怎么根据氨基酸序列来推测它折叠后的结构域。

3D- pssm、Swiss － model （同源建模）可以预测

二级结构预测方法有Chou-Fasman法则和基于信息论的GOR方法

跨膜片段的预测：内在膜蛋白中的跨膜片段可以通过搜索跨越脂质膜的连续疏水残基来进行预测.有些方法还预测 跨膜片段的方向（进—出）或拓扑结构,但是这通常都不太准确.

跨膜片段往往含有较高比例的疏水残基,长度常常在20个残基以上,对应于6-7个跨膜螺旋的螺旋圈.这种相对较长的强烈疏水残基系列在可溶性球蛋自中很少见.这意味着可以基于疏水残基系列来进行预测.预测工具：TMPred,TMHMM and TopPred 可在ExPASy的站点上找到。

网上有好多预测工具，包括现在的人工智能。有些工具如：swiss-model，mideller，rosetta等，你都可以试试。

具体方法可以参考一下这个文章，https://mp.weixin.qq.com/s/tngljC-lKVeplCUYWKvLOQ

以下几个网站可以帮助你寻找蛋白序列上的结构域，希望对你有用！

1. NCBI Find conserved domains in your sequence (cds)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi

2. Expasy 的Prosite
http://prosite.expasy.org/

3. Pfam
http://pfam.janelia.org/

4. Interpro
http://www.ebi.ac.uk/interpro/，