分享：PCR 引物设计及软件使用技巧

PCR 引物设计及软件使用技巧
张新宇，朱有康，高燕宁
（中国协和医科大学中国医学科学院肿瘤研究所，北京100021）
摘要：本文旨在介绍使用软件设计PCR 引物的技巧。在PCR 引物设计原则的基础上，详
细介绍了两种常用引物设计软件的基本使用方法，并对其各自的优缺点进行了比较。一般性
引物自动搜索可采用“Premier Primer 5”软件，而引物的评价分析则可采用“Oligo 6”软件。
关键词：PCR；引物设计
中图分类号：Q524 文献标识码： 文章编号：
1
自从1985 年Karny Mullis 发明了聚合酶链式反应以来，PCR 技术已成为分子生物学研
究中使用最多、最广泛的手段之一[1]，而引物设计是PCR 技术中至关重要的一环。使用不
合适的PCR 引物容易导致实验失败：表现为扩增出目的带之外的多条带（如形成引物二聚
体带），不出带或出带很弱，等等。
现在PCR 引物设计大都通过计算机软件进行。可以直接提交模板序列到特定网页，得
到设计好的引物，也可以在本地计算机上运行引物设计专业软件。一般来说，专门进行PCR
引物设计的专业软件功能更为强大，但使用起来却不太容易。本文将就引物设计原则及软件
使用问题进行探讨。
引物设计的原则
引物设计有3 条基本原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避
免形成稳定的二聚体或发夹结构，再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA 聚合反应(即
错配)。
具体实现这3 条基本原则需要考虑到诸多因素，如引物长度（primer length），产物长度
（product length），序列Tm 值(melting temperature)，引物与模板形成双链的内部稳定性
(internal stability, 用∆G 值反映)，形成引物二聚体(primer dimer)及发夹结构（duplex
formation and hairpin）的能值，在错配位点（false priming site）的引发效率，引物及产物的
GC 含量（composition），等等。必要时还需对引物进行修饰，如增加限制性内切酶位点，
引进突变等。根据有关参考资料和笔者在实践中的总结，引物设计应注意如下要点：
1. 引物的长度一般为15-30 bp，常用的是18-27 bp，但不应大于38，因为过长会导致其延
伸温度大于74℃，不适于Taq DNA 聚合酶进行反应[2]。
2. 引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导
致错配。引物3’端出现3 个以上的连续碱基，如GGG 或CCC，也会使错误引发机率增
加[2]。
3. 引物3’端的末位碱基对Taq 酶的DNA 合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配
位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A 的错配效率明显高于其他3 个碱基，因此应
当避免在引物的3’端使用碱基A[3][4]。另外，引物二聚体或发夹结构也可能导致PCR 反
应失败。5’端序列对PCR 影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物[2]。
4. 引物序列的GC 含量一般为40-60%，过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC
含量不能相差太大[2][5]。
5. 引物所对应模板位置序列的Tm 值在72℃左右可使复性条件最佳。Tm 值的计算有多种
方法，如按公式Tm＝4(G+C)＋2(A+T)，在Oligo 软件中使用的是最邻近法(the nearest
neighbor method) [6][7]。
6. ∆G 值是指DNA 双链形成所需的自由能，该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定
性。应当选用3’端∆G 值较低（绝对值不超过9），而5’端和中间∆G 值相对较高的引
物。引物的3’端的∆G 值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA 聚合反应[6]。
7. 引物二聚体及发夹结构的能值过高（超过4.5kcal/mol）易导致产生引物二聚体带，并且
降低引物有效浓度而使PCR 反应不能正常进行[8]。
8. 对引物的修饰一般是在5’端增加酶切位点，应根据下一步实验中要插入PCR 产物的载
体的相应序列而确定。
值得一提的是，各种模板的引物设计难度不一。有的模板本身条件比较困难，例如GC
2
含量偏高或偏低，导致找不到各种指标都十分合适的引物；在用作克隆目的的PCR 因为产
物序列相对固定，引物设计的选择自由度较低。在这种情况只能退而求其次，尽量去满足条
件。
引物的自动搜索和评价分析
软件的引物设计功能主要体现在两个方面：首先是引物分析评价功能，该功能只有少数
商业版软件能够做到，其中以“Oligo 6”最优秀；其次是引物的自动搜索功能，各种软件在
这方面的侧重点不同，因此自动搜索的结果也不尽相同。据笔者的经验，自动搜索功能以
“Premier Primer”为最强且方便使用，“Oligo 6”其次，其他软件如“Vector NTI Suit”、
