PCR扩增产物的电泳分析
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凝胶电泳分琼脂糖电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳两种。
一、琼脂糖凝胶电泳
琼脂糖凝胶电泳是一种非常简便、快速、最常用的分离纯化和鉴定核酸的方法。琼脂糖是从海藻中提取的一种线状高聚物。根据琼脂糖的溶解温度,把琼脂糖分为一般琼脂糖和低熔点琼脂糖。低熔点琼脂糖熔点为62~65℃,溶解后在 37℃下维持液体状态约数小时,主要用于DNA片段的回收,质粒与外源性DNA的快速连接等。
1、凝胶浓度
凝胶浓度的选择依DNA分子的大小而定。
琼脂糖凝胶的浓度与DNA分离范围
琼脂糖浓度(%) | 线型DNA分子的分离范围(Kb) |
0.3 | 5~60 |
0.6 | 1~20 |
0.7 | 0.8~10 |
0.9 | 0.5~7 |
1.2 | 0.9~6 |
1.5 | 0.2~3 |
12.0 | 0.1~2 |
2、电泳缓冲液
核酸电泳缓冲液有三种,即Tris-硼酸(TBE)、Tris-乙酸(TAE)和Tris-磷酸(TPE)。TBE 与TPE缓冲容量高,DNA分离效果好,但TPE在DNA片段回收时含磷酸盐浓度高,容易使DNA沉淀。TAE缓冲容量低,但价格较便宜,因而推荐选用TBE.缓冲液中的EDTA可螯合 二价阳离子,从而抑制DNA酶的活性,防止PCR扩增产物降解。
10XTBE缓冲液的配制:Tris硷,108克 EDTA,9.3克 硼酸,55克 H2O至,1000ul (其PH应为8.0~8.2) 临用时用水稀至0.5XTBE(20倍稀释。
3、核酸电泳的指示剂与染色剂
1)指示剂:核酸电泳常用的指示剂有溴酚兰和二甲苯青及银染色。
溴酚兰在碱性液体中呈紫兰色,在0.6%、1%、1.4%和2%琼脂糖凝胶电泳中,溴酚兰的迁移率分别与1Kb、 0.6Kb、0.2Kb和0.15Kb的双链线性DNA片段大致相同。
二甲苯青的水溶液呈兰色,它在1%和1.4%琼脂糖中电泳时,其迁移速率分别与2Kb和1.6Kb的双链线性DNA大致相似。
指示剂一般与蔗糖、甘油或聚蔗糖400组成载样缓冲液。载样缓冲液的作用有①增加样品密度,使其比重增加,以确保DNA均匀沉入加样孔内。②在电泳中形成肉眼可见的指示带,可预测核酸电泳的速度和位置。③使样品呈色,使加样操作更方便。
2)染色剂:核酸电泳后,需经染色后才能显现出带型,最常用的是溴化乙锭染色法,其次是银染色。
溴化乙锭(ethidium bromide,EB)是一种荧光染料,EB分子可嵌入核酸双链的碱基对之间,在紫外线激发下,发出红色荧光。
根据情况可在凝胶电泳液中加入终浓度为0.5ug/ml的EB,有时亦可在电泳后,将凝胶浸入该浓度的溶液中染色10~15min.琼脂糖凝胶EB染色,肉眼可见核酸电泳带,其DNA量一般>5ng,当溴化乙锭太多,凝胶染 色过深,核酸电泳带看不清时,可将凝胶放入蒸馏水浸泡30min后再观察。
银染色液中的银离子(Ag+)可与核酸形成稳定的复合物,然后用还原剂如甲醛 使Ag+还原成银颗粒,可把核酸电泳带染色黑褐色。主要用于聚丙烯酰胺凝胶电泳染色。 也用于琼脂糖凝胶染色。其灵敏度比EB高200倍。但银染色后,DNA不宜回收。
4、电泳
1)电泳装置:电泳装置主要有电泳仪,电泳槽及灌胶模具等。
2)电泳方法
①用蒸馏水将电泳槽和梳子冲洗干净。放在水平桌面上,并架好梳子。
②根据核酸分子量的大小配制不同浓度的琼脂糖凝胶,一般200~400bp的DNA片段, 可配制1.2~1.7%浓度的琼脂糖用于电泳。
③配制0.5XTBE电泳缓冲液100ml于三角烧瓶中,称取一定量的琼脂糖粉放入后沸水锅或微波炉内加热熔化。冷却至60℃(需要时可加入溴乙锭),倒入电泳槽中,待凝固。
