【求助】求助：急：用miRNA 芯片做实验时，如何设计实验
丁香园论坛
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各位大虾,向你们求救啦。心手上路，多多指点。
我的实验室 一组对照组（不干预），一组实验组（干预），只养一种细胞。然后我要用miRNA 芯片检测。
问题有如下：
1. 每个芯片可以检测几个样本？ 实验组和对照组的样本检测是在同一张芯片上进行，还是分开在不同的芯片上进行？
2. 实验组和对照组要最少重复做多少次芯片检测才能达到数据有统计分析意义？这样需要多少块芯片？
3. 比如每块芯片可以测12个样本，那我的重复实验是不是可以在同一块芯片上测 3个实验组，3个对照组的样本，这样是不是叫重复实验啊？还是 必须得换另一块芯片才叫有可重复性?
4. 大概每块芯片的价格是多少？有好的公司推荐一下下吧。
各位有经验的，多多指教啊，非常感谢啦！！！
我的实验室 一组对照组（不干预），一组实验组（干预），只养一种细胞。然后我要用miRNA 芯片检测。
问题有如下：
1. 每个芯片可以检测几个样本？ 实验组和对照组的样本检测是在同一张芯片上进行，还是分开在不同的芯片上进行？
2. 实验组和对照组要最少重复做多少次芯片检测才能达到数据有统计分析意义？这样需要多少块芯片？
3. 比如每块芯片可以测12个样本，那我的重复实验是不是可以在同一块芯片上测 3个实验组，3个对照组的样本，这样是不是叫重复实验啊？还是 必须得换另一块芯片才叫有可重复性?
4. 大概每块芯片的价格是多少？有好的公司推荐一下下吧。
各位有经验的，多多指教啊，非常感谢啦！！！
回答你所有问题需要一个前提：你选择什么公司的芯片。
我们实验室使用的是 Affymetrix公司的产品。我不是打广告的，选择芯片需要你仔细考虑。我的回答是按照 Affymetrix公司的产品给出的。
1.1张芯片能检测1个样品。实验组和对照组在不同的芯片上进行。
2. 我们实验室实验组和对照组都做了3个样品。我见过论文上只做2个样本的（实验和对照各2个），论文发在PNAS上。
3. 不需要回答。
4. 我们使用的是该公司的基因组芯片，价格是每张6000人民币。至于miRNA芯片，价格应该差不多。你可以搜索该公司在你所在城市的代理咨询价格和技术细节。
我们实验室使用的是 Affymetrix公司的产品。我不是打广告的，选择芯片需要你仔细考虑。我的回答是按照 Affymetrix公司的产品给出的。
1.1张芯片能检测1个样品。实验组和对照组在不同的芯片上进行。
2. 我们实验室实验组和对照组都做了3个样品。我见过论文上只做2个样本的（实验和对照各2个），论文发在PNAS上。
3. 不需要回答。
4. 我们使用的是该公司的基因组芯片，价格是每张6000人民币。至于miRNA芯片，价格应该差不多。你可以搜索该公司在你所在城市的代理咨询价格和技术细节。
miRNA 芯片你最好还是选用美国的，比如ABI，这样你的结果能够得到保证。表达谱芯片一般使用Affymetrix公司的产品
zhujoker wrote:
miRNA 芯片你最好还是选用美国的，比如ABI，这样你的结果能够得到保证。表达谱芯片一般使用Affymetrix公司的产品
那能不能就miRNA芯片 答疑一下 主帖的 几个问题啊 。 miRNA也是一块芯片测一个样本嘛？ 还有其他的几个问题也帮忙解答一下，非常感谢您百忙之中帮忙啦。新手上路都不怎么了解情况。
你好，你需要检测干预与对照组的miRNA差异表达吧！
1.一张芯片原则上只检测一个样品，但可以做双通道，即双荧光标记，不过这样可能有荧光背景噪音。这样一张芯片上可以做两个样品了！当然，你也可以做pool，但是这样会减弱样品间的差异信号，会使您的结果失真。
