功能分类基因芯片应用案例
丁香园论坛
4112
功能分类基因芯片应用案例
介绍：
功能分类基因芯片作为芯片业的后起之秀已在国际学术界的受到广泛关注。美国SuperArray公司自1998年以来专业生产功能分类基因芯片，品种最为齐全，已有大量论文发表。为了让研究人员对这一研究工具有更直观的认识，我们现将国外近年来使用SuperArray功能分类基因芯片发表的文章摘要汇编如下，以供大家参考。如需原版全文或更多文章，请与我们联系，免费电话：800-820-5058
Cell。2004 116：511-526
A Corepressor/Coactivator Exchange Complex Required for Transcriptional Activation by Nuclear Receptors and Other Regulated Transcription Factors.
一种辅抑制物/辅活化物交互复合体（Corepressor/Coactivator Exchange Complex） 参与核受体和其它转录调节因子介导的转录激活
TBL1/TBLR1作为两种F box/WD-40因子，最初被认为是N-CoR辅抑制物复合体的组成部分，然而实验发现核受体介导的转录激活需要这两种因子的参与。
在实验中，作者用SuperArray公司的NFkB信号通路基因芯片（货号：MM-016）结合siRNA方法，分析NFkB转录激活中是否需要TBL1/TBLR1的参与。RNA样品取自500个实验细胞，实验显示，当用合成的基因特异性siRNA显微注射将TBL1或者TBLR1敲除后，由TNFa 刺激导致的所有NFkB靶基因的激活便不再发生，证明了TBL1/TBLR1参与NFkB信号通路。
Molecular Endo crinology. First published April 3, 2003 as doi:10.1210/ me. 2002- 0410
Title：Peroxisome Proliferator-activated Receptor γ Inhibits Expression of Minichromosome Maintenance Proteins in Vascular Smooth Muscle Cells
过氧化物酶体增殖子激活受体γ（PPARγ）抑制血管平滑肌细胞内微型染色体维系蛋白（MCM蛋白）的表达
PPARγ配体能够通过干扰多种细胞周期调节子的表达与功能来抑制血管细胞和癌细胞的生长，然而此前尚未有具体关于PPARγ配体与在细胞周期S期中激活的基因以及DNA复制需要的基因之间关系的研究；另外，MCM蛋白是一类在细胞周期调控中具有重要作用的蛋白，有激活DNA复制并保证DNA在每个细胞周期中只复制一次的作用。本文的研究利用包括了控制细胞周期的96个基因的SuperArray的细胞周期基因芯片（GEArray Q series human Cell Cycle Gene Array, Catalog No. HS-001N）进行研究，发现PPARγ激动药处理过的细胞MCM蛋白中的MCM6和MCM7d的mRNA水平均有明显下降。
Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. Vol. 29, pp. 133-147, 2003
Title：Interleukin-3, -5, and Granulocyte Macrophage Colony-Stimulating Factor-Induced Adhesion Molecule Expression on Eosinophils by p38 Mitogen-Activated Protein Kinase and Nuclear Factor-κB
白细胞介素-3,-5，和粒巨噬细胞集落刺激因子（GMCSF）通过p38丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）和核转录因子NFκB诱导嗜酸性粒细胞中黏附分子的表达
嗜酸性粒细胞是一种重要的炎症效应细胞，它通常集聚在变应性炎症部位如气道粘膜，被激活的嗜酸性粒细胞释放细胞毒性分子。嗜酸性粒细胞的细胞膜上表达有多种黏附分子如免疫球蛋白（Ig）超家族，这些黏附分子被推测与嗜酸性粒细胞阳离子蛋白（ECP）的释放，趋化性以及嗜酸性粒细胞的穿透转移相关。而这三种现象由多种细胞因子介导并增强，包括干扰素γ、肿瘤坏死因子α（TNFα）和白细胞介素1（IL-1）；趋化因子包括调节激活正常T细胞表达和分泌因子（RANTES）、IL8、MCP-1和巨噬细胞炎症蛋白-1（MIP-1）。这类炎性细胞因子激活细胞间信号级联反应包括MAPK和NF-κB信号转导途径。
活化T细胞的产物中嗜酸性粒细胞激活细胞因子（IL5，IL3，GMCSF）是哮喘发病的基础，已有研究显示造血细胞因子IL3，IL5和GMCSF能引起嗜酸性粒细胞中黏附分子ICAM-1的表达，但是关于IL3，IL5和GMCSF介导的嗜酸性粒细胞表达并释放多种黏附分子的具体机制尚未阐明。
