【求助】信号通路蛋白研究水平问题

这个问题可能是因为我基础不好吧，所以一直没弄懂，在研究中DNA/mRNA/蛋白水平的研究有何不同？为什么有些时候用PCR，有时候用RT-PCR，有时候用Western blot？
例如，对于某个信号蛋白，文献报道有突变体，即在其某个外显子上有几个氨基酸的缺失，那么要研究这个突变的蛋白的功能应该在哪个层面呢？应该用WB吧，看其下游信号通路蛋白的表达变化？
那有的文献又报道下游通路的关键蛋白的mRNA的变化，这和WB的蛋白变化有什么区别呢？
谢谢大家耐心解释哈吧，我实在已经糊涂了！

我也有此疑惑，同求解！

研究mRNA多半是从转录的机制上进行的研究

其实我们所说的信号传导研究，更多地是关注蛋白（一般为酶）的功能的变化，而不仅仅是表达（RNA or protein level)的变化，事实上，很多信号传导通路，蛋白的表达水平并无变化，但是蛋白(酶）的活性有很大的变化，PI3K/AKT通路就是一个典型的例子。这也是信号传导研究
需要用到很多磷酸化蛋白的抗体的重要原因。

顶！！