“Dnasis”、“Omiga”和“Dnastar”都带有引物自动搜索功能，但搜索结果不是十分理想。
要想得到效果很好的引物，在自动搜索的基础上还要辅以人工分析。笔者认为引物设计软件
的最佳搭配是“Oligo”和“Premier”软件合并使用，以“Premier”进行自动搜索，“Oligo”
进行分析评价，如此可快速设计出成功率很高的引物。
Primer Premier 5.0 的使用技巧简介
1. 功能
“Premier”的主要功能分四大块，其中有三种功能比较常用，即引物设计( )、
限制性内切酶位点分析( )和DNA 基元(motif)查找( )。“Premier”还具有同源
性分析功能（ ），但并非其特长，在此略过。此外，该软件还有一些特殊功能，其中
最重要的是设计简并引物，另外还有序列“朗读”、DNA 与蛋白序列的互换（ ）、
语音提示键盘输入（ ）等等。
有时需要根据一段氨基酸序列反推到DNA 来设计引物，由于大多数氨基酸（20 种常见
结构氨基酸中的18 种）的遗传密码不只一种，因此，由氨基酸序列反推DNA 序列时，会
遇到部分碱基的不确定性。这样设计并合成的引物实际上是多个序列的混和物，它们的序列
组成大部分相同，但在某些位点有所变化，称之为简并引物。遗传密码规则因物种或细胞亚
结构的不同而异，比如在线粒体内的遗传密码与细胞核是不一样的。“Premier”可以针对模
板DNA 的来源以相应的遗传密码规则转换DNA 和氨基酸序列。软件共给出八种生物亚结
构的不同遗传密码规则供用户选择，有纤毛虫大核（Ciliate Macronuclear）、无脊椎动物线粒
体（Invertebrate Mitochondrion）、支原体（Mycoplasma）、植物线粒体（Plant Mitochondrion）、
原生动物线粒体（Protozoan Mitochondrion）、一般标准（Standard）、脊椎动物线粒体（Vertebrate
Mitochondrion）和酵母线粒体（Yeast Mitochondrion）。
2. 使用步骤及技巧
“Premier”软件启动界面如下：
3
其主要功能在主界面上一目了然（按钮功能如上述）。限制性酶切点分析及基元查找功
能比较简单，点击该功能按钮后，选择相应的限制性内切酶或基元（如-10 序列，-35 序列
等），按确定即可。常见的限制性内切酶和基元一般都可以找到。你还可以编辑或者添加新
限制性内切酶或基元。
进行引物设计时，点击按钮，界面如下：
进一步点击按钮，出现“search criteria”窗口，有多种参数可以调整。搜索目
的（Seach For）有三种选项，PCR 引物（PCR Primers），测序引物（Sequencing Primers），
杂交探针（Hybridization Probes）。搜索类型(Search Type)可选择分别或同时查找上、下游引
物（Sense/Anti-sense Primer，或Both），或者成对查找（Pairs），或者分别以适合上、下游
引物为主（Compatible with Sense/Anti-sense Primer）。另外还可改变选择区域（Search
Ranges），引物长度（Primer Length），选择方式（Search Mode），参数选择（Search Parameters）
4
等等。使用者可根据自己的需要设定各项参数。如果没有特殊要求，建议使用默认设置。然
后按，随之出现的Search Progress 窗口中显示Search Completed 时，再按，
这时搜索结果以表格的形式出现，有三种显示方式，上游引物（Sense），下游引物
(Anti-sense)，成对显示(Pairs)。默认显示为成对方式，并按优劣次序（Rating）排列，满分
为100，即各指标基本都能达标（如下图）。
点击其中一对引物，如第1#引物，并把上述窗口挪开或退出，显示“Peimer Premier”
主窗口，如图所示：
该图分三部分，最上面是图示PCR 模板及产物位置，中间是所选的上下游引物的一些
5
性质，最下面是四种重要指标的分析，包括发夹结构（Hairpin），二聚体（Dimer），错误引
发情况（False Priming），及上下游引物之间二聚体形成情况（Cross Dimer）。当所分析的引
物有这四种结构的形成可能时，按钮由变成，点击该按钮，在左下角的
窗口中就会出现该结构的形成情况。一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构，因此最
好的情况是最下面的分析栏没有，只有。值得注意的是中间一栏的末尾
给出该引物的最佳退火温度，可参考应用。
在需要对引物进行修饰编辑时，如在5’端加入酶切位点，可点击，然后修改
引物序列。若要回到搜索结果中，则点击按钮。
如果要设计简并引物，只需根据源氨基酸序列的物种来源选择前述的八种遗传密码规
则，反推至DNA 序列即可。对简并引物的分析不需像一般引物那样严格。
总之，“Premier”有优秀的引物自动搜索功能，同时可进行部分指标的分析，而且容易
使用，是一个相当不错的软件。
Oligo 6.22 使用技巧简介
1. 功能
在专门的引物设计软件中，“Oligo”是最著名的。它的使用并不十分复杂，但初学者容
易被其复杂的图表吓倒。Oligo 5.0 的初始界面是两个图：Tm 图和ΔG 图；Oligo 6.22 的界
面更复杂，出现三个图，加了个Frq 图。“Oligo”的功能比“Premier”还要单一，就是引物