实验使用从新鲜人白血球层分离培养的嗜酸性粒细胞，在不同条件处理后，抽提RNA与SuperArray的人NF-κB信号通路基因芯片(GEArray Q series Human NF-κB Signaling Pathway Gene Array, Catalog No. HS-016N)杂交。实验结果分析发现在IL5，IL3和GMCSF处理过的细胞中，NF-κB（p105）、NF-κB（p49/p100）和IκB-a表达上调；同时ICAM-1和多种促炎性因子以及趋化因子如IL-1α,IL-1β,IL-8和MCP-1的表达也同样显著上升。
Journal of Neurochemistry, 2002, 83, 1481-1497
Microarray analysis of selected genes in neural stem and progenitor cells
神经干细胞和祖细胞的基因表达的芯片法分析
神经干细胞（NSCs）是一种自我更新的多能前体细胞，在中枢神经系统中可以产生神经元细胞、星形胶质细胞和少突胶质细胞。胚胎期神经干细胞不仅在一般发育过程中起作用，而且可以用来治疗神经退化与紊乱。现在还难以调节NSCs的分化用来治疗疾病，因此需要更深入细致的了解NSCs的细胞分化过程。本文目的即检测NSCs和其分化出的细胞的基因表达差异。
NSCs在发育的神经管上叫做神经上皮细胞（NEPs），在胚胎期10.5天的大鼠神经管具有丰富的NEPs，而胚胎期14.5天的大鼠神经管中NEPs含量迅速降低至10％以下，大部分为前体细胞，因而此时期可以用来大量收集祖细胞。实验分别用胚胎期10.5的大鼠神经管和胚胎期14.5的大鼠神经管为材料，培养并分选细胞用来抽提RNA。
基于前人的研究发现在NSC的发育过程中，关于细胞分化、细胞周期和细胞凋亡的基因可能具有重要的作用，因此选用SuperArray的GEArray Q系列基因表达芯片（MM-001N, MM-002N, MM-003N, MM-005N, MM-007N, MM-009N 和MM-010N）对大约500个基因进行表达实验分析。发现在NEPs中有152个基因有表达而在祖细胞中有209个基因表达。其中有68个基因是在祖细胞中表达而在NEPs中无表达或者表达量很低。
International J. of Molecular Medicine 12:73-78, 2003
Effects of HDL3 on the expression of matrix-degrading proteases in human endothelial cells
HDL3对人内皮细胞基质降解蛋白酶表达的影响
细胞外基质重建，是维持血管壁功能的一个重要环节，动脉粥样硬化和术后再狭窄中包括细胞外基质的重建紊乱。基质降解蛋白酶，包括MMPs（基质金属蛋白酶）和弹性胱蛋白酶抑制剂在动脉壁中发挥重要作用。
来自单核巨噬细胞的高密度脂蛋白（HDL）可以抑制细胞因子和氧化低密度脂蛋白（Ox-LDL）对内皮细胞中蛋白酶的表达的调节作用。HDL还可以保护内皮细胞不受Ox-LDL引起的细胞毒性影响，并调节内皮的抗炎性作用。另外在动脉粥样硬化斑块发现有氧化高密度脂蛋白，而内皮细胞中有修饰高密度脂蛋白的受体。是否HDL或者氧化HDL对内皮细胞的基质降解蛋白酶有调节作用至今尚未确定。
本文使用SuperArray的人细胞外基质和黏连分子基因表达芯片(GEArray Q Series Human Extracellular Matrix and Adhesion Molecules Gene Array, Catalog No. HS-010N )来研究HDL3和氧化HDL3对人内皮细胞35个蛋白酶及其受体表达的影响。结果表明：1）基质金属酶（MMP）-1, -2, -10, -13和-14，组织基质金属酶抑制剂（TIMP）-1,-2和-3，组织蛋白酶B和D，胱蛋白酶抑制剂C在基本条件下均有表达；其中MMP-10和胱蛋白酶抑制剂C在内皮细胞中的表达以前未有记录。2）HDL3的作用导致MMP-1和MMP-14表达升高，MMP-13的表达降低。3)氧化HDL3导致PAI-1和MMP-1的表达升高。
Blood. 2003 Jul 10
Endothelial cells in the bone marrow of patients with multiple myeloma.
多发性骨髓瘤患者骨髓内皮细胞
肿瘤生长伴随着血管新生的过程，其间血管内皮细胞快速增殖，内皮细胞的基因表达情况与正常血管内皮细胞不同，许多与血管新生相关的基因表达水平发生变化。
本文采用Superarray的人血管新生基因芯片（GEArray Q Series Human Angiogenesis Gene Array, Catalog No. HS-009N）检测多发性骨髓瘤骨髓内皮细胞中与血管新生相关的96个基因，包括1）生长因子与受体；2）细胞因子，趋化因子和粘附分子；3）基质蛋白酶，一些抑制因子；4）其它形式的血管新生相关因子。观察多发性骨髓骨髓内皮细胞中血管相关因子的变化。
Endocrinology. 2004 Feb;145(2):627-38.
