【原创】DNA合成公司的尴尬和困惑
丁香园论坛
1929
DNA合成公司的尴尬和困惑
DNA合成的价格降到这个份上，恐怕每家合成公司都在暗自掂量：还值不值得在DNA合成上继续投资？
眼看人家国外的DNA合成公司已经把毛细管电泳、质谱分析等先进手段用在了Oligo DNA的质量监控，而我们还停留在PAGE检测上，条件稍好一点的，也就是再做一下HPLC分析。
赛百盛近期与美国一家顶尖的DNA合成公司合作，对国内的DNA合成质量进行了一番分析研究。说是合作，是人家客气，其实是向人家学习，因为差距明摆在那里。看看人家是怎样对Oligo DNA进行质量分析的？
9z3juag%3D%3D" />
在对Oligo进行质谱和毛细管电泳分析后，不仅计算出全长（Full-length）Oligo DNA，即目的片断所占的比例，还分析出各种短片断（如n-1、n-2）及杂质的成份。检测手段到了如此精确的程度，不由得你不服！
该公司的专家说了（大意如此），OPC纯化的纯度能达到84.5％，已经相当不错了，完全可以满足杂交、测序、常规PCR（不再进一步克隆）等用途了。该公司非PAGE纯化和非HPLC纯化的Oligo质检标准就是>70％，而PAGE纯化的标准是>90％。他们认为没有必要每条Oligo都做PAGE纯化，这样既耽误时间又增加成本。
而国内DNA合成有一个奇怪的现象，无论什么用途都要求PAGE纯化。从理论上来说，PAGE纯化的纯度的确比OPC纯化高（也有公司把OPC纯化叫做QPC、COP或HAP，无论叫什么，其原理都是DMT-on纯化）。但实际上每条都做PAGE纯化的效果是什么呢？我们通过各种渠道，收集了国内几家主流DNA合成公司PAGE纯化的Oligos，其分析结果让我们大吃一惊：PAGE纯化的纯度与OPC纯化相差无几，且没有一条纯度达到了90％！赛百盛也不例外，只是由于赛百盛公司每条引物都做了PAGE检测，情况稍好一些。
检测结果真是令人汗颜！这就是当前国内DNA合成的现状！在外国人面前丢了中国人的脸，真是赛百盛的罪过。国内DNA合成公司不是都声称自己的Oligo纯度大于95％吗？甚至OPC纯化也敢说大于95％！你说你是95％，我就说我是98％，他就说他是99％，生怕让别人给比了下去。更有甚者，从国外弄了几台二手的高通量DNA合成仪，就以老子天下第一自居；学会了国外几年前就已经普及的Oligo纯化技术，就敢申报科技成果奖，就大吹特吹“不仅是××人的骄傲，更是中国人的骄傲”。当前国内DNA合成业界弥漫着一股浮躁、浮夸之风，真正能潜心对自己的生产工艺进行研究的，恐怕是凤毛麟角。
人们不禁要问：为什么PAGE纯化的Oligo纯化居然与OPC纯度相差无几呢？根据我们与这家美国公司的合作研究，归纳总结出以下几个原因，现毫无保留地公之于众，希望对提高我国DNA合成的整体水平有一些帮助。
1．为了降低成本，用短胶代替长胶（尤其是纯化长链Oligo时必须用长胶），使短片断与目的片断不能有效地分离。
2．为了赶出货时间，电泳时间缩短，同样不能有效地分离目的片断。难怪有的公司PAGE纯化的Oligo第二天就能出货。
3．为了提高产量，切胶时切得太宽。产量是上去了，但纯度却降了下来。
4．配制PAGE胶的试剂纯度不高，特别是后续操作中若不能有效地去除尿素，这种杂质将成为Oligo killer（Oligo杀手）。
5．操作人员不够熟练，切胶时紫外照射的时间过长，也会造成Oligo DNA的断裂和损伤。
6．缺乏有效的检测手段。PAGE检测只能定性；而HPLC的纯度分析不够准确，HPLC分析时达到95％以上，但实际上可能只有80％左右。目前检测Oligo质量最有效的手段是毛细管电泳和质谱分析。
记得几年前有一家DNA合成的老总曾说过：国内DNA合成公司疯狂的价格战，损害的不仅仅是公司的利益，也将损害用户的利益。这句话不幸言中！为了应对价格战，各家公司首先考虑的是如何降低成本，而不是如何进行技术创新，提高质量。这一负面影响正在不断凸显，我们与国外DNA合成公司之间的差距已越拉越大。
正在赛百盛痛定思痛，痛下决心要进行技术改造的时候，却又听到了另一种声音：每个碱基一块多钱人民币还能指望拿到什么高质量的Oligo？就拿跟你们合作的这家美国公司来说吧，人家做PAGE纯化至少要用100 nmol规格合成，PAGE纯化后只能得到1 OD，而100 nmol合成的价格是US$0.55/base，PAGE纯化还另收US$40/条。你要是照着这个标准收费，国内的用户能答应吗？你要进行技术改造，引进昂贵的仪器设备，势必增加成本，提高销售价格。如此一来，你还能在国内市场立得住脚吗？你敢冒这个风险吗？你写这篇**文章，自曝家丑、自揭疮疤，你还想在这个圈子里混下去吗？你趁早歇了吧！
