【原创】BSP/MSP,想说爱你不容易
丁香园
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做了点甲基化研究，从头下来，也有一点点体会。也看了院子里不少牛人的新的体会。本人将每一个步骤的具体操作、每个操作的具体注意事项和心得进行初步总结，慢慢叙来，抛砖引玉，欢迎拍砖。
做到现在，有成功的喜悦，也有失败痛苦，且行且歌，总得来说，BSP/MSP，想说爱你不容易。
如有时间，想谈谈：BSP/MSP引物设计；基因组海量甲基化数据分析；MSP设计及操作；当前MSP的研究进展，等等吧……
1. 确定目的基因后，登陆一下网址：http://genome.ucsc.edu/
2. 选网页左边的：Genome Browser后，进入基因检索界面
3. 在Assembly下拉菜单选择：Mar.2006
4. 在position or search term 输入基因名称，如APC后，submit
5. 在RefSeq 里面选择你的基因，如这里较多亚型时，最好参照您的NM_000000进行选择；如没有，调最长的isoform，点击之
6. 此时进入附图画面，在左边你可以看到标记蓝底的APC基因，点击之，进入下一界面
7. 在links to the sequence里面，选择Genomic sequence
8. 点击进入后，可在Promoter/Upstream by里面根据需要填个数值，比如500
9. submit 后进入基因系列
10. 大些字母处即为转录起始处，transcription start site，TSS
11. 从头开始，选定基因序列至完全涵盖TSS，可以长点，复制
12. 打开http://www.urogene.org/methprimer/index1.html
13. 在复制框里面黏贴
14. 选择你要的引物类型，如Bisulfite Sequencing，点击submit
15. 可看到参考引物，按你感兴趣的位点选择引物即可。引物的具体信息下面会有详细介绍。
待续。
做到现在，有成功的喜悦，也有失败痛苦，且行且歌，总得来说，BSP/MSP，想说爱你不容易。
如有时间，想谈谈：BSP/MSP引物设计；基因组海量甲基化数据分析；MSP设计及操作；当前MSP的研究进展，等等吧……
1. 确定目的基因后，登陆一下网址：http://genome.ucsc.edu/
2. 选网页左边的：Genome Browser后，进入基因检索界面
3. 在Assembly下拉菜单选择：Mar.2006
4. 在position or search term 输入基因名称，如APC后，submit
5. 在RefSeq 里面选择你的基因，如这里较多亚型时，最好参照您的NM_000000进行选择；如没有，调最长的isoform，点击之
6. 此时进入附图画面，在左边你可以看到标记蓝底的APC基因，点击之，进入下一界面
7. 在links to the sequence里面，选择Genomic sequence
8. 点击进入后，可在Promoter/Upstream by里面根据需要填个数值，比如500
9. submit 后进入基因系列
10. 大些字母处即为转录起始处，transcription start site，TSS
11. 从头开始，选定基因序列至完全涵盖TSS，可以长点，复制
12. 打开http://www.urogene.org/methprimer/index1.html
13. 在复制框里面黏贴
14. 选择你要的引物类型，如Bisulfite Sequencing，点击submit
15. 可看到参考引物，按你感兴趣的位点选择引物即可。引物的具体信息下面会有详细介绍。
待续。
