【求助】DNA测序结果中见到剪切完好的mRNA序列,请教个高手可从那些方面解释这一现象
丁香园论坛
1700
如题,在测序结果中见到完好的剪切后的某癌基因的mRNA序列,但是在样品准备过程中早已排除了mRNA的污染,请问这种现象应该怎么解释呢,那剪切完好的mRNA又怎么会反转录并插入基因组序列中呢?比较困惑,请各位高手指点,这一现象是否正常,有谁见过类似的报道。
请问一下你是怎么排除了mRNA的污染?如果你的基因在你的肿瘤中处于高表达时,应该可能会出现这种情况。个人观点,希望大家支招!
这个基因确实过表达,但是我的DNA提取之后放置了很长时间,mRNA应该早就降解了呀。
并补充一下,我所做的肿瘤细胞中过表达的基因不只这一个,还有比他表达更高的基因但是只有这个基因看到了这种现象。希望高手们赶快帮忙支招啊,先谢过啦。
怎么没人呢??????
要想解决该问题,总共分三步:
第一步,打开电脑;
第二步,登陆百度;
第三步,输入“加工后假基因”。
第一步,打开电脑;
第二步,登陆百度;
第三步,输入“加工后假基因”。
mRNA的剪切过程发生在核外?应该是核内吧!
如果你确定你的 DNA提取样品 中mRNA已降解,是否可以考虑提取细胞或组织是被病毒感染的呢?病毒癌基因是没有内含子的
不确定mRNA降解的话,加点儿RNA酶消化下样品
如果你确定你的 DNA提取样品 中mRNA已降解,是否可以考虑提取细胞或组织是被病毒感染的呢?病毒癌基因是没有内含子的
不确定mRNA降解的话,加点儿RNA酶消化下样品
多谢各位高手,之前确实犯了个概念性的错误。
big-bang-0-0前辈,想必您在"加工后加基因”方面了解很多,想请教一下通过我看到的只是这个基因的CDS区怎么才能而没有看到3'和5'UTR序列,我怎么才能知道这段加基因是不是有功能呢?
呵呵,我对“加工假基因”只有概念上的一点了解。
你可以通过反向PCR、tail-PCR、质粒营救或筛库等方式获得这段mRNA编码区的侧翼序列,然后与已知的目的基因序列比对,看看有什么差别,一般来讲,假基因是不表达的,这往往与其启动子和(或)翻译有关的元件发生的loss-of-function突变有关。当然,也有个别假基因可以表达出蛋白质,但该蛋白的某个或某几个氨基酸发生了loss-of-function突变,且该突变对该蛋白的WT varient不具有dominant-negative效应。
你可以通过反向PCR、tail-PCR、质粒营救或筛库等方式获得这段mRNA编码区的侧翼序列,然后与已知的目的基因序列比对,看看有什么差别,一般来讲,假基因是不表达的,这往往与其启动子和(或)翻译有关的元件发生的loss-of-function突变有关。当然,也有个别假基因可以表达出蛋白质,但该蛋白的某个或某几个氨基酸发生了loss-of-function突变,且该突变对该蛋白的WT varient不具有dominant-negative效应。
多谢bigbang_0_0指点,真是受益匪浅啊
本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你,都可以成为师兄的好伙伴
师兄微信号:shixiongcoming