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【求助】microRNA实验中u6还是u6b做内参比较合适

丁香园论坛

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想请教一下在microRNA实验中u6还是u6b做内参比较合适?谢谢~
看过一些文献用的u6b,但试剂公司推荐u6~
看你是做的什么了?因为说实话,现在miRNA还没有一个比较合适的内参,但是你可以自己试一下到底那个好,也不用在乎那多的1000多了。
我做表达丰度差异,之前一直用u6b做内参,这次定试剂时听试剂公司说u6b逐渐要被淘汰,他们推荐u6,我查了下abi公司(Endogenous Controls for Real-Time Quantitation of miRNA Using TaqMan® MicroRNA Assays-sn/snoRNAs:
- Human: RNU48, RNU44, U47, RNU6B, or all four
- Mouse: snoRNA202, snoRNA234, or both
• miRNAs:
- Tissues: hsa-miR-26b, hsa-miR-92, hsa-miR-92N
- Cell lines: hsa-miR-423, hsa-miR- 374, hsa-miR-16
• Traditional TaqMan Assay controls:18S rRNAs),
里面只有u6b的数据没u6的,所以想问下前辈们。
俺是用的U6,这也是最近ABI改进的东西,既然改,应该有他的必要性吧。
zhujoker wrote:
俺是用的U6,这也是最近ABI改进的东西,既然改,应该有他的必要性吧。

我做的是甲壳纲的动物,不知道这个U6是参选什么物种的呢?NCBI上搜U6,出来的结果太多了。第一次做,没什么经验,希望可以和前辈们学习一下。
我是直接买的Taqman探针,所以没有去考虑设计以及搜索其他的,不过之前我是自己设计的,可以参照相应的文献(特别是IF高的)的引物设计,不过高分文章一般都是用Taqman探针了。所以你要在你的特异物种中设计,不需要和其他人相同,但是做出来效果好就可以了。
谢谢……………………………………………………
同意楼上观点
我在ABI公司的网站介绍RNU6B的缩写名称是U6,而且ABI公司的内参列表中也只有RNU6B,但是ABI英文网站上已经明确不再销售RNU6B。请问zhujoker,你讲的U6和RNU6B有区别吗,是不是同一个内参?
问过公司,U6B和U6是一样的
U6 1
能否有热心的园友发篇有关U6snRNA的文献,或者他的序列,在此深表感谢
不知道有人比较过骨髓中U6与U6B那个更适合做内参吗?

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师兄微信号:shixiongcoming

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