Insulin-like growth factor(IGF)-1/IGF-binding protein-3 complex: therapeutic efficacy and mechanism of protection against type 1 diabetes
类胰岛素成长因子-1（IGF-1）与IGF结合蛋白3（IGFBP-3）复合物对1型糖尿病的治疗效果与机制
IGF-1能够调节胰岛β细胞的生长，抑制β细胞的凋亡，因而对I型糖尿病有疗效。但IGF-1半衰期短，本文试图通过IGF-1/IGFBP-3复合物来延长IGF-1的半衰期，从而提高对I型糖尿病的疗效。
在实验过程中，为进一步探讨IGF-1抑制β细胞凋亡的机制，采用Superarray的凋亡基因芯片(Mouse Apoptosis GEArray Q Series, Catalog No. MM-002N)研究了IGF-1在抑制细胞凋亡中的一些凋亡相关因子，如DAP激酶、DFFA、DR3、DR6、Myd88、TNF-β、TNFRSF11A和Trail等。
J Biol Chem. 2004 Feb 25
Biliverdin reductase: A novel regulator for Induction of activating transcription factor-2 and heme oxygenase-1
胆绿素还原酶：能够诱导转录因子2和血红素加氧酶1的一种新型调控因子
胆绿素还原酶（BVR）是一种丝氨酸/苏安酸激酶，能够调节基因的转录表达，本文在BVR过表达的293A细胞中，研究BVR促进转录因子2（ATF2）和血红素加氧酶1（HO1）升高的机制，前者是信号通路基因。研究认为BVR可能通过两个作用位点（调控元件），即AP-1位点和CRE位点来调控基因的转录。
在研究中，对BVR过表达的293A细胞用Superarray的信号通路发现者基因芯片(GEArray Q Series Human Signal Transduction PathwayFinder Gene Array, Catalog No. HS-008N)进行了检测，该芯片可以检测18个信号通路的96个标志性基因。检测中发现目的细胞中各种信号通路的17个转录水平显著升高的基因，其中一些是AP-1转录调控基因，包括ATF2。从中选择了ATF2基因进一步研究BVR的调控机制。
Nat Immunol. 2004 Feb;5(2):141-9.
Priming of naive T cells inside tumors leads to eradication of established tumors.
肿瘤组织内激活初生T细胞来消除肿瘤
肿瘤坏死因子LIGHT(TNFSF-14)是肿瘤基质细胞表达的淋巴毒素β受体（LTβR）及T细胞表达的疱疹病毒介体（HVEM）的配体，在肿瘤微环境中，LIGHT通过与LTβR及HVEM的作用，可以上调趋化因子和黏附分子的表达，同时激活初生T细胞，以消除肿瘤。
研究中采用Superarray的趋化因子及其受体基因芯片（GEArray Q Series Mouse Chemokines and Receptors Gene Array， Catalog No. MM-005N）对LIGHT作用中肿瘤组织趋化因子的表达进行了检测，观察到了一些趋化因子的上调，如IP-10、Mig
Am J Physiol Cell Physiol. 2004 Jan 7
cAMP-elevating agents and adenylyl cyclase overexpression promote an antifibrotic phenotype in pulmonary fibroblasts
cAMP上调因子以及腺苷酸环化酶过表达有助于肺纤维原细胞抗纤维化
肺部损伤部位会募集纤维原细胞，纤维原细胞可以在损伤部位产生细胞外基质蛋白，协助修复损伤。肺纤维化发生时，纤维原细胞失调，在损伤部位产生过量胶原质，形成纤维化小体，造成肺功能障碍。本文观察到cAMP上调因子和腺苷酸环化酶过表达可以提高cAMP的水平，抑制肺纤维原细胞纤维化发生。
因为纤维原细胞表达细胞外基质蛋白的水平与纤维原细胞的正常功能密切相关，本文在cAMP水平提高的条件下，采用Superarray的人细胞外基质与黏连分子基因芯片（GEArray Q Series Human Extracullar Matrix & Adhesion Molecules Gene Array, Catalog No. HS-010N）对调节基质蛋白水平的金属蛋白酶和金属蛋白酶抑制因子的表达水平变化做了研究，以探讨它们在抗肺纤维化中的作用。
J Biol Chem. 2003 Dec 26;278(52):52901-8.
