【原创】DNA合成公司的尴尬和困惑
丁香园论坛
2035
DNA合成公司的尴尬和困惑
DNA合成的价格降到这个份上,恐怕每家合成公司都在暗自掂量:还值不值得在DNA合成上继续投资?
眼看人家国外的DNA合成公司已经把毛细管电泳、质谱分析等先进手段用在了Oligo DNA的质量监控,而我们还停留在PAGE检测上,条件稍好一点的,也就是再做一下HPLC分析。
赛百盛近期与美国一家顶尖的DNA合成公司合作,对国内的DNA合成质量进行了一番分析研究。说是合作,是人家客气,其实是向人家学习,因为差距明摆在那里。看看人家是怎样对Oligo DNA进行质量分析的?
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在对Oligo进行质谱和毛细管电泳分析后,不仅计算出全长(Full-length)Oligo DNA,即目的片断所占的比例,还分析出各种短片断(如n-1、n-2)及杂质的成份。检测手段到了如此精确的程度,不由得你不服!
该公司的专家说了(大意如此),OPC纯化的纯度能达到84.5%,已经相当不错了,完全可以满足杂交、测序、常规PCR(不再进一步克隆)等用途了。该公司非PAGE纯化和非HPLC纯化的Oligo质检标准就是>70%,而PAGE纯化的标准是>90%。他们认为没有必要每条Oligo都做PAGE纯化,这样既耽误时间又增加成本。
而国内DNA合成有一个奇怪的现象,无论什么用途都要求PAGE纯化。从理论上来说,PAGE纯化的纯度的确比OPC纯化高(也有公司把OPC纯化叫做QPC、COP或HAP,无论叫什么,其原理都是DMT-on纯化)。但实际上每条都做PAGE纯化的效果是什么呢?我们通过各种渠道,收集了国内几家主流DNA合成公司PAGE纯化的Oligos,其分析结果让我们大吃一惊:PAGE纯化的纯度与OPC纯化相差无几,且没有一条纯度达到了90%!赛百盛也不例外,只是由于赛百盛公司每条引物都做了PAGE检测,情况稍好一些。
检测结果真是令人汗颜!这就是当前国内DNA合成的现状!在外国人面前丢了中国人的脸,真是赛百盛的罪过。国内DNA合成公司不是都声称自己的Oligo纯度大于95%吗?甚至OPC纯化也敢说大于95%!你说你是95%,我就说我是98%,他就说他是99%,生怕让别人给比了下去。更有甚者,从国外弄了几台二手的高通量DNA合成仪,就以老子天下第一自居;学会了国外几年前就已经普及的Oligo纯化技术,就敢申报科技成果奖,就大吹特吹“不仅是××人的骄傲,更是中国人的骄傲”。当前国内DNA合成业界弥漫着一股浮躁、浮夸之风,真正能潜心对自己的生产工艺进行研究的,恐怕是凤毛麟角。
人们不禁要问:为什么PAGE纯化的Oligo纯化居然与OPC纯度相差无几呢?根据我们与这家美国公司的合作研究,归纳总结出以下几个原因,现毫无保留地公之于众,希望对提高我国DNA合成的整体水平有一些帮助。
1.为了降低成本,用短胶代替长胶(尤其是纯化长链Oligo时必须用长胶),使短片断与目的片断不能有效地分离。
2.为了赶出货时间,电泳时间缩短,同样不能有效地分离目的片断。难怪有的公司PAGE纯化的Oligo第二天就能出货。
3.为了提高产量,切胶时切得太宽。产量是上去了,但纯度却降了下来。
4.配制PAGE胶的试剂纯度不高,特别是后续操作中若不能有效地去除尿素,这种杂质将成为Oligo killer(Oligo杀手)。
5.操作人员不够熟练,切胶时紫外照射的时间过长,也会造成Oligo DNA的断裂和损伤。
6.缺乏有效的检测手段。PAGE检测只能定性;而HPLC的纯度分析不够准确,HPLC分析时达到95%以上,但实际上可能只有80%左右。目前检测Oligo质量最有效的手段是毛细管电泳和质谱分析。
记得几年前有一家DNA合成的老总曾说过:国内DNA合成公司疯狂的价格战,损害的不仅仅是公司的利益,也将损害用户的利益。这句话不幸言中!为了应对价格战,各家公司首先考虑的是如何降低成本,而不是如何进行技术创新,提高质量。这一负面影响正在不断凸显,我们与国外DNA合成公司之间的差距已越拉越大。
正在赛百盛痛定思痛,痛下决心要进行技术改造的时候,却又听到了另一种声音:每个碱基一块多钱人民币还能指望拿到什么高质量的Oligo?就拿跟你们合作的这家美国公司来说吧,人家做PAGE纯化至少要用100 nmol规格合成,PAGE纯化后只能得到1 OD,而100 nmol合成的价格是US$0.55/base,PAGE纯化还另收US$40/条。你要是照着这个标准收费,国内的用户能答应吗?你要进行技术改造,引进昂贵的仪器设备,势必增加成本,提高销售价格。如此一来,你还能在国内市场立得住脚吗?你敢冒这个风险吗?你写这篇**文章,自曝家丑、自揭疮疤,你还想在这个圈子里混下去吗?你趁早歇了吧!
呜呼!这番话正好击中了国内DNA合成公司的软肋,真是让人左右为难,进退维谷。难道我们只好继续这样尴尬和困惑下去?