设计。但它的引物分析功能如此强大以至于能风靡全世界。
2. 使用（以Oligo 6.22 为例）
Oligo 6.22 的启动界面如下：
图中显示的三个指标分别为Tm、ΔG 和Frq，其中Frq 是6.22 版本的新功能，为邻近6
至7 个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。该频率高则可增加错误引发
6
的可能性。因为分析要涉及多个指标，起动窗口的cascade 排列方式不太方便，可从windows
菜单改为tili 方式。如果觉得太拥挤，可去掉一个指标，如Frq，这样界面的结构同于Oligo
5.0，只是显示更清楚了。
经过Windows/Tili 项后的显示如图：
在设计时，可依据图上三种指标的信息选取序列，如果觉得合适，可点击Tm 图块上左
下角的Upper 按钮，选好上游引物，此时该按钮变成，表示上游引物已选
取好。下游引物的选取步骤基本同上，只是按钮变成Lower。∆G 值反映了序列与模板的结
合强度，最好引物的∆G 值在5’端和中间值比较高，而在3’端相对低（如图：）
Tm 值曲线以选取72℃附近为佳，5’到3’的下降形状也有利于引物引发聚合反应。Frq 曲线
为“Oligo 6”新引进的一个指标，揭示了序列片段存在的重复机率大小。选取引物时，宜选
用3’端Frq 值相对较低的片段。
当上下游引物全选好以后，需要对引物进行评价并根据评价对引物进行修改。首先检查
引物二聚体尤其是3’端二聚体形成的可能性。需要注意的是，引物二聚体有可能是上游或
下游引物自身形成，也有可能是在上下游引物之间形成（cross dimer）。二聚体形成的能值
越高，越不符合要求。一般的检测（非克隆）性PCR，对引物位置、产物大小要求较低，
因而应尽可能选取不形成二聚体或其能值较低的引物。第二项检查是发夹结构（hairpin）；
与二聚体相同，发夹结构的能值越低越好。一般来说，这两项结构的能值以不超过4.5 为好。
当然，在设计克隆目的的PCR 引物时，引物两端一般都添加酶切位点，必然存在发夹结构，
而且能值不会太低。这种PCR 需要通过灵活调控退火温度以达到最好效果，对引物的发夹
结构的检测就不应要求太高。第三项检查为GC 含量，以45-55％为宜。有一些模板本身的
GC 含量偏低或偏高，导致引物的GC 含量不能被控制在上述范围内，这时应尽量使上下游
引物的GC 含量以及Tm 值保持接近，以有利于退火温度的选择。如果PCR 的模板不是基
因组DNA，而是一个特定模板序列，那么最好还进行False priming site 的检测。这项检查
可以看出引物在非目的位点引发PCR 反应的可能性。如果引物在错配位点的引发效率比较
高，就可能出假阳性的PCR 结果。一般在错配引发效率以不超过100 为好，但对于特定的
7
8
模板序列，还应结合比较其在正确位点的引发效率。如果两者相差很大，比如在正确位点的
引发效率为450 以上，而在错误位点的引发效率为130，那么这对引物也是可以接受的。
当我们结束以上四项检测，按Alt+P 键弹出PCR 窗口，其中总结性地显示该引物的位
置、产物大小、Tm 值等参数，最有用的是还给出了推荐的最佳退火温度和简单的评价。
由于“Oligo”软件的引物自动搜索功能与“Primer Premier 5”的相类似，并且似乎并
不比后者更好用，在此不再赘述。其实，使用软件自动搜索引物就是让计算机按照人的要求
去寻找最佳引物，如果参数设置得当将大大提高工作效率。
除了本地引物设计软件之外，现在还有一些网上引物设计软件，如由Whitehead Institute
开发的“Primer 3”等（本网站http://210.72.11.60 /已引进并调试好该软件，欢迎使用）。该
软件的独特之处在于，对全基因组PCR 的引物设计；可以将设计好的引物对后台核酸数据
库进行比对，发现并排除可引发错配的引物。因此建议经常做全基因组PCR 的用户试用。
参考文献（References）：
[1] H.A.艾得希主编,田丁等译. PCR 技术——DNA扩增的原理与应用. 北京:北京医科大学中国协
和医科大学联合出版社,1991.
[2] 林万明著. PCR 技术操作与应用指南. 北京:人民军医出版社,1993.
[3] 朱平主编. PCR 基因扩增实验操作手册. 北京: 中国科学技术出版社, 1992
[4] 郑仲承. 寡核苷酸的优化设计，生命的化学, 2001,21(3):254-256.
[5] George H.Keller Mark M.Manak. DNA probes. 1992.
[6] Oligo 软件帮助文件(Oligo.HLP).
[7] Martin, F.H., Castro, M.M., and Tinoco, Jr. I. Base pairing involving deoxyinisine, implications for
probe design. Nucleic Acids Res, 1985, 13: 8927-8938.
[8] Rychlik, W. and Rhoads, R.E. A computer program for choosing optimal oligonucleotides for filter
hybridization, sequencing and in vitro amplification of DNA. Nucleic Acids Res, 1989,17:
8543-8551.