Lipopolysaccharides Indirectly Stimulate Apoptosis and Global Induction of Apoptotic Genes in Fibroblasts
脂多糖（LPS）间接刺激凋亡，全面诱导纤维原细胞的调亡基因
LPS是一种内毒素，能够诱导细胞凋亡。在本文中，研究了LPS对纤维原细胞的凋亡机制，发现LPS可以全面诱导纤维原细胞的凋亡基因上调，并且下调一些抗凋亡基因。同时发现，LPS诱导凋亡的机制是间接的，由TNF介导。
在观察LPS在野生型小鼠身上诱导纤维原细胞凋亡的现象时，采用了Superarray的小鼠细胞凋亡基因芯片(Mouse Apoptosis GEArray Q Series， Catalog No. MM-002N)，芯片结果显示了全面的凋亡基因的变化，包括配体、受体、线粒体凋亡基因、Caspase等。
J. of Virology, Feb. 2004 p. 1464-1472
Dysregulation of the Polo-Like Kinase Pathway in CD4+ T Cells Is Characteristic of Pathogenic Simian Immunodeficiency Virus Infection
CD4+ T细胞有丝分裂激酶通路调节紊乱是猿免疫缺陷病毒病原感染的特征
细胞间信号级联和细胞周期的缺失增强CD4+ T细胞功能障碍是人免疫缺陷病毒（HIV）感染人以及猿免疫缺陷病毒（SIV）感染猕猴（RM）的一种结果。已经证明在HIV和SIV体内和体外感染以后，细胞周期的M期都出现了调控障碍。
本实验研究SIV感染对M期的两个重要调节子－有丝分裂激酶Plk3和Plk1的影响。作者前期已证实SIV感染的易染病的RM中CD4+ T细胞的Plk3蛋白有明显下调而SIV感染的抗病乌白眉猴（SM）CD4+ T细胞的Plk3蛋白无下调，表示Plk3的下调与染病过程有关。
本文中，来自无SIV的RM细胞以及培养的HSRM1细胞分别单独用培养液培养或者用加有CD3抗体包被颗粒的培养基培养16小时，然后抽提RNA用SuperArray细胞周期基因表达芯片（GEArray Q Series Cell Cycle Gene Array, Catalog No. HS-001N）进行分析。结合其他实验分析方法，对SIV感染RM后Plk1、Plk3的基因变化以及M期基因的调控机制进行详细研究。
J Neurochem. 2004 Jan;88(1):212-26.
Membrane properties of rat embryonic multipotent neural stem cells
大鼠神经胚胎多能干细胞的膜特性
干细胞是具有分化潜力的细胞，目前，几乎所有组织都已分离出干细胞，并按其来源组织、分化的细胞类型进行了分类。干细胞的分化受到细胞外环境的影响，胞外环境通过与细胞膜分子的作用激活多种信号通路，影响干细胞的分化能力。
本文着重分析了大鼠神经胚胎干细胞（E10.5）的膜特性，应用了免疫细胞化学、电生理学、基因芯片等技术，发现了一些特异性表达的分子。基因芯片采用Superarray的小鼠神经科学离子通道与转运蛋白基因芯片（GEArray Q Series Mouse Neuroscience-1 Ion Channel & Transporter Gene Array, Catalog No. MM-013N），与进一步分化的E16.5细胞进行比较，发现早期胚胎干细胞（E10.5）的葡萄糖转运蛋白1明显高表达。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Apr 6;101(14):4972-4977.
Tumor necrosis factor receptor 1-mediated signaling is required for skin cancer development induced by NF-κB inhibition
NF-κB受抑制诱导的皮肤癌发展受肿瘤坏死因子受体1（TNFR1）介导
NF-κB信号通路在皮肤发展和表皮的生长控制中起着重要的作用。在表皮角质细胞NF-κB信号通路受到抑制时，会导致炎症反应，包括嗜中性粒细胞浸润、表皮增生。甚至导致快速发展的鳞状上皮细胞癌。但是在TNFR1缺陷的小鼠中，NF-κB信号通路受到抑制时，炎症反应和肿瘤都不回发生。
研究过程中，需要观察NF-κB信号通路受抑制情况下，各种细胞因子表达水平的变化，本文采用了Superarray的小鼠细胞因子基因芯片（GEArray Q Series Mouse Common Cytokine Gene Array， Catalog No. MM-003N）进行检测。
Caner Research 2004 Apr 1;64(7):2469-73.
Differential gene expression in metastasizing cells shed from kidney tumors
肾肿瘤细胞与其脱落细胞的基因表达差异
虽然肿瘤每天都会产生许多脱落细胞，能够形成转移灶的并不多，大多数脱落细胞凋亡或者没有活性。本文从细胞活性和基因表达上研究了两系肾肿瘤细胞SN12C和SN12L1与它们的脱落细胞之间的区别，以探讨可能影响肿瘤转移的基因。
研究中采用了Superarray的人转移特异性表达芯片（GEArray human metastasis-specific expression arrays）检测细胞中转移相关基因的变化，结果发现脱落细胞中CD44，α3－整和素及凹陷蛋白（caveolin）表达水平下调。进一步研究认为CD44和α3－整和素可以抑制肿瘤细胞的粘附及迁移。
介绍：
功能分类基因芯片作为芯片业的后起之秀已在国际学术界的受到广泛关注。美国SuperArray公司自1998年以来专业生产功能分类基因芯片，品种最为齐全，已有大量论文发表。为了让研究人员对这一研究工具有更直观的认识，我们现将国外近年来使用SuperArray功能分类基因芯片发表的文章摘要汇编如下，以供大家参考。如需原版全文或更多文章，请与我们联系，免费电话：800-820-5058
Cell。2004 116：511-526
A Corepressor/Coactivator Exchange Complex Required for Transcriptional Activation by Nuclear Receptors and Other Regulated Transcription Factors.
