敲除基因后的基因组与野生型基因组如何比对序列？

可以通过pcr鉴定的方式来确定。也可以用dna序列软件，进行测序结果与野生型序列进行比对，如果发生非3倍数的indel，则说明该细胞系在基因组水平上已经实现了敲除。

你用软件将测序结果与原始的genomic dna进行比对就可以，看缺了几个碱基，只要不是3的倍数就可以

敲除组野生型组和对照组的区别在于根据生存环境不同来做相应对照。一个是通过pcr鉴定的方式来确定，一个通过基因敲除的方法来定性的。