2.实验的重复分为技术重复和生物学重复，技术重复不用做了，因为芯片在出厂的时候已经检验完了。生物学重复要看你样本是组织还是细胞了，现今，细胞重复需要每实验组三个以上的样本copy，组织是6个以上。
3.芯片的价格在四五千左右吧。具体需要看你的标本数。
4.看到您提出的问题，似乎对芯片只是简单的了解，希望你好好了解一下现在科研领域新拍的使用情况，那个品牌的发表文章多，那个品牌具有很强的优势，那个公司的服务好，目前市场上的芯片平台都是一样的，但是售后服务会不一样，数据结果的分析也不一样。希望您多方面综合考虑。
1.一张芯片原则上只检测一个样品，但可以做双通道，即双荧光标记，不过这样可能有荧光背景噪音。这样一张芯片上可以做两个样品了！当然，你也可以做pool，但是这样会减弱样品间的差异信号，会使您的结果失真。
2.实验的重复分为技术重复和生物学重复，技术重复不用做了，因为芯片在出厂的时候已经检验完了。生物学重复要看你样本是组织还是细胞了，现今，细胞重复需要每实验组三个以上的样本copy，组织是6个以上。
3.芯片的价格在四五千左右吧。具体需要看你的标本数。
4.看到您提出的问题，似乎对芯片只是简单的了解，希望你好好了解一下现在科研领域新拍的使用情况，那个品牌的发表文章多，那个品牌具有很强的优势，那个公司的服务好，目前市场上的芯片平台都是一样的，但是售后服务会不一样，数据结果的分析也不一样。希望您多方面综合考虑。
1. 每个芯片可以检测几个样本？ 实验组和对照组的样本检测是在同一张芯片上进行，还是分开在不同的芯片上进行？
答：就美国illumina芯片而言，每张miRNA芯片可检测6个或12个样本。实验组和对照组的样本是在同一张芯片上进行，这样才能保证结果的重现性。据我所知，不同芯片间是存在芯片间系统误差的，而处理这种误差非常麻烦，还不一定能保证处理是合理的。
2. 实验组和对照组要最少重复做多少次芯片检测才能达到数据有统计分析意义？这样需要多少块芯片？
答：样本重复3次事比较科学的。也就是3个对照样本，3个实验。当然还有其他组也应该是3个。
也有做4个样本的老师，从节约经费的角度。
只需要一张芯片。
3. 比如每块芯片可以测12个样本，那我的重复实验是不是可以在同一块芯片上测 3个实验组，3个对照组的样本，这样是不是叫重复实验啊？还是 必须得换另一块芯片才叫有可重复性?
答：这样是合理的。不同芯片检测会加大芯片检测误差，且数据处理会有不必要的麻烦，不建议。
4. 大概每块芯片的价格是多少？有好的公司推荐一下下吧。
美国illumina公司的基因芯片是第三代基因芯片产品，比第二代，第一代的探针密度，重现性均高了不少。每个基因的探针密度高达2400万（illumina微珠基因芯片，30个微珠重复，80万条探针/微珠）。
芯片价格：大概在2500-3000/样本.
附件里有illumina芯片的介绍，楼主可看看。
答：就美国illumina芯片而言，每张miRNA芯片可检测6个或12个样本。实验组和对照组的样本是在同一张芯片上进行，这样才能保证结果的重现性。据我所知，不同芯片间是存在芯片间系统误差的，而处理这种误差非常麻烦，还不一定能保证处理是合理的。
2. 实验组和对照组要最少重复做多少次芯片检测才能达到数据有统计分析意义？这样需要多少块芯片？
答：样本重复3次事比较科学的。也就是3个对照样本，3个实验。当然还有其他组也应该是3个。
也有做4个样本的老师，从节约经费的角度。
只需要一张芯片。
3. 比如每块芯片可以测12个样本，那我的重复实验是不是可以在同一块芯片上测 3个实验组，3个对照组的样本，这样是不是叫重复实验啊？还是 必须得换另一块芯片才叫有可重复性?