一种辅抑制物/辅活化物交互复合体（Corepressor/Coactivator Exchange Complex） 参与核受体和其它转录调节因子介导的转录激活
TBL1/TBLR1作为两种F box/WD-40因子，最初被认为是N-CoR辅抑制物复合体的组成部分，然而实验发现核受体介导的转录激活需要这两种因子的参与。
在实验中，作者用SuperArray公司的NFkB信号通路基因芯片（货号：MM-016）结合siRNA方法，分析NFkB转录激活中是否需要TBL1/TBLR1的参与。RNA样品取自500个实验细胞，实验显示，当用合成的基因特异性siRNA显微注射将TBL1或者TBLR1敲除后，由TNFa 刺激导致的所有NFkB靶基因的激活便不再发生，证明了TBL1/TBLR1参与NFkB信号通路。
Molecular Endo crinology. First published April 3, 2003 as doi:10.1210/ me. 2002- 0410
Title：Peroxisome Proliferator-activated Receptor γ Inhibits Expression of Minichromosome Maintenance Proteins in Vascular Smooth Muscle Cells
过氧化物酶体增殖子激活受体γ（PPARγ）抑制血管平滑肌细胞内微型染色体维系蛋白（MCM蛋白）的表达
PPARγ配体能够通过干扰多种细胞周期调节子的表达与功能来抑制血管细胞和癌细胞的生长，然而此前尚未有具体关于PPARγ配体与在细胞周期S期中激活的基因以及DNA复制需要的基因之间关系的研究；另外，MCM蛋白是一类在细胞周期调控中具有重要作用的蛋白，有激活DNA复制并保证DNA在每个细胞周期中只复制一次的作用。本文的研究利用包括了控制细胞周期的96个基因的SuperArray的细胞周期基因芯片（GEArray Q series human Cell Cycle Gene Array, Catalog No. HS-001N）进行研究，发现PPARγ激动药处理过的细胞MCM蛋白中的MCM6和MCM7d的mRNA水平均有明显下降。
Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. Vol. 29, pp. 133-147, 2003
Title：Interleukin-3, -5, and Granulocyte Macrophage Colony-Stimulating Factor-Induced Adhesion Molecule Expression on Eosinophils by p38 Mitogen-Activated Protein Kinase and Nuclear Factor-κB
白细胞介素-3,-5，和粒巨噬细胞集落刺激因子（GMCSF）通过p38丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）和核转录因子NFκB诱导嗜酸性粒细胞中黏附分子的表达
嗜酸性粒细胞是一种重要的炎症效应细胞，它通常集聚在变应性炎症部位如气道粘膜，被激活的嗜酸性粒细胞释放细胞毒性分子。嗜酸性粒细胞的细胞膜上表达有多种黏附分子如免疫球蛋白（Ig）超家族，这些黏附分子被推测与嗜酸性粒细胞阳离子蛋白（ECP）的释放，趋化性以及嗜酸性粒细胞的穿透转移相关。而这三种现象由多种细胞因子介导并增强，包括干扰素γ、肿瘤坏死因子α（TNFα）和白细胞介素1（IL-1）；趋化因子包括调节激活正常T细胞表达和分泌因子（RANTES）、IL8、MCP-1和巨噬细胞炎症蛋白-1（MIP-1）。这类炎性细胞因子激活细胞间信号级联反应包括MAPK和NF-κB信号转导途径。
活化T细胞的产物中嗜酸性粒细胞激活细胞因子（IL5，IL3，GMCSF）是哮喘发病的基础，已有研究显示造血细胞因子IL3，IL5和GMCSF能引起嗜酸性粒细胞中黏附分子ICAM-1的表达，但是关于IL3，IL5和GMCSF介导的嗜酸性粒细胞表达并释放多种黏附分子的具体机制尚未阐明。
实验使用从新鲜人白血球层分离培养的嗜酸性粒细胞，在不同条件处理后，抽提RNA与SuperArray的人NF-κB信号通路基因芯片(GEArray Q series Human NF-κB Signaling Pathway Gene Array, Catalog No. HS-016N)杂交。实验结果分析发现在IL5，IL3和GMCSF处理过的细胞中，NF-κB（p105）、NF-κB（p49/p100）和IκB-a表达上调；同时ICAM-1和多种促炎性因子以及趋化因子如IL-1α,IL-1β,IL-8和MCP-1的表达也同样显著上升。
