RNA甲醛变性胶电泳

提取样品的总RNA后，一般根据RNA的凝胶电泳图来判断RNA的质量。由于RNA容易形成二级结构，因此常用甲醛变性胶来进行RNA电泳，得到的电泳图能真实反映RNA的质量状况。

一、试剂：

DEPC（Sigma公司产品），MOPs（Bocherigmer公司产品），甲酰胺（Formamide，Sigma公司产品），溴酚蓝（Bromphenol Blue，Sigma公司产品）。EDTA-Na2，氢氧化钠，醋酸钠，甲醛，甘油，分析纯，国产。

二、试剂配制：

1、DEPC 水的处理：用量筒量取去离子水2L，在通风橱中，加入2ml DEPC到2升去离子水中，终浓度为0.1%的DEPC。迅速盖上盖子，混匀，然后放在摇床中中速摇荡至少4hr，再高压灭菌。灭菌时将瓶盖松开，15磅灭菌20min。

2、10 × FA Buffer（formaldehyde agarose buffer：200 mM的MOPs，50 mM的NaAc，10 mM的EDTA）：配制500ml，称取3.4g NaAC•3H2O放入1000ml烧杯中，加入400ml DEPC 处理过的去离子水，加入搅拌子，放在磁力搅拌器上溶解。然后加入20.9g MOPs，放在磁力搅拌器上溶解。再加1.86g EDTA二水二钠，放在磁力搅拌器上溶解。用1M灭过菌的NaOH 调PH至7.0（约用NaOH 40ml），用DEPC 处理过的去离子水定容至500ml，装入棕色瓶中，写好标签，室温避光保存。

4、5 × 甲醛变性胶加样缓冲液（5×loading buffer）： 配制10ml。预先配制水饱和的溴酚蓝溶液：在1.5ml 离心管中加入约0.1mg溴酚蓝，加入1ml DEPC水溶解，充分振荡溶解，离心，可见离心管底部有溴酚蓝粉末剩余，上层液体即水饱和的溴酚蓝液。在15ml灭菌离心管中，依次加入以下各种成分：

4.0ml 10 × FA buffer

3.1ml 甲酰胺
2.0ml 100%的甘油
720ul 37%的甲醛
80ul0.5M的 EDTA （PH 8.0）
16ul 水饱和的溴酚蓝
100ul DEPC水
混匀，分装，-20℃保存，常用放4℃保存。

5、1×甲醛变性胶电泳缓冲液（1×running buffer）：20 ml 10×FA gel buffer，4.0 ml 37%的甲醛，176 ml水，放入电泳槽中使用，一般在3次电泳结束后需更换此电泳缓冲液。

6、1.2%的甲醛变性胶：称0.4克琼脂糖，加入3.34 ml 10×FA gel buffer，加入30 ml DEPC水，微波炉融化，肉眼观察无颗粒状悬浮物。冷却至约50-60℃，再加入600 l甲醛，倒入7.5×5.0 cm的凝胶模具中。插入合适长度和宽度的梳子，室温放置约30min后即可使用。

三、实验方法

一般取0.3 g的总RNA，加入1/5体积的5×加样缓冲液，65℃加热5 min，冰上骤冷，以消除RNA的二级结构。建议上样前在RNA样品中加入0.5-1.0 ul的溴化乙锭（EtBr，浓度1.0 mg/mL），而不在胶中加EtBr，这样电泳后的背景较低。配好的1.2%的甲醛变性胶先在1×甲醛变性胶电泳缓冲液中预电泳15min。RNA样品在5-10 V/cm的电压降下电泳30min。图1是我们实验室用以上方法检测酵母总RNA的电泳图。

图1 酵母total RNA的甲醛变性胶电泳。1，酵母total RNA（0.3 g）；2，酵母total RNA（0.5 g）；3，RNA Marker（0.2 g）。RNA的质量判断标准是有清晰的26S，18S条带，无降解，且肉眼观察26S条带亮度约是18S的1-2倍。