荧光探针与荧光染料

1．TaqMan 探针

TaqMan 探针是一种寡核苷酸探针，荧光基团连接在探针的 5’ 末端， 而淬灭剂则在 3’ 末端。当探针与靶序列配对时，荧光基团发射的荧光因与 3’ 端的淬灭剂接近而被淬灭。在进行延伸反应时， 聚合酶 的 5’ 外切酶活性将探针切断， 使得荧光基团与淬灭剂分离，发射荧光。一分子的产物生成就伴随着一分子的荧光信号的产生。随着扩增循环数的增加，释放出来的荧光基团不断积累。因此Taqman探针检测的是积累荧光。常用的荧光基团是FAM，TET，VIC，HEX。

2．分子信标（molecular beacon）

分子信标是一种呈发夹结构的茎环双标记寡 核苷酸 探针，两端的核酸序列互补配对，因此标记在一端的荧光基团与标记在另一端的淬灭基团紧紧靠近。荧光基团被激发后产生的光子被淬灭剂淬灭，由荧光基团产生的能量以红外而不是可见光形式释放出来。

分子信标的茎环结构中，环一般为15-30 个 核苷酸 长，并与目标序列互补；茎一般5-7 个核苷酸长，并相互配对形成茎的结构。荧光基团标记在探针的一端，而 淬灭剂 则标记在另一端。在复性温度下，因为模板不存在时形成茎环结构，当加热变性会互补配对的茎环双链解开，如果有模板存在环序列将与模板配对。与模板配对后，分子信标将成链状而非发夹状，使得荧光基团与 淬灭剂 分开。当荧光基团被激发时，因淬灭作用被解除，发出激发光子。由于是酶切作用的存在，分子信标也是积累荧光。常用的荧光基团：FAM ，Texas Red 。