【求助】对基因芯片结果中的生物信号通路如何进行分析?
丁香园论坛
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大家好!想请教下关于基因芯片中生物信号通路的问题
我做了药物体外处理人肿瘤细胞后的全基因芯片分析,给出的分析结果关于影响细胞凋亡的生物信号通路有很多,比如cellcyclePathway、deathPathway、caspasePathway等通路与control组比较有显著的下调趋势,p53hypoxiaPathway通路上调趋势(P<0.05),这样的结果该怎么解释,是好还是坏,该怎么用以上结果评价药物对肿瘤的作用。
本人不是生化专业的,还请多多指教,或者我该查什么方面的资料,您如果有相关的资料能否介绍下。
我做了药物体外处理人肿瘤细胞后的全基因芯片分析,给出的分析结果关于影响细胞凋亡的生物信号通路有很多,比如cellcyclePathway、deathPathway、caspasePathway等通路与control组比较有显著的下调趋势,p53hypoxiaPathway通路上调趋势(P<0.05),这样的结果该怎么解释,是好还是坏,该怎么用以上结果评价药物对肿瘤的作用。
本人不是生化专业的,还请多多指教,或者我该查什么方面的资料,您如果有相关的资料能否介绍下。
分析出变化基因所在pathway 的富集程度、基因按照功能分类的富集度、基因功能分类、是否存在共表达的基因、是否可能受到microRNA 的调控等等,然后在重点研究以上批处理结果中最感兴趣的部分
个人意见仅供参考。基因芯片结果只是给你提供一个大体的研究方向,可能激活何种信号通路,以及你需要重点研究什么,找到自己的重点研究方向后,还得需要对该结果进行进一步验证。可以采用real time PCR 和western blotting从转录和翻译水平证实该结果的可靠性,其后得设计精细思路证明通路中互相作用效果(应用适当模式生物),其中你还需要一定的运气,A-B-C,BCD,等等。。。。。。。
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