【求助】RNA两端是不是有一段“可变区”呢？？在这里可以设计引物吗？？

我现在要做一个有9个基因的基因家族的northern杂交，看一下这些基因的表达情况。需要设计cDNA的引物去P出一段500bp左右的片段来进行探针标记，但是这9个基因的同源性太高了，只能在cDNA序列的两端找到一些非保守的区域，但是实验室的一个师兄说，cDNA两端是不能设计引物的，因为RNA的两端是“可变区”在这些可变区设计引物，做PCR可能会出不来结果，就是说网上查到的RNA序列两端的几十个碱基是可以变化的，可变区是这个意思吗？？？

我没有看懂，自己理解了一下可能有以下几个意思请高手给解答一下，不胜感激！

1.RNA两端的几十个碱基是“可变区”，而可变区是可以改变的，网上查到的序列是不准的。
2.这个可变区是不是就是高度不保守的区域啊？在这里还想问一下，保守区，非保守区是什么水平上的呢？是几个基因之间的？还是物种之间的？还是同一个基因的某一个位置有没有变化的可能，也称为保守性呢？
3.看到RNA的可变剪接，我师兄说的可变区是不是这个意思呢？？

1.可变指二级或者三级结构的可变，一级结构的序列一般是没有什么变化的。

2.保守与否应该都是在二级或者三级结构上，转录为mRNA之时配对的变化情况。

3.总之，你要知道分子都是3D的，都是空间上活生生存在的，扭动一下小蛮腰或者美臀都可能导致结果（转录、表达）不同，但是原因（序列）一般是2D的，非活物，所以基本上不会有什么变化。

仅供参考，说错勿怪。

感谢LoftyMan战友，不过，保守的这里我还是有些不理解，您说的保守是二级、三级结构上的指的是仅对RNA吗？我们不是也常常进行多序列比对，找几条基因的同源性，如果几个基因在一个段位置上都没有碱基的变化，也就能说这一段位置上的序列是保守的（这个保守是针对基因的还是物种的呢？）是这个样子的吗？

遗传学我不懂，所以我不知道保守针对基因还是物种有什么区别，只是觉得不跟其他领域相联系来看的话，讨论物种似乎不妥。

另外我指的空间结构指所有分子，无论是核酸还是蛋白质。

可以在5‘UTR和3’UTR设计引物（我们当初设计siRNA的时候就是选择3‘UTR设计的，抑制效果很好，且特异性很高）。按照你师兄的意思，我猜测是不是说近末端的那几个碱基存在诸如修饰（包括加尾）、外切等现象（包括mRNA的组织特异性、细胞周期特异性以及发育阶段特异性加工）从而造成序列的“可变性”。你最好再好好问问他。

好像是这个意思呵呵，谢谢你。是不是我可以选择5'UTR和3'UTR设计探针，但是要避开最两端的一些碱基（避开多少个呢？）请问一般NCBI上发布的序列是包括修饰的那些碱基吗？？

公布的序列是修饰过的序列，避开100bp以上。