【讨论】惊奇的基因问题：不同小鼠种类基因组的差异如何

比如c57和balb/c这两种小鼠，一种是黑色一种是白色，除了控制他的毛发的基因不同外，他们的主要组织相容性抗原是不同的。

那除了这种类似的管家基因外，诱导表达的基因，比如说vegf tnf－a il-10 这类的基因相应的基因组序列（包括启动子区域）有什么不同么？
ncbi数据库只有c57小鼠的基因组，我如何寻找balb/c的基因组序列？？？？

很困惑。。。

ps：为了博得关注，有点标题党的味道。。。抱歉。。。

他们基因组的99.9%以上肯定都是相似的，不一样的地方固然有。
但没关系的，基本不太影响自己的实验。我用C57的芯片，杂交了balb/c的小鼠，表达率在58%以上，有一个原因就是探针一般都设计在保守区，所以基本上应该差不多。

如果你只针对某几个基因的实验，那你可以先下载这个基因的mouse,human, porcine,rat等的基因，进行clustal比对，选取最保守的区域设计引物，这个引物一般情况下，都能把你的balb/c小鼠扩增出来的。然后你测序即可知道这个基因与其他同物种不同品系到底有哪些差异。

你没把你的目的全部说出来，如果仅仅是想用real time知道他的基因表达，那用我刚刚说的方法设计引物扩增就完全就够了，如果你想了解他的SNP，那用以上方法也是可以的，扩增后再测序么，如果全球很多人在做这个，做完就提交给NCBI，那一个新的balb/c的全基因组就有了，哈哈。

如果你想知道外显子的差别，可以比较mRNA的保守区，提RNA，再逆转成cDNA再扩增。如果想知道内含子，那就拿基因组DNA去比较。

我克隆测序了，奇怪的是，测序出来的启动子区域（300bp左右，bsp）和ncbi的序列确实有差异，但是实验只要测定c57的就够了，酶有测balb/c的。

好多trick啊啊啊啊 基因组。。。。。。

我觉得很正常啊，小鼠的毛色就像人的肤色，不是也有不同肤色的人吗，对于主要组织相容性抗原，由于小鼠大多数近交繁殖出来的纯种小鼠，因此至少在同种之间是大致相同的，不同种属之间肯定不同，如果是人类而言的话，每个个体的主要组织相容性抗原都不一样，骨髓移植前就是要检测这个，没有两个没有血缘之间的人HLA相同的概率大概是十万分之一，但是你不能由此得出人与人之间基因组差异很大的结论，其实这些不同的基因标识只是个体识别的tag，可以保持物种的多样性，在生物进化中是必须的。
对于基因组中的其他分子，我觉得大部分肯定是相同的，就像楼上所说的不同的只有可能千分之一-万分之一左右，对于相同的一些细胞因子，比如VEGF，TNF等，我觉得序列应该是相同的，不同种属之间应该不会存在太大的差异。

C57BL6小鼠的基因型是 H-2K^b Babl/c的基因型是H-2K^d
请问昆明鼠的基因型是什么？谢谢啊！

别的基因基本是一样的。