequencing,点击submit
15. 可看到参考引物,按你感兴趣的位点选择引物即可。引物的具体信息下面会有详细介绍。
待续。