【求助】谁会看预测与基因调控相关miRNA分子的表--愿意1威望奖励
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谁会看预测与基因调控相关miRNA分子的表,文献说根据评分结果,我看不懂怎么按评分看,谢谢大家了:)
谢谢版主,帮我解答一下好么,谢谢拉:)
看起来与target scan里面的图类似,如果是target scan,评分的负值越大越好,自由能越高越好,由此看来,推荐楼主首选miR-145,其次是miR-425/489,miR-24, miR-133,到下面列出的几个数据库检索microRNA与你所要做的target
①Based on perfect base-paring in the seed region and sequence conservation: Target scan, PicTar, TargetRank
②Based on mRNA secondary structure and hybridization between microRNA: RNAhybrid, STarMir
③Additional information resources record experimentally validated microRNA targets:Tarbase
④Sequence annotation such as genomic organization,precursor sequences and literature citations:miRBase, miRGen, Argonaute,miRNAMap
不知楼主要做的是哪个物种?序列保守性越高固然越好,但是一定要看你要做的具体物种的miR和target 3‘UTR区域的互补性怎样。互补的碱基数量越多越好,8mer表示8个连续的碱基互补,比7mer的与target的结合效果好一些,另外在miR的3‘端可能有散在的碱基与target互补,如果有的话miR与target的结合会更好些。此外,miR与target的空间构象对二者的结合也很重要,推荐去RNAhybrid检测一下
①Based on perfect base-paring in the seed region and sequence conservation: Target scan, PicTar, TargetRank
②Based on mRNA secondary structure and hybridization between microRNA: RNAhybrid, STarMir
③Additional information resources record experimentally validated microRNA targets:Tarbase
④Sequence annotation such as genomic organization,precursor sequences and literature citations:miRBase, miRGen, Argonaute,miRNAMap
不知楼主要做的是哪个物种?序列保守性越高固然越好,但是一定要看你要做的具体物种的miR和target 3‘UTR区域的互补性怎样。互补的碱基数量越多越好,8mer表示8个连续的碱基互补,比7mer的与target的结合效果好一些,另外在miR的3‘端可能有散在的碱基与target互补,如果有的话miR与target的结合会更好些。此外,miR与target的空间构象对二者的结合也很重要,推荐去RNAhybrid检测一下
谢谢minicenter兄弟帮忙,与斑竹联系,转移威望给您,谢谢您了:)有问题还要继续向您请教:)
我做的就是人类基因:)
不懂,先学习下!
向楼上的学习了。O(∩_∩)O
学习了,准备做这方面的研究
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