【求助】E.coli修复DSB损伤与真核DSB方式有何不同？
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E.coli修复DSB损伤与真核DSB方式比较？？
版主freecell留言:
提问的时候，要在标题说清楚问题。
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DNA 双链断裂（DNA double-strand break, DSB）
发生双链断裂的染色质部位被泛素化修饰后能够招募修复蛋白质到该部位对DNA损伤进行修复。
DNA损伤反应信号网络（DNA-damage response (DDR) signalling network）可以依DNA损伤的不同而介导不同的修复机制发挥作用，激活细胞周期检查点或者诱导细胞凋亡。DNA 双链断裂（DNA double-strand break, DSB）能够募集DDR蛋白质到断裂部位周围，组装成高度有序的、动态的复合体进行修复。适配体蛋白（Adaptor protein）对于这种蛋白复合体的正确组装起到了至关重要的作用。该蛋白复合体的组装过程是依靠级联式的下游DDR蛋白磷酸化过程完成的。由Huen小组、Mailand小组和 Kolas小组分别发表的3篇论文指出，DSB部位周围染色质的泛素化作用也参与了DDR的修复过程。
一旦细胞检测到出现DNA双链断裂，在断裂处周围的组蛋白 H2A突变体H2AX就会发生磷酸化，形成γH2AX。然后MDC1这一适配体蛋白就会直接与γH2AX结合, 这一步骤是细胞进行修复的关键步骤，因为它是后续结合其它适配体蛋白（例如NBS1、53BP1和 BRCA1）的基础。在上述三篇论文中都将RNF8这个包含环指结构的核因子家族（RING-finger-containing nuclear factor family）成员确认为是DDR蛋白，它与γH2AX和MDC1一起发挥作用，应对细胞内出现的DSB。RNF8 包含一个 FHA 结构域，该结构域能和磷酸基苏氨酸（phospho-Thr）结合；RNF8的环指结构（RING finger）能与E3泛素连接酶作用。RNF8通过FHA结构域与 MDC1结合，不过这种结合作用依赖于MDC1的磷酸化作用。三个研究小组都一致发现在细胞发生DNA双链断裂现象时MDC1 会磷酸化，并对此做出应答。Kolas等人研究发现毛细血管扩张性共济失调突变蛋白激酶 （ataxia-telangiectasia mutated, ATM; 一种DDR激酶） 也会发挥作用。
那么RNF8的作用到底是什么呢? 使用siRNA技术敲除掉细胞内的RNF8基因，发现RNF8对于53BP1和 BRCA1的累计作用是必须的，也是DSB部位周围泛素链接所必须的。Mailand 小组则证实蛋白复合体组装过程由两个阶段组成，先是MDC1、RNF8和NBS1结合，再加上53BP1和BRCA1。Mailand小组还证明了泛素化作用也是晚期适配体蛋白积累所必须的。上述三个研究小组都发现RNF8（尤其是其环指结构）对于DSB诱导的泛素化过程来说是必须的，即依赖RNF8蛋白的泛素化过程是晚期适配体蛋白累积的关键。Kolas小组和Huen 小组也都发现E2泛素化酶UBC13对于晚期适配体蛋白累积过程同样重要。接下来，Mailand等人研究发现RNF8泛素化修饰了组蛋白H2A。Huen等人则发现RNF8-UBC13 泛素化修饰了H2AX。这种泛素化修饰对于直接招募DDR蛋白质是否是必须的或者这种泛素化修饰是否起到了修饰染色质微环境的作用（间接招募DDR蛋白质）还有待进一步研究。不过，上面三组研究小组都发现缺乏RNF8蛋白质的细胞对电离辐射（ionizing radiation）都非常敏感，同时 Huen小组和 Kolas小组还发现RNF8分子对于DSB诱导的细胞停滞在G2-M检查点也是必须的。（尽管Mailand小组没有发现这一点。）
综上所述，我们可以得出结论，RNF8不仅是DDR网络中的真正一员，更是我们了解细胞应对DNA双链断裂事件早期是如何进行逐级反应的关键。就好像磷酸化、泛素化也与其它的DDR事件有关一样，它们也会与其它的DNA损伤修复过程有关。
