【讨论】如何进行基因筛选？如何确立目的基因？

ybcz1974 wrote:
本人刚刚涉及分子生物学领域，可能说得很不转业，请勿见笑！

最近想做一种非整数倍染色体病的研究，有几个问题想请教大家：

1、如果这种疾病是由于某一条染色体多一条引起，除了基因（DNA）数量上的改变，会不会出现基因组的差异，例如出现新的基因？或者基因突变？

ybcz1974 wrote:2、通过患者与对照血清基因筛选是否有意义？有没有可能发现基因表达差异？如何进行基因筛选？

ybcz1974 wrote:3、每条染色体都表达数百种基因，通过何种方法可以找到某条染色体特异性的基因？

ybcz1974 wrote:4、如果我们发现在这种染色体疾病有某种蛋白质表达的差异，通过哪些方法可以找到基因的差异，并明确该基因的染色体定位。

ybcz1974 wrote:请站内的高手多多帮忙！不胜感激！

zjubell wrote:
举个例子，唐氏综合症，就是21三体，染色体突变远大于基因突变。多了一条染色体，会造成大片段的基因易位，造成许多基因表达不正常，包括基因沉默，基因表达等。
基因组差异表现就是多了条染色体，这个最常规的G带染色就可以发现，如产前诊断，做细胞滴片再染色即可发现。
100%的实体瘤都是非整倍体；只有染色体的异常才可以瞬间改变细胞内成千上万基因的表达水平，从而可能解释肿瘤细胞表型的异质性现象；而且同时可以成功地解释肿瘤细胞遗传性不稳定的特征原因；肿 瘤细胞的最大特征永生化可以解释为：自然选择压力只给了非整倍体细胞选择永生化机制的机会，因为只有非整倍体细胞才具有通过自身催化随机丢失或获得不同染 色体从而最终获得永生化细胞核型的机会。由于这样的机会很少，因此在致癌因素作用后经过数年或数十年肿瘤才发生；进一步推测可以认为除了病毒转化的细胞 外，所有没有经过处理或不受调节而具有永生化能力的细胞都应当是非整倍体细胞；肿瘤的其它特征（例如转移能力、去分化、高耐药性等等）也可以应用非整倍体假说来解释

该部分，我直接上传一个文件吧。非整倍体与肿瘤发生以及肿瘤遗传型不稳定关系的初步研究.doc

血清中基因筛选有很大难度，因为血清中的RNA含量相当的少。而且血清中的RNA，你觉的会来自何处？
血清中做癌症特异性标志物的人比较多，可以是蛋白，也可以是小RNA，有南京大学发表了一篇关于microRNA做为肿瘤标志物的文章，Serum MicroRNAs Are Promising Novel Biomarkers，如果你需要，我可以给你。

这个问题比较容易解决，直接去NCBI上查好了。人类2.5万左右的基因分别分布在哪些染色体上，都有写的。至于染色体特异性基因，我个人觉的，这条染色体上的基因，一般不会存在于其他染色体，也就是说，每个基因都是染色体特异性。

找到蛋白差异，如果能将该蛋白鉴定出来，那反向推测是哪个基因，那太容易了。即使没有人报道过的一个新蛋白，直接测序，然后反向推测出RNA序列，直接blast好了。当然比对蛋白的工具也多的是。如果都能知道是哪个基因引起的了，那要定位就非常容易了。
有些情况是不知道这种疾病是由什么基因，什么蛋白差异引起的。如果是遗传性的，那这时候就要做基因定位了，至于方法又非常多，网上随便查了一下：
有系谱分析法　　　非整倍体测交法　　四分体分析法　　　连锁群法　　　利用染色体易位的基因定位　　基因在染色体上的位置的测定　　　根据重组频率的基因定位　　　根据所测基因在某一已知染色体区段中是　　　　否存在的基因定位　　　根据并发事件的基因定位　　　根据基因行为的定位　　　测定绝对位置的基因定位　　基因精细结构分析　　　重组频率定位法　　　缺失定位法　 共转导定位法　　　体细胞重组定位法　　　基因转变的梯度定位法 。

如果想通用一点的做法，可以做全基因组测序（部分测序，或重测序），或者CGH基因芯片，都可以检测染色体上的差异，包括各种缺失，插入，重复，翻转，等等。再进一步去筛选即可。

不过你说的方向太大了，像个综述题，回答起来太累。