结构域（domain）
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结构域是在二级结构或超二级结构的基础上形成三级结构的局部折叠区，一条多肽链在这个域范围内来回折叠，但相邻的域常被一个或两个多肽片段连结。通常由50-300个氨基酸残基组成，其特点是在三维空间可以明显区分和相对独立，并且具有一定的生物功能如结合小分子。
模体或基序（motif）是结构域的亚单位，通常由2～3二级结构单位组成，一般为α螺旋、β折叠和环（loop）。
对那些较小的球状蛋白质分子或亚基来说,结构域和三级结构是一个意思,也就是说这些蛋白质或亚基是单结构域的如红氧还蛋白等；较大的蛋白质分子或亚基其三级结构一般含有两个以上的结构域，即多结构域的,其间以柔性的铰链（hinge）相连，以便相对运动。
结构域有时也指功能域。一般,功能域是蛋白质分子中能独立存在的功能单位,它可以是一个结构域也可以是由两个或两个以上结构域组成。
结构域的基本类型有全平行α螺旋结构域,平行或混合型β折叠片结构域,反平行β折叠片结构域和富含金属或二硫键结构域等4种。