答：这样是合理的。不同芯片检测会加大芯片检测误差，且数据处理会有不必要的麻烦，不建议。
4. 大概每块芯片的价格是多少？有好的公司推荐一下下吧。
美国illumina公司的基因芯片是第三代基因芯片产品，比第二代，第一代的探针密度，重现性均高了不少。每个基因的探针密度高达2400万（illumina微珠基因芯片，30个微珠重复，80万条探针/微珠）。
芯片价格：大概在2500-3000/样本.
附件里有illumina芯片的介绍，楼主可看看。
fghostyun wrote:
托也需要有专业知识才行。你干脆直接骂illumina也是托？illumina这家公司你了解多少？用illumina公司芯片发的文章又有多少？你可以去PubMed上查查用illumina发的SCI文章有多少？怕多得你几天几夜都看不完吧?
你是康成的托吧，你以为我不知道你？康成口碑之差业内皆知，就因为你加我QQ问我康成的芯片服务怎么样，而我说实话了？
我能帮楼主回答问题，解决疑难，你有本事也回答版主一些专业知识参考啊？
呵呵，有意思，康成的托？我都没跟康成打过交道，刚才有个丁香的战友问我，我才知道康成是上海的，你承认是上海拜珐信息技术有限公司的托了啊，你心虚吧，康成好不好我不知道，至少他们在生物行业待了这么多年了，足以说明好不好了，你凭什么说不好呢？因为让你当托的这个公司口碑更差？你能代表生物业内的评价？你太装了吧！本来就想举报你一下，让你别当托，上海拜珐信息技术有限公司连一个正规的网站都没有，是没钱买还是让大众骂的不敢公开啊？有意思！你这是给你们公司丢人啊！
专业知识？我又不懂什么是芯片，如果懂也不会跟你似的当托，你懂这么多怎么也只能当托啊，你看看丁香网里懂专业知识的这么多，我怎么没举报其他人呢？你要是都懂，那我问问你，NIMABI是那个物种的序列？本来我从你的主页上可以学点东西，看到你说
列举哪些公司做芯片数据分析比较专业这个帖子（现在已经被fghostyun关闭了），把上海拜珐信息技术有限公司说得很好，把博奥等芯片公司的分析说得很差，你是不是也歧视这边的敏芯和其明的数据分析啊？你有本事就把列举哪些公司做芯片数据分析比较专业这个帖子的权限放开。让大家看看，看完之后就知道fghostyun当托当的多气人了.
我只是不想被你这种人攻击而已。有时候说实话肯定会得罪人，你对敏芯呀，博奥呀知道那么多，却说“专业知识？我又不懂什么是芯片“ ，做人何必那么自相矛盾？
我只是就事论事，哪有像你这样直接损人的？
我在人家帖子里帮人解决实际问题，你在这里除了做攻击言论外你还贡献了什么？
我只是就事论事，哪有像你这样直接损人的？
我在人家帖子里帮人解决实际问题，你在这里除了做攻击言论外你还贡献了什么？
fghostyun wrote:
我只是不想被你这种人攻击而已。有时候说实话肯定会得罪人，你对敏芯呀，博奥呀知道那么多，却说“专业知识？我又不懂什么是芯片“ ，做人何必那么自相矛盾？
我只是就事论事，哪有像你这样直接损人的？
我在人家帖子里帮人解决实际问题，你在这里除了做攻击言论外你还贡献了什么？
我说大哥，什么叫损人啊，你那叫解决实际问题啊，你那叫给自己做生意，我看不惯你损博奥等公司的行为，你解决别带有强烈的目的性好不，你有什么资格发列举哪些公司做芯片数据分析比较专业这个帖子啊，把自己的公司提的很好，看不惯你这种小人的行为。知道敏芯和博奥是因为他们比你公司名气大，服务好。我这是给广大的丁香友申辩你当托的这个客气的行为，你这是搬起石头杂自己的脚，我没什么矛盾的，作为一名学生，知道多少我就说多少，有本事咱就耗下去，看我们谁损失大，我也帮你宣传一下你们“拜珐信息技术有限公司”，又不用？我在整个丁香网用托的身份宣传了哈，我决定好好宣传用托来开的公司！真是可耻！