Journal of Neurochemistry, 2002, 83, 1481-1497
Microarray analysis of selected genes in neural stem and progenitor cells
神经干细胞和祖细胞的基因表达的芯片法分析
神经干细胞（NSCs）是一种自我更新的多能前体细胞，在中枢神经系统中可以产生神经元细胞、星形胶质细胞和少突胶质细胞。胚胎期神经干细胞不仅在一般发育过程中起作用，而且可以用来治疗神经退化与紊乱。现在还难以调节NSCs的分化用来治疗疾病，因此需要更深入细致的了解NSCs的细胞分化过程。本文目的即检测NSCs和其分化出的细胞的基因表达差异。
NSCs在发育的神经管上叫做神经上皮细胞（NEPs），在胚胎期10.5天的大鼠神经管具有丰富的NEPs，而胚胎期14.5天的大鼠神经管中NEPs含量迅速降低至10％以下，大部分为前体细胞，因而此时期可以用来大量收集祖细胞。实验分别用胚胎期10.5的大鼠神经管和胚胎期14.5的大鼠神经管为材料，培养并分选细胞用来抽提RNA。
基于前人的研究发现在NSC的发育过程中，关于细胞分化、细胞周期和细胞凋亡的基因可能具有重要的作用，因此选用SuperArray的GEArray Q系列基因表达芯片（MM-001N, MM-002N, MM-003N, MM-005N, MM-007N, MM-009N 和MM-010N）对大约500个基因进行表达实验分析。发现在NEPs中有152个基因有表达而在祖细胞中有209个基因表达。其中有68个基因是在祖细胞中表达而在NEPs中无表达或者表达量很低。
International J. of Molecular Medicine 12:73-78, 2003
Effects of HDL3 on the expression of matrix-degrading proteases in human endothelial cells
HDL3对人内皮细胞基质降解蛋白酶表达的影响
细胞外基质重建，是维持血管壁功能的一个重要环节，动脉粥样硬化和术后再狭窄中包括细胞外基质的重建紊乱。基质降解蛋白酶，包括MMPs（基质金属蛋白酶）和弹性胱蛋白酶抑制剂在动脉壁中发挥重要作用。
来自单核巨噬细胞的高密度脂蛋白（HDL）可以抑制细胞因子和氧化低密度脂蛋白（Ox-LDL）对内皮细胞中蛋白酶的表达的调节作用。HDL还可以保护内皮细胞不受Ox-LDL引起的细胞毒性影响，并调节内皮的抗炎性作用。另外在动脉粥样硬化斑块发现有氧化高密度脂蛋白，而内皮细胞中有修饰高密度脂蛋白的受体。是否HDL或者氧化HDL对内皮细胞的基质降解蛋白酶有调节作用至今尚未确定。
本文使用SuperArray的人细胞外基质和黏连分子基因表达芯片(GEArray Q Series Human Extracellular Matrix and Adhesion Molecules Gene Array, Catalog No. HS-010N )来研究HDL3和氧化HDL3对人内皮细胞35个蛋白酶及其受体表达的影响。结果表明：1）基质金属酶（MMP）-1, -2, -10, -13和-14，组织基质金属酶抑制剂（TIMP）-1,-2和-3，组织蛋白酶B和D，胱蛋白酶抑制剂C在基本条件下均有表达；其中MMP-10和胱蛋白酶抑制剂C在内皮细胞中的表达以前未有记录。2）HDL3的作用导致MMP-1和MMP-14表达升高，MMP-13的表达降低。3)氧化HDL3导致PAI-1和MMP-1的表达升高。
Blood. 2003 Jul 10
Endothelial cells in the bone marrow of patients with multiple myeloma.
多发性骨髓瘤患者骨髓内皮细胞
肿瘤生长伴随着血管新生的过程，其间血管内皮细胞快速增殖，内皮细胞的基因表达情况与正常血管内皮细胞不同，许多与血管新生相关的基因表达水平发生变化。
本文采用Superarray的人血管新生基因芯片（GEArray Q Series Human Angiogenesis Gene Array, Catalog No. HS-009N）检测多发性骨髓瘤骨髓内皮细胞中与血管新生相关的96个基因，包括1）生长因子与受体；2）细胞因子，趋化因子和粘附分子；3）基质蛋白酶，一些抑制因子；4）其它形式的血管新生相关因子。观察多发性骨髓骨髓内皮细胞中血管相关因子的变化。
Endocrinology. 2004 Feb;145(2):627-38.