http://www.lifeomics.com/?p=19781
发生双链断裂的染色质部位被泛素化修饰后能够招募修复蛋白质到该部位对DNA损伤进行修复。
DNA损伤反应信号网络（DNA-damage response (DDR) signalling network）可以依DNA损伤的不同而介导不同的修复机制发挥作用，激活细胞周期检查点或者诱导细胞凋亡。DNA 双链断裂（DNA double-strand break, DSB）能够募集DDR蛋白质到断裂部位周围，组装成高度有序的、动态的复合体进行修复。适配体蛋白（Adaptor protein）对于这种蛋白复合体的正确组装起到了至关重要的作用。该蛋白复合体的组装过程是依靠级联式的下游DDR蛋白磷酸化过程完成的。由Huen小组、Mailand小组和 Kolas小组分别发表的3篇论文指出，DSB部位周围染色质的泛素化作用也参与了DDR的修复过程。
一旦细胞检测到出现DNA双链断裂，在断裂处周围的组蛋白 H2A突变体H2AX就会发生磷酸化，形成γH2AX。然后MDC1这一适配体蛋白就会直接与γH2AX结合, 这一步骤是细胞进行修复的关键步骤，因为它是后续结合其它适配体蛋白（例如NBS1、53BP1和 BRCA1）的基础。在上述三篇论文中都将RNF8这个包含环指结构的核因子家族（RING-finger-containing nuclear factor family）成员确认为是DDR蛋白，它与γH2AX和MDC1一起发挥作用，应对细胞内出现的DSB。RNF8 包含一个 FHA 结构域，该结构域能和磷酸基苏氨酸（phospho-Thr）结合；RNF8的环指结构（RING finger）能与E3泛素连接酶作用。RNF8通过FHA结构域与 MDC1结合，不过这种结合作用依赖于MDC1的磷酸化作用。三个研究小组都一致发现在细胞发生DNA双链断裂现象时MDC1 会磷酸化，并对此做出应答。Kolas等人研究发现毛细血管扩张性共济失调突变蛋白激酶 （ataxia-telangiectasia mutated, ATM; 一种DDR激酶） 也会发挥作用。
那么RNF8的作用到底是什么呢? 使用siRNA技术敲除掉细胞内的RNF8基因，发现RNF8对于53BP1和 BRCA1的累计作用是必须的，也是DSB部位周围泛素链接所必须的。Mailand 小组则证实蛋白复合体组装过程由两个阶段组成，先是MDC1、RNF8和NBS1结合，再加上53BP1和BRCA1。Mailand小组还证明了泛素化作用也是晚期适配体蛋白积累所必须的。上述三个研究小组都发现RNF8（尤其是其环指结构）对于DSB诱导的泛素化过程来说是必须的，即依赖RNF8蛋白的泛素化过程是晚期适配体蛋白累积的关键。Kolas小组和Huen 小组也都发现E2泛素化酶UBC13对于晚期适配体蛋白累积过程同样重要。接下来，Mailand等人研究发现RNF8泛素化修饰了组蛋白H2A。Huen等人则发现RNF8-UBC13 泛素化修饰了H2AX。这种泛素化修饰对于直接招募DDR蛋白质是否是必须的或者这种泛素化修饰是否起到了修饰染色质微环境的作用（间接招募DDR蛋白质）还有待进一步研究。不过，上面三组研究小组都发现缺乏RNF8蛋白质的细胞对电离辐射（ionizing radiation）都非常敏感，同时 Huen小组和 Kolas小组还发现RNF8分子对于DSB诱导的细胞停滞在G2-M检查点也是必须的。（尽管Mailand小组没有发现这一点。）
综上所述，我们可以得出结论，RNF8不仅是DDR网络中的真正一员，更是我们了解细胞应对DNA双链断裂事件早期是如何进行逐级反应的关键。就好像磷酸化、泛素化也与其它的DDR事件有关一样，它们也会与其它的DNA损伤修复过程有关。
http://www.lifeomics.com/?p=19781
版主freecell留言:
代表楼主感谢您的回帖！但是貌似还是不解此问：E.coli修复DSB损伤与真核DSB方式有何不同？
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谢谢啦
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