博奥财大气粗，我不否认，但业务做的怎样，不同的客户感受不一样。敏芯却不是什么大公司，我也没有找他们做过，所有不做置评。至于你宣传拜珐信息技术有限公司做得怎么样，做过的人自有评论，你爱怎么宣传是你的事。我建议做过的人评论所有的做生物芯片的公司，至于他们怎么评价，我管不着。但我只知道我做过的几家。也许刚好你这个所谓的“学生"所在的公司/单位做得不令人满意被我说了出来，你跟我急也是正常。
我曾经花过很长时间来研究某些芯片间数据波动如何消除的问题，芯片数据标准化方法有很多种，但是这并不能解决不同芯片之间固有的系统误差。芯片的张数越多，这种影响越明显。当然好的芯片实验可以做到多张平行芯片之间的相关性达到95%以上，那样的话，是实验做得非常好的情况。事实上，有好多芯片实验，相关性可能达不到这么高，如果只有70%，80%，这样的结果是重做呢还是采用呢？这些东西，相信不少公司都讳莫如深吧？
我曾经花过很长时间来研究某些芯片间数据波动如何消除的问题，芯片数据标准化方法有很多种，但是这并不能解决不同芯片之间固有的系统误差。芯片的张数越多，这种影响越明显。当然好的芯片实验可以做到多张平行芯片之间的相关性达到95%以上，那样的话，是实验做得非常好的情况。事实上，有好多芯片实验，相关性可能达不到这么高，如果只有70%，80%，这样的结果是重做呢还是采用呢？这些东西，相信不少公司都讳莫如深吧？
fghostyun wrote:
博奥财大气粗，我不否认，但业务做的怎样，不同的客户感受不一样。敏芯却不是什么大公司，我也没有找他们做过，所有不做置评。至于你宣传拜珐信息技术有限公司做得怎么样，做过的人自有评论，你爱怎么宣传是你的事。我建议做过的人评论所有的做生物芯片的公司，至于他们怎么评价，我管不着。但我只知道我做过的几家。也许刚好你这个所谓的“学生"所在的公司/单位做得不令人满意被我说了出来，你跟我急也是正常。
我曾经花过很长时间来研究某些芯片间数据波动如何消除的问题，芯片数据标准化方法有很多种，但是这并不能解决不同芯片之间固有的系统误差。芯片的张数越多，这种影响越明显。当然好的芯片实验可以做到多张平行芯片之间的相关性达到95%以上，那样的话，是实验做得非常好的情况。事实上，有好多芯片实验，相关性可能达不到这么高，如果只有70%，80%，这样的结果是重做呢还是采用呢？这些东西，相信不少公司都讳莫如深吧？
我来说一下吧，fghostyun 你说敏芯不是大公司啊，我觉得敏芯很好的，我们实验室以前做过芯片，现在准备测序呢，隔壁实验室早就测序了，你说的那个拜法信息技术服务公司是在徐汇区的那个吧，我认识的人有在你们那里做过的，服务和公司信誉确实不怎么样，特别服务很不好，找你们那边补数据都还不给补，要加钱。我不是说你们公司不好，这是我个人意见。楼上两个似乎较起劲了，我觉得没必要啊，你们这样别人会相信吗？我觉得lee_ly说的太激动了，主要是fghostyun行为确实很气愤，太主观了。公司的好坏不是谁说好就好说坏就坏的。fghostyun 你的宣传行为太明显，你看看你的主页吧，回答的问题也是八斤八两。康成在上医这边芯片做得很不错，你要觉得我撒谎你可以去打听一下，他们的售后也很到位，至于数据分析，我想肯定没有专业的分析公司做得漂亮，但是fghostyun 你心里肯定也明白，你们的数据分析就一定好吗？也就是同一只脚上穿了不同的鞋子而已。不要表现的那么明显，你在这样，拜法信息技术服务公司可能真的被你给宣传垮了！
公司好不好，不是说出来的，是做出来的。时间是检验真理的唯一标准。
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