Insulin-like growth factor(IGF)-1/IGF-binding protein-3 complex: therapeutic efficacy and mechanism of protection against type 1 diabetes
类胰岛素成长因子-1（IGF-1）与IGF结合蛋白3（IGFBP-3）复合物对1型糖尿病的治疗效果与机制
IGF-1能够调节胰岛β细胞的生长，抑制β细胞的凋亡，因而对I型糖尿病有疗效。但IGF-1半衰期短，本文试图通过IGF-1/IGFBP-3复合物来延长IGF-1的半衰期，从而提高对I型糖尿病的疗效。
在实验过程中，为进一步探讨IGF-1抑制β细胞凋亡的机制，采用Superarray的凋亡基因芯片(Mouse Apoptosis GEArray Q Series, Catalog No. MM-002N)研究了IGF-1在抑制细胞凋亡中的一些凋亡相关因子，如DAP激酶、DFFA、DR3、DR6、Myd88、TNF-β、TNFRSF11A和Trail等。
J Biol Chem. 2004 Feb 25
Biliverdin reductase: A novel regulator for Induction of activating transcription factor-2 and heme oxygenase-1
胆绿素还原酶：能够诱导转录因子2和血红素加氧酶1的一种新型调控因子
胆绿素还原酶（BVR）是一种丝氨酸/苏安酸激酶，能够调节基因的转录表达，本文在BVR过表达的293A细胞中，研究BVR促进转录因子2（ATF2）和血红素加氧酶1（HO1）升高的机制，前者是信号通路基因。研究认为BVR可能通过两个作用位点（调控元件），即AP-1位点和CRE位点来调控基因的转录。
在研究中，对BVR过表达的293A细胞用Superarray的信号通路发现者基因芯片(GEArray Q Series Human Signal Transduction PathwayFinder Gene Array, Catalog No. HS-008N)进行了检测，该芯片可以检测18个信号通路的96个标志性基因。检测中发现目的细胞中各种信号通路的17个转录水平显著升高的基因，其中一些是AP-1转录调控基因，包括ATF2。从中选择了ATF2基因进一步研究BVR的调控机制。
Nat Immunol. 2004 Feb;5(2):141-9.
Priming of naive T cells inside tumors leads to eradication of established tumors.
肿瘤组织内激活初生T细胞来消除肿瘤
肿瘤坏死因子LIGHT(TNFSF-14)是肿瘤基质细胞表达的淋巴毒素β受体（LTβR）及T细胞表达的疱疹病毒介体（HVEM）的配体，在肿瘤微环境中，LIGHT通过与LTβR及HVEM的作用，可以上调趋化因子和黏附分子的表达，同时激活初生T细胞，以消除肿瘤。
研究中采用Superarray的趋化因子及其受体基因芯片（GEArray Q Series Mouse Chemokines and Receptors Gene Array， Catalog No. MM-005N）对LIGHT作用中肿瘤组织趋化因子的表达进行了检测，观察到了一些趋化因子的上调，如IP-10、Mig
Am J Physiol Cell Physiol. 2004 Jan 7
cAMP-elevating agents and adenylyl cyclase overexpression promote an antifibrotic phenotype in pulmonary fibroblasts
cAMP上调因子以及腺苷酸环化酶过表达有助于肺纤维原细胞抗纤维化
肺部损伤部位会募集纤维原细胞，纤维原细胞可以在损伤部位产生细胞外基质蛋白，协助修复损伤。肺纤维化发生时，纤维原细胞失调，在损伤部位产生过量胶原质，形成纤维化小体，造成肺功能障碍。本文观察到cAMP上调因子和腺苷酸环化酶过表达可以提高cAMP的水平，抑制肺纤维原细胞纤维化发生。
因为纤维原细胞表达细胞外基质蛋白的水平与纤维原细胞的正常功能密切相关，本文在cAMP水平提高的条件下，采用Superarray的人细胞外基质与黏连分子基因芯片（GEArray Q Series Human Extracullar Matrix & Adhesion Molecules Gene Array, Catalog No. HS-010N）对调节基质蛋白水平的金属蛋白酶和金属蛋白酶抑制因子的表达水平变化做了研究，以探讨它们在抗肺纤维化中的作用。
J Biol Chem. 2003 Dec 26;278(52):52901-8.
