【求助】如何设计完整合理的实验

现在我要做一种药物对培养细胞的影响，观察这种药物是通过影响何种转录因子起作用的，如何设计一个实验呢？不知道这样设计行不行？
加药组和未加药组进行对比，所反应的指标用PCR测定其含量，发现加药组和未加药组有明显的区别，然后使用Wstern blot 方法测定两组的相关的转录因子表达的区别，来证明是这个药物是通过这些转录因子起了作用，不知道这样的实验是否科学？另外这些转录因子在之前的文章中已经证明可以调控指标物质的。
请各位牛人指教了，谢谢！

个人的一点想法：
1、你反应的指标只是pcr检测了拷贝数，而转录因子是对拷贝数无影响的。如果想看转录因子对其是否有影响，应从蛋白水平上看两组细胞中指标是否有变化
2、如果1成立的话也就是指标蛋白水平也有变化的话，且转录因子在两组细胞中有差异，也不能完全说明就是该转录因子直接作用于此指标，也许通过旁路。
3、个人认为药物对细胞的影响会比较广泛，如果做芯片的话估计会筛出很多差异，所以单单检测一个或一类转录因子来说明药物对细胞影响的途径有些牵强
建议多查查文献，看此药物对细胞影响研究进展如何，以及感兴趣的转录因子可能的靶基因及通路

谢谢啊大哥，可是你说转录因子对拷贝数不会有影响，转录因子，核转录因子不是结合在基因上游影响转录的吗？那就是影响mRNA的含量了呀，另外蛋白水平是翻译过程影响的啊，是这样吗？
还有我只是做的初步判断，只要这个药物和这个转录因子的变化有相关性，不管中间过程如何复杂，步骤有多少，但最终还是可以提出这个药物可能就是通过影响这个转录因子起到了调控目的物质，这样粗略的说明了药物机制。
不知道这样行不行，希望再得到赐教，呵呵～

你指的copy数有影响应当是RNA，建议作realtime
另外如果转录因子参与药物的影响，其含量不一定变化，只是对靶基因的转录有影响

谢谢了,呵呵，细胞通路的问题感觉挺复杂的，我得找资料好好学习一下相关知识，谢谢指导啊～

继续求助，现在我的药物是激素类的，应该在细胞核内发生作用，然后转录因子是进入核内才发挥作用的，因此我就检测核蛋白里面转录因子的蛋白含量进行比较，初步说明该激素类药物是通过影响核内这些转录因子来影响目的基因的表达的，这样做可行吗？
我只是观察初步的细胞通路，做初步的机制研究，什么 EMSA啊什么的研究细胞通路用的发方就不使用了，不知道这样可否，望赐教啊~