DNA合成的价格降到这个份上,恐怕每家合成公司都在暗自掂量:还值不值得在DNA合成上继续投资?
眼看人家国外的DNA合成公司已经把毛细管电泳、质谱分析等先进手段用在了Oligo DNA的质量监控,而我们还停留在PAGE检测上,条件稍好一点的,也就是再做一下HPLC分析。
赛百盛近期与美国一家顶尖的DNA合成公司合作,对国内的DNA合成质量进行了一番分析研究。说是合作,是人家客气,其实是向人家学习,因为差距明摆在那里。看看人家是怎样对Oligo DNA进行质量分析的?
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在对Oligo进行质谱和毛细管电泳分析后,不仅计算出全长(Full-length)Oligo DNA,即目的片断所占的比例,还分析出各种短片断(如n-1、n-2)及杂质的成份。检测手段到了如此精确的程度,不由得你不服!
该公司的专家说了(大意如此),OPC纯化的纯度能达到84.5%,已经相当不错了,完全可以满足杂交、测序、常规PCR(不再进一步克隆)等用途了。该公司非PAGE纯化和非HPLC纯化的Oligo质检标准就是>70%,而PAGE纯化的标准是>90%。他们认为没有必要每条Oligo都做PAGE纯化,这样既耽误时间又增加成本。
而国内DNA合成有一个奇怪的现象,无论什么用途都要求PAGE纯化。从理论上来说,PAGE纯化的纯度的确比OPC纯化高(也有公司把OPC纯化叫做QPC、COP或HAP,无论叫什么,其原理都是DMT-on纯化)。但实际上每条都做PAGE纯化的效果是什么呢?我们通过各种渠道,收集了国内几家主流DNA合成公司PAGE纯化的Oligos,其分析结果让我们大吃一惊:PAGE纯化的纯度与OPC纯化相差无几,且没有一条纯度达到了90%!赛百盛也不例外,只是由于赛百盛公司每条引物都做了PAGE检测,情况稍好一些。
检测结果真是令人汗颜!这就是当前国内DNA合成的现状!在外国人面前丢了中国人的脸,真是赛百盛的罪过。国内DNA合成公司不是都声称自己的Oligo纯度大于95%吗?甚至OPC纯化也敢说大于95%!你说你是95%,我就说我是98%,他就说他是99%,生怕让别人给比了下去。更有甚者,从国外弄了几台二手的高通量DNA合成仪,就以老子天下第一自居;学会了国外几年前就已经普及的Oligo纯化技术,就敢申报科技成果奖,就大吹特吹“不仅是××人的骄傲,更是中国人的骄傲”。当前国内DNA合成业界弥漫着一股浮躁、浮夸之风,真正能潜心对自己的生产工艺进行研究的,恐怕是凤毛麟角。
人们不禁要问:为什么PAGE纯化的Oligo纯化居然与OPC纯度相差无几呢?根据我们与这家美国公司的合作研究,归纳总结出以下几个原因,现毫无保留地公之于众,希望对提高我国DNA合成的整体水平有一些帮助。
1.为了降低成本,用短胶代替长胶(尤其是纯化长链Oligo时必须用长胶),使短片断与目的片断不能有效地分离。
2.为了赶出货时间,电泳时间缩短,同样不能有效地分离目的片断。难怪有的公司PAGE纯化的Oligo第二天就能出货。
3.为了提高产量,切胶时切得太宽。产量是上去了,但纯度却降了下来。
4.配制PAGE胶的试剂纯度不高,特别是后续操作中若不能有效地去除尿素,这种杂质将成为Oligo killer(Oligo杀手)。
5.操作人员不够熟练,切胶时紫外照射的时间过长,也会造成Oligo DNA的断裂和损伤。
6.缺乏有效的检测手段。PAGE检测只能定性;而HPLC的纯度分析不够准确,HPLC分析时达到95%以上,但实际上可能只有80%左右。目前检测Oligo质量最有效的手段是毛细管电泳和质谱分析。
记得几年前有一家DNA合成的老总曾说过:国内DNA合成公司疯狂的价格战,损害的不仅仅是公司的利益,也将损害用户的利益。这句话不幸言中!为了应对价格战,各家公司首先考虑的是如何降低成本,而不是如何进行技术创新,提高质量。这一负面影响正在不断凸显,我们与国外DNA合成公司之间的差距已越拉越大。
正在赛百盛痛定思痛,痛下决心要进行技术改造的时候,却又听到了另一种声音:每个碱基一块多钱人民币还能指望拿到什么高质量的Oligo?就拿跟你们合作的这家美国公司来说吧,人家做PAGE纯化至少要用100 nmol规格合成,PAGE纯化后只能得到1 OD,而100 nmol合成的价格是US$0.55/base,PAGE纯化还另收US$40/条。你要是照着这个标准收费,国内的用户能答应吗?你要进行技术改造,引进昂贵的仪器设备,势必增加成本,提高销售价格。如此一来,你还能在国内市场立得住脚吗?你敢冒这个风险吗?你写这篇**文章,自曝家丑、自揭疮疤,你还想在这个圈子里混下去吗?你趁早歇了吧!
呜呼!这番话正好击中了国内DNA合成公司的软肋,真是让人左右为难,进退维谷。难道我们只好继续这样尴尬和困惑下去?