【求助】关于鉴定基因isoform问题
丁香园论坛
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我现在有个问题求助各位大侠:我想检测一个不太成熟的基因在不同组织的isoform,可是不知道采用什么方法呀?生物信息学方法能为我们提供什么帮助呢?
这个基因的其他物种的基因组序列尚未完全标注。
还有就是请问各位大侠,EST数据库应该如何用呢?
问题比较多,谢啦!
这个基因的其他物种的基因组序列尚未完全标注。
还有就是请问各位大侠,EST数据库应该如何用呢?
问题比较多,谢啦!
请各位大侠指点迷津,我的Email:hollyzyl@126.com
请问楼上的你所谓的“一个不太成熟的基因”到底其研究到达何种水平,其基因序列全部测出来了吗?还是有几种isoform没有搞清楚啊?其异构体的差异又在哪里没有清楚?还有就是你说的“这个基因的其他物种的基因组序列尚未完全标注”,到底他们之间有没有物种保守性呢?有的话就好办很多。
关于如何使用“EST数据库”,给你几篇中文的文献介绍,你自己看看就清楚很多了。
1、表达序列标签技术及其应用
2.三七根差异基因表达序列标签生物信息学分析
3.表达序列标签(EST)的研究现状
4.http://www.bbioo.com/bio101/2007/20990.htm
关于如何使用“EST数据库”,给你几篇中文的文献介绍,你自己看看就清楚很多了。
1、表达序列标签技术及其应用
2.三七根差异基因表达序列标签生物信息学分析
3.表达序列标签(EST)的研究现状
4.http://www.bbioo.com/bio101/2007/20990.htm
To zhujoker:非常感谢,人类的基因序列和其中一种异构体蛋白序列已经完成,至于有没有isoform和几种isoform都不知道;小鼠的DNA是知道的,但是在ncbi中显示小鼠的mRNA序列尚未完全标注,其他的物种DNA都没有测完,从DNA及ensembl预测的mRNA序列来看是比较保守的
但是作为最好转录出来的mRNA,既然他们为soform,那么他们的序列就有很多相似之处吧,既然有很多相似之处,你可以在确定的序列上通过上游或者下游苗式PCR扩增出序列,然后不是就可以测序鉴别了吗?
个人推理哈,你还需好好考虑!
个人推理哈,你还需好好考虑!
我也想顺便问一下,我现在做的基因,文献上说有4种isoform,可是我怎么在NCBI上只找到一种mRNA呢,我现在不知道我应该扩哪个isoform做我下面的载体构建了,谢谢
我想再补充一下我的问题,这4种亚型的表观分子量知道,但是真的找不到它的具体序列啊
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