呜呼！这番话正好击中了国内DNA合成公司的软肋，真是让人左右为难，进退维谷。难道我们只好继续这样尴尬和困惑下去？
DNA合成的价格降到这个份上，恐怕每家合成公司都在暗自掂量：还值不值得在DNA合成上继续投资？
眼看人家国外的DNA合成公司已经把毛细管电泳、质谱分析等先进手段用在了Oligo DNA的质量监控，而我们还停留在PAGE检测上，条件稍好一点的，也就是再做一下HPLC分析。
赛百盛近期与美国一家顶尖的DNA合成公司合作，对国内的DNA合成质量进行了一番分析研究。说是合作，是人家客气，其实是向人家学习，因为差距明摆在那里。看看人家是怎样对Oligo DNA进行质量分析的？
在对Oligo进行质谱和毛细管电泳分析后，不仅计算出全长（Full-length）Oligo DNA，即目的片断所占的比例，还分析出各种短片断（如n-1、n-2）及杂质的成份。检测手段到了如此精确的程度，不由得你不服！
该公司的专家说了（大意如此），OPC纯化的纯度能达到84.5％，已经相当不错了，完全可以满足杂交、测序、常规PCR（不再进一步克隆）等用途了。该公司非PAGE纯化和非HPLC纯化的Oligo质检标准就是>70％，而PAGE纯化的标准是>90％。他们认为没有必要每条Oligo都做PAGE纯化，这样既耽误时间又增加成本。
而国内DNA合成有一个奇怪的现象，无论什么用途都要求PAGE纯化。从理论上来说，PAGE纯化的纯度的确比OPC纯化高（也有公司把OPC纯化叫做QPC、COP或HAP，无论叫什么，其原理都是DMT-on纯化）。但实际上每条都做PAGE纯化的效果是什么呢？我们通过各种渠道，收集了国内几家主流DNA合成公司PAGE纯化的Oligos，其分析结果让我们大吃一惊：PAGE纯化的纯度与OPC纯化相差无几，且没有一条纯度达到了90％！赛百盛也不例外，只是由于赛百盛公司每条引物都做了PAGE检测，情况稍好一些。
检测结果真是令人汗颜！这就是当前国内DNA合成的现状！在外国人面前丢了中国人的脸，真是赛百盛的罪过。国内DNA合成公司不是都声称自己的Oligo纯度大于95％吗？甚至OPC纯化也敢说大于95％！你说你是95％，我就说我是98％，他就说他是99％，生怕让别人给比了下去。更有甚者，从国外弄了几台二手的高通量DNA合成仪，就以老子天下第一自居；学会了国外几年前就已经普及的Oligo纯化技术，就敢申报科技成果奖，就大吹特吹“不仅是××人的骄傲，更是中国人的骄傲”。当前国内DNA合成业界弥漫着一股浮躁、浮夸之风，真正能潜心对自己的生产工艺进行研究的，恐怕是凤毛麟角。
人们不禁要问：为什么PAGE纯化的Oligo纯化居然与OPC纯度相差无几呢？根据我们与这家美国公司的合作研究，归纳总结出以下几个原因，现毫无保留地公之于众，希望对提高我国DNA合成的整体水平有一些帮助。
1．为了降低成本，用短胶代替长胶（尤其是纯化长链Oligo时必须用长胶），使短片断与目的片断不能有效地分离。
2．为了赶出货时间，电泳时间缩短，同样不能有效地分离目的片断。难怪有的公司PAGE纯化的Oligo第二天就能出货。
3．为了提高产量，切胶时切得太宽。产量是上去了，但纯度却降了下来。
4．配制PAGE胶的试剂纯度不高，特别是后续操作中若不能有效地去除尿素，这种杂质将成为Oligo killer（Oligo杀手）。
5．操作人员不够熟练，切胶时紫外照射的时间过长，也会造成Oligo DNA的断裂和损伤。
6．缺乏有效的检测手段。PAGE检测只能定性；而HPLC的纯度分析不够准确，HPLC分析时达到95％以上，但实际上可能只有80％左右。目前检测Oligo质量最有效的手段是毛细管电泳和质谱分析。
记得几年前有一家DNA合成的老总曾说过：国内DNA合成公司疯狂的价格战，损害的不仅仅是公司的利益，也将损害用户的利益。这句话不幸言中！为了应对价格战，各家公司首先考虑的是如何降低成本，而不是如何进行技术创新，提高质量。这一负面影响正在不断凸显，我们与国外DNA合成公司之间的差距已越拉越大。
正在赛百盛痛定思痛，痛下决心要进行技术改造的时候，却又听到了另一种声音：每个碱基一块多钱人民币还能指望拿到什么高质量的Oligo？就拿跟你们合作的这家美国公司来说吧，人家做PAGE纯化至少要用100 nmol规格合成，PAGE纯化后只能得到1 OD，而100 nmol合成的价格是US$0.55/base，PAGE纯化还另收US$40/条。你要是照着这个标准收费，国内的用户能答应吗？你要进行技术改造，引进昂贵的仪器设备，势必增加成本，提高销售价格。如此一来，你还能在国内市场立得住脚吗？你敢冒这个风险吗？你写这篇**文章，自曝家丑、自揭疮疤，你还想在这个圈子里混下去吗？你趁早歇了吧！
呜呼！这番话正好击中了国内DNA合成公司的软肋，真是让人左右为难，进退维谷。难道我们只好继续这样尴尬和困惑下去？