④向电泳槽中倒入0.5XTBE,其量以没过胶面2mm为宜,小心移去梳子。如样品孔内有气泡,应设法除去。
⑤在DNA样品中加入0.2体积的载样缓冲液,混匀后,加入样品孔内。
⑥接通电源,一般红色为正极黑色为负极,切记DNA样品由负极往正极泳动(靠近加样 孔的一端为负)。电压为1-5V/cm(长度以两个电极之间的距离计算)。
⑦根据指示剂泳动的位置,判断是否终止电泳。一般200~400bp的PCR产物50V电压, 电泳20~40min即可。
3)溴化乙锭染色后,紫外仪上观察电泳带及其位置,并与核酸分子量标准比较被扩增产物的大小。
二、聚丙烯酰胺凝胶电泳
聚丙烯酰胺凝胶电泳适宜分离鉴定低分子量蛋白质、小于1Kb的DNA片段和DNA序列分析。其装载的样品量大,回收DNA纯度高。长度仅相差0.2%(即500bp中的1bp)的核苷酸分子即能分离。聚丙烯酰胺凝胶是由丙烯酰胺单体,在催化剂TEMED(N,N,N,N'一四甲基乙二胺)和 过硫酸铵的作用下,丙烯酰胺聚合形成长链,聚丙烯酰胺链在交联剂,N,N'一亚甲双丙烯酰胺参与下,聚丙烯胺链与链之间交叉联接而形成凝胶。聚丙烯酰胺凝胶孔径的大小是由丙烯酰胺的浓度决定的,不同浓度丙烯酰胺和DNA的有效分离范围见表2.。
丙烯酰胺(%) | 有效分离范围(bp) | 溴酚兰~K~Htd~M~2~1____________~Ktd~M二甲苯青~K~Htd~M~2~1________~K~Htr~M~2~1________~Ktr~M~2~1____________~Ktd~M3.5~K~Htd~M~2~1____________~Ktd~M100~2000 | 100 | 460 |
5.0 | 80~500 | 65 | 260 | |
8.0 | 60~400 | 45 | 160 | |
12.0 | 40~200 | 30 | 70 | |
15.0 | 25~150 | 15 | 60 | |
20.0 | 10~100 | 12 | 45 |
1、材料
1)电泳仪器:电泳仪,垂直电泳槽及其附件。
2)30%丙烯酰胺 丙烯酰胺,29克 N,N'一亚甲基双丙烯酰胺,1克 H2O,加至100ml 装于棕色瓶内,4℃可保存二个月。
3)10%过硫酸铵 过硫酰铵,1克 加水至,10ml 4℃可保存一周,-20℃可保存一个月。
4)1XTBE电泳缓冲液
5)TEMED(四甲基乙烯基二胺)
2、聚丙烯酰胺凝胶的制备与电泳
根据分离DNA片段的大小及需凝胶的容积,配制聚丙烯酰胺凝胶。
1)按要求装配好垂直电泳板,两块玻璃板的两侧及底部用1%的琼脂糖封边,防止封闭不严而使聚丙烯酰胺液漏出。
2)将装好的玻璃电泳板倾斜成45~60℃角。
3)按表3配制所需%浓度凝胶的毫升数。
4)加入TEMED后,立即混匀,缓缓倒入两玻璃板间的胶床中,直到液体接近溢出时为止。
5)立即插入适当的梳子,密切注意防止梳齿下产生气泡,用一有力的夹将梳子夹在一边的玻璃板上,然后将玻璃板斜靠在物体上,使成10°角,可减少液体泄漏的机会。
6)室温聚合一小时后,将玻璃板插入电泳槽中,上紧,倒入0.1XTBE 缓冲液。
7)小心取出梳子,立即用缓冲液冲洗加样孔,因为梳子取出后,梳子上吸附的及凝胶顶部未聚合的丙烯酰胺会流入加样孔内聚合,产生不规则的表面,将导致以后DNA电泳带型不规则。
8)将DNA样品与适量的载样缓冲液混匀后,加到样品孔内,加样时不要产生气泡。
9)接好电极,电压为1-8V/cm,进行电泳。
10)根据指示剂迁移位置来判定是否终止电泳。
11)电泳毕,切断电源,弃去电泳仪,取出胶床板,小心移去一块玻 璃板,让凝胶吸附在另一块玻璃板上。浸入含0.5ug/ml的溴化乙锭溶 液中,15~30min后取出水洗紫外仪下观察结果。
12)聚丙烯酰胺凝胶电泳只能检出>10ng以上量的DNA条带。要求更高的灵敏度,可用银染。