蛋白质组学多维蛋白质鉴定技术

面对1D―SDS和2D―PAGE技术在回收胶中质量极端(很大或很小)、疏水性很强或pH值很高的蛋白质时遭遇到的某些困难，Yates和其合作者(Wolters，Washburn和Yates，2001)发展了一种非基于凝胶的方法，即采用一种所谓的鸟枪法技术来鉴定尽可能多的蛋白质。

多维蛋白质鉴定技术(multi-demensional protein identification technology，MuDPIT)的原理可以描述如下：将全部蛋白质复杂混合物一起用胰蛋白酶消化，并将获得的肽逐步分离，第一维在阳离子交换柱上进行，然后在第二维的反相柱上进行。

这两种柱构成系列，并与能够完成MS／MS搜索探测的ESI-MS仪器配套。在这项技术用于酵母蛋白质 组分析的第一个描述中，估计从大约200 000个不同的胰蛋白酶水解肽开始，可以每秒超过500个肽的平均速度提送到质谱仪(Washburn，Wolters和Yates，2001)，但只有一部分肽可以用MS／MS模式分析。

这项技术在鉴别蛋白质组大量组分中需要的时间和工作量较少，在进行鉴定工作时，蛋白质组中的很多蛋白质鉴定采用的是经典的基于凝胶的途径。

但是，它不能提供因为翻译后修饰引起的不同蛋白质的相对丰度的任何信息。它也不能告知其他的处理事件如蛋白质裂解的信息，几乎不能告知剪接变异体的信息，一般也不能告知完整蛋白质的信息。方法的灵敏度受到柱容量的限制。它也不适合进行比较研究，因为目前在两次运行之间选择同一肽的可重复性较低。