【求助】MiRNA芯片threshold value如何确定?
丁香园论坛
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最近MiRNA芯片检测已经结束,公司根据“The threshold value we used to screen Up and Down regulated miRNAs is Fold Change>=1.3 and Fold Change<=0.77”来确定差异表达microRNA。
在我印象中,以前mRNA芯片一般选择>2.0或<0.5,不知道micro芯片如何确定threshold value ?
之前读过一篇文献,其中有“list of deregulated miRNAs at >1-fold in human ovarian cancer versus normal ovary”,是不是说达到1倍以上都可以定义为芯片意义上的差异?
请高手指点。
在我印象中,以前mRNA芯片一般选择>2.0或<0.5,不知道micro芯片如何确定threshold value ?
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http://www.oceanridgebio.com/Miller_Keystone_2009.pdf
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其实最主要的芯片只是一个参考,做芯片最主要的目的是便于筛选可能有意义的miRNA。其实你所谓的threshold value是针对你的芯片而言的。一般来说大于1.5倍可以列入有意义的值。有的文献设置的底线是1.3倍,而有的高达10倍。所以其实设置的值关键在于你的芯片的情况了。因为芯片只是方便可能有意义的筛选,为你的课题提供方便以及更深层次机制研究。因为我认为这些结果需要进一步在细胞水平的real-time上进一步证实,当然你是大批量的病人组织又另当别论了。但是大批量的话我想只要有重复性,1.3倍又何尝不可以呢?
个人观点,仅供参考!因为我只是针对所看文献泛泛而谈,具体值还需要结合你的芯片进一步分析!
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miRNA芯片分析northern验证的选取标准一般为信号值>2000,log值〉0.58,p值<0.1
和你的具体数据有关,一般大家喜欢用大于2或者小于0.5,但是如果你的数据没有大于2或者小于0.5的,怎么办?呵呵当然放宽条件了。我做的一次,公司筛选时定在了1.4倍,就这个原因。如果差异大于2倍的太多,也许条件要再收紧一些。毕竟有500个差异的话(当然小鼠的一共也就这点),你也分析不过来啊!总要挑最明显的。所以一句话,标准是人定的
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