Lipopolysaccharides Indirectly Stimulate Apoptosis and Global Induction of Apoptotic Genes in Fibroblasts
脂多糖（LPS）间接刺激凋亡，全面诱导纤维原细胞的调亡基因
LPS是一种内毒素，能够诱导细胞凋亡。在本文中，研究了LPS对纤维原细胞的凋亡机制，发现LPS可以全面诱导纤维原细胞的凋亡基因上调，并且下调一些抗凋亡基因。同时发现，LPS诱导凋亡的机制是间接的，由TNF介导。
在观察LPS在野生型小鼠身上诱导纤维原细胞凋亡的现象时，采用了Superarray的小鼠细胞凋亡基因芯片(Mouse Apoptosis GEArray Q Series， Catalog No. MM-002N)，芯片结果显示了全面的凋亡基因的变化，包括配体、受体、线粒体凋亡基因、Caspase等。
J. of Virology, Feb. 2004 p. 1464-1472
Dysregulation of the Polo-Like Kinase Pathway in CD4+ T Cells Is Characteristic of Pathogenic Simian Immunodeficiency Virus Infection
CD4+ T细胞有丝分裂激酶通路调节紊乱是猿免疫缺陷病毒病原感染的特征
细胞间信号级联和细胞周期的缺失增强CD4+ T细胞功能障碍是人免疫缺陷病毒（HIV）感染人以及猿免疫缺陷病毒（SIV）感染猕猴（RM）的一种结果。已经证明在HIV和SIV体内和体外感染以后，细胞周期的M期都出现了调控障碍。
本实验研究SIV感染对M期的两个重要调节子－有丝分裂激酶Plk3和Plk1的影响。作者前期已证实SIV感染的易染病的RM中CD4+ T细胞的Plk3蛋白有明显下调而SIV感染的抗病乌白眉猴（SM）CD4+ T细胞的Plk3蛋白无下调，表示Plk3的下调与染病过程有关。
本文中，来自无SIV的RM细胞以及培养的HSRM1细胞分别单独用培养液培养或者用加有CD3抗体包被颗粒的培养基培养16小时，然后抽提RNA用SuperArray细胞周期基因表达芯片（GEArray Q Series Cell Cycle Gene Array, Catalog No. HS-001N）进行分析。结合其他实验分析方法，对SIV感染RM后Plk1、Plk3的基因变化以及M期基因的调控机制进行详细研究。
J Neurochem. 2004 Jan;88(1):212-26.
Membrane properties of rat embryonic multipotent neural stem cells
大鼠神经胚胎多能干细胞的膜特性
干细胞是具有分化潜力的细胞，目前，几乎所有组织都已分离出干细胞，并按其来源组织、分化的细胞类型进行了分类。干细胞的分化受到细胞外环境的影响，胞外环境通过与细胞膜分子的作用激活多种信号通路，影响干细胞的分化能力。
本文着重分析了大鼠神经胚胎干细胞（E10.5）的膜特性，应用了免疫细胞化学、电生理学、基因芯片等技术，发现了一些特异性表达的分子。基因芯片采用Superarray的小鼠神经科学离子通道与转运蛋白基因芯片（GEArray Q Series Mouse Neuroscience-1 Ion Channel & Transporter Gene Array, Catalog No. MM-013N），与进一步分化的E16.5细胞进行比较，发现早期胚胎干细胞（E10.5）的葡萄糖转运蛋白1明显高表达。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2004 Apr 6;101(14):4972-4977.
Tumor necrosis factor receptor 1-mediated signaling is required for skin cancer development induced by NF-κB inhibition
NF-κB受抑制诱导的皮肤癌发展受肿瘤坏死因子受体1（TNFR1）介导
NF-κB信号通路在皮肤发展和表皮的生长控制中起着重要的作用。在表皮角质细胞NF-κB信号通路受到抑制时，会导致炎症反应，包括嗜中性粒细胞浸润、表皮增生。甚至导致快速发展的鳞状上皮细胞癌。但是在TNFR1缺陷的小鼠中，NF-κB信号通路受到抑制时，炎症反应和肿瘤都不回发生。
研究过程中，需要观察NF-κB信号通路受抑制情况下，各种细胞因子表达水平的变化，本文采用了Superarray的小鼠细胞因子基因芯片（GEArray Q Series Mouse Common Cytokine Gene Array， Catalog No. MM-003N）进行检测。
Caner Research 2004 Apr 1;64(7):2469-73.
Differential gene expression in metastasizing cells shed from kidney tumors
肾肿瘤细胞与其脱落细胞的基因表达差异
虽然肿瘤每天都会产生许多脱落细胞，能够形成转移灶的并不多，大多数脱落细胞凋亡或者没有活性。本文从细胞活性和基因表达上研究了两系肾肿瘤细胞SN12C和SN12L1与它们的脱落细胞之间的区别，以探讨可能影响肿瘤转移的基因。
研究中采用了Superarray的人转移特异性表达芯片（GEArray human metastasis-specific expression arrays）检测细胞中转移相关基因的变化，结果发现脱落细胞中CD44，α3－整和素及凹陷蛋白（caveolin）表达水平下调。进一步研究认为CD44和α3－整和素可以抑制肿瘤细胞的粘附及迁移。
