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RT-PCR引物的选择

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随机引物

适用于长的或具有发卡结构的RNA.适用于rRNA、mRNA、tRNA 等所有RNA的反转录反应。主要用于单一模板的RT-PCR反应。

Oligo dT

适用于具有PolyA尾巴的RNA.(原核生物的RNA、真核生物的 Oligo dT rRNA和tRNA不具有PolyA尾巴。)由于Oligo dT要结合到PolyA 尾巴上,所以对RNA样品的质量要求较高,即使有少量降解也 会使全长cDNA合成量大大减少。

基因特异性引物

与模板序列互补的引物,适用于目的序列已知的情况。天为时 性引物 代公司的SuperScript One-Step System特别适合于与基因特异性 引物连用。

PCR扩增后出现的条带与预计的大小不一致,或大或小,或者同时出现特异性扩增带与非特异性扩增带。

原因建议
引物引物特异性差重新设计引物,改变引物的位置和长度,增强其特异性或使用
巢式PCR
引物浓度过高适当减少引物浓度
Mg2+浓度Mg2+浓度过高

适当降低Mg2+浓度,从1mM到3mM,间隔0.5mM进行一系列反
应,确定对于每个模板和引物对的最佳镁离子浓度。

耐热聚合酶酶量过多以0.5U为间隔适当减少酶量
退火温度退火温度过低适当提高退火温度或采用二阶段温度法
PCR循环次数PCR循环次数过多减少PCR循环次数

操作多份样品时,制备反应混合液,先将dNTP、缓冲液、引物和酶混合好,然后分装,这样即可以减少操作,避免污染,又可以增加反应的精确度;

最后加入反应模板,加入后盖紧反应管

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