【求助】关于mirna侧翼序列的问题

我在mirbase查到hsa-mir-34a的序列如下：
>hsa-mir-34a MI0000268
GGCCAGCUGUGAGUGUUUCUUUGGCAGUGUCUUAGCUGGUUGUUGUGAGCAAUAGUAAGGAAGCAAUCAGCAAGUAUACUGCCCUAGAAGUGCUGCACGUUGUGGGGCCC

我在ensemble查hsa-mir-34a序列及其上游(5'端）10bp序列变成如下：
>1 dna:chromosome chromosome:GRCh37:1:9211717:9211836:-1
GGCCAGCTGTGAGTGTTTCTTTGGCAGTGTCTTAGCTGGTTGTTGTGAGCAATAGTAAGG
AAGCAATCAGCAAGTATACTGCCCTAGAAGTGCTGCACGTTGTGGGGCCCAAGAGGGAAG

hsa-mir-34a序列strand为-, 不知找的它的上游(5'端）10bp是不是上面的序列，那如果是的话hsa-mir-34a在mirbase的书写顺序是不是从3'-5'?

如果有某个转录因子结合在hsa-mir-34a的上游10bp区域，是不是就是指的AAGAGGGAAG？

我都有些晕了

是不是两者范围不一样？

>hsa-mir-34a MI0000268

同问，前体miRNA的侧翼序列到底是指的哪个范围？是编码它的基因的侧翼序列，还是就在pre-miRNA往前后走多少的bp?

楼主的问题我不是太明白
在ensembl里面查找序列的时候你是可以设置3'和5'两边flank的长度的，想要多长一般都是可以的（当然不能超过染色体长度哈）
四楼的问题：flank序列个人认为现在还没有一个确切的规定，根据自己的实验来确定吧，有人用200bp、300bp还有的用500bp。建议在ensembl里面查找，可以定义flank长度

仅供参考哈