RFLP-PCR简介

概述

CAPs（cleaved amplification polymorphism sequence-tagged sites）CAPs技术又称为PCR-RFLP，限制性片段长度多态性聚合酶链反应（PCR-RFLP）技术。是用特异设计的PCR引物扩增目标材料时，由于特定位点的碱基突变、插入或缺失数很少，以至无多态出现，往往需要对相应PCR扩增片段进行酶切处理，以检测其多态性。CAPs标记在二倍体植物研究中可发挥巨大的作用，是PCR标记的有力补充。但在多倍体植物中的应用有一定的局限性。另外，CAPs标记需使用内切酶，这又增加了研究成本，限制了该技术的广泛应用。

原理

PCR-RFLP的基本原理是用PCR扩增目的DNA，扩增产物再用特异性内切酶消化切割成不同大小片段，直接在凝胶电泳上分辨。不同等位基因的限制性酶切位点分布不同，产生不同长度的DNA片段条带。此项技术大大提高了目的DNA的含量和相对特异性，而且方法简便，分型时间短。

基本流程

1. 根据基因名称查询序列，设计引物。

2. 提取基因组DNA。

3. PCR扩增。

4. 产物酶切，凝胶电泳。

优点

这种方法与RFLP相比，不同的是以扩增替代了酶切， 避免了RFLP繁琐的DNA酶切、转移